Stanje glede VOC

25.3.2021
Novo poročilo NLZOH o sledenju različicam SARS-CoV-2 11/2021
V drugem tednu marca (teden 11) je bil delež B.1.1.7 33.6%, po regijah pa naslednji: GO 52%, JV 66%, KO 50%, OK 34%, OS 43%, PD 42%, PM 26%, PS 29%, PN 30%, SA 49%, ostalo 83%.
Spet zmedeno predstavljajo to. Ko gledaš deleže po regijah, in če jih recimo še obtežiš z velikostjo regij, pride delež v resnici preko 40%. Imajo celo hecen nerazločen graf različic, ki v tednu 11 kaže 41% delež. Imajo tudi graf različic, ki za teden 10 kaže 33% delež.
Spet vključim branje misli in stekleno kuglo – dobim, da je v tednu 11 bilo že vsaj 40% B.1.1.7. Glede na podvojevanje deleža celo na 7-8 dni lahko zaključim, da je bil delež v prejšnjem tednu (teden 12) nedvomno že vsaj 60%.
Ko nazaj pogledam moje sklepanje iz 17.3. vidim, da so bila moja predvidevanja povsem pravilna.
Vse to je dodatna potrditev moje teorije, da je B.1.1.7 dosegel nek plato okoli 70% deleža že koncem tedna 12 ali na začetku tedna 13, in da nam res zaradi tega R ne raste več, čeprav bi glede na neugodne razmere glede temperature in vlage pred tednom dni načeloma zdaj moral še vedno rasti.
Vse bolj se potrjuje tudi moje razmišljanje že iz januarja, da nam britanska različica ne more dvigniti R kaj dosti čez 1.1. Drugi so operirali z R=1.5 !!!

18.3.2021
Novo poročilo NLZOH o sledenju različicam SARS-CoV-2 10/2021
NLZOH rezultate podaja na zelo nekvaliteten način. Najprej je zelo dolgo trajalo, da so sploh začeli resno sekvencirati (vse države v okolico so že dolgo imele natančno sliko), zdaj pa rezultate podajajo v kumulativni obliki, ki ne pove bistva, namreč kolikšen delež izmed vseh analiziranih genomov predstavljajo tiste najbolj problematične variante. Navajajo 5-10% v kumulativi za skupaj več mesecev nazaj. Človek mora potem vključiti branje misli če želi ugotoviti, koliko je torej recimo britanske različice v 10. ali vsaj v 9. tednu. Glede na očitno ekponentno rast je jasno, da je je bistveno več od navajanih 5-10%. Ali je to 20% ali 50%, pa je za NLZOH očitno stvar steklene krogle. Pravijo sicer, da se strinjajo z IMI glede 22% razširjenosti britanske različice pretežno v osrednjeslovenski regiji. kar pa je rezultat za prvi teden marca. S podvojitvijo deleža na 7-8 dni je torej možno, da je te različice sedaj že 40-50%. NLZOH sicer pravi, da bomo čez dva tedna lahko imeli že 2000 potrjenih britanskih genomov (komu za Boga ta številke kaj pametnega pove?!) in da takrat pa to že lahko pomembno vpliva na epidemiološko sliko. Torej po mnenju NLZOH trenutno stanje še ne vpliva pomembno na epidemiološko sliko. Za zjokati absolutno. Upam, da se tudi pri podajanju rezultatov spravijo na višji nivo.
Narašča tudi delež južnoafriške različice, a zaenkrat še na precej nižjem nivoju. Brazilske različice k sreči še ni veliko in tudi naraščanje ni bilo opaženo.

17.3.2021
Novo poročilo IMI o sekvenciranju vzorcev
Rezultat: V prvem tednu marca smo imeli že 22% britanske različice. To utemeljujejo z dvema grafoma, od katerih je na enem omenjene različice 10%, na drugem pa 18% ??
Vzorci so bili 63% iz osrednjeslovenske regije, 15% iz Goriške, ostalih pa precej manj.
Iz tega bi se dalo sklepati, da je bilo te različice v drugem tednu marca že okoli 30%, to pa je že delež, ki lahko opazno vpliva na naš R in ga dvigne recimo za 20% njegove vrednosti, naprimer iz 0.87 na 1.05.

11.3.2021
V zadnjem času se precej govori še o t.i. nigerijski različici virusa, ki ima oznako B.1.525. Tudi ta ima mutaciji N501Y (večja transmisivnost) in E484K (precejšnja odpornost na običajna protitelesa), zraven pa seveda še cel kup svojih posebnih.
Včeraj je NLZOH objavil novo poročilo o sekvenciranju naših pozitivnih vzorcev. Sekvencirajo tudi že do 30% vseh pozitivnih vzorcev, pri tem pa sekvencirajo več v regijah s slabšo epidemiološko sliko, kar je dobro. Glavni rezultat je, da se z izjemo B.1.1.7 problematične različice pri nas še niso začele kaj dosti širiti. B.1.1.7 pa je prisotna nekje okvirno v 5% po celi državi, le v osrednji Sloveniji je je tam nekje okoli 10%, pri čemer že lahko govorimo o ekponentni rasti.
Konec meseca marca torej resno preti B.1.1.7 in to v smislu, da se nam zna dvigniti R tudi na preko 1. Kot govorim že od januarja pa iz tega naslova ne predvidevam neke neobvladljive situacije. Cel kup drugih držav je dobro rešilo problem s to različico, čeprav naj bi teoretično imela 40-90% višjo transmisivnost. Ponavljam, da pri tej različici obstoječa protitelesa dobro delujejo, in da nas dobro varuje visoka prekuženost (>40%). Ta različica torej v nekem krajšem obdobju lahko povzroči manjšo rast novih primerov, vpliva na povečano smrtnost pa ne bi smela imeti, saj bomo takrat že precepili vso rizično populacijo. Tudi v bolnišnicah ne bi smelo priti do bistvenega povečanja števila hospitaliziranih.
Druga zgodba pa je seveda z bolj problematičnimi različicami. Za nas to pomeni predvsem tiste z mutacijo E484K, ki večkratno zmanjša učinkovitost protiteles proti izvorni različici virusa. Take so južnoafriška, brazilska in nigerijska različica, verjetno pa jih je še cel kup takih. Ampak teh pri nas še ni kaj dosti. Tudi iz Avstrije se do zdaj niso uspele opazno razširiti k nam. Kmalu nam na pomoč priskoči tudi pomladno vreme. Poleti pa verjetno dobimo že izboljšana cepiva, ki bodo zaščititla tudi proti tem novim različicam – farmacevtska podjetja trenutno intenzivno delajo na tem. Za tako novo verzijo cepiva niso potrebne vse klinične študije, kot so bile potrebne za prvo verzijo – baje je zadeva lahko pripravljena v roku enega meseca. Verjetno se bo vse spet vrtelo okoli možne količine dobav …

14.2.2021:
V Evropi trenutno povzroča probleme britanska z oznako B.1.1.7. Južnoafriška B.1.351 še ne. Če se ta pri nas razširi, nam gre R lahko preko 1. Stanje glede razširjenosti pri nas relativno dolgo ni bilo znano. Šele 24.1. smo zaznali prvi primer. 25.1. smo brali o treh odkritih primerih od 297 testov, kar bi pomenilo približno 1% razširjenost seva, oziroma skoraj nič. Zadnja ocena iz 28.1. je 2% razširjenost. Bistveno bo, da bomo naprej intenzivno spremljali in sekvencirali. Če se nam pri 10-20% prisotnosti seva R že začne dvigovati odločno proti 1 ali celo čez, je skrajni čas za ukrepanje. Ne pričakujem skoka R kaj dosti preko 1.0. Morda v prvi polovici marca zaradi več sproščanja začasno do 1.1, a bomo v takem primeru z dodatnimi ukrepi to hitro zbili pod 1. Govori se o 60% hitrejšem širjenju, a jaz sem sem na osnovi opažanj glede britanskih krivulj skeptičen glede tega. Sumim, da gre tu bolj za 20-30%, ne pa 60%. Avstrijski kancler je govoril o za 1/3 hitrejšem širjenju, tako trdijo strokovnjaki v Avstriji. V tem primeru pa se sploh ni preveč treba bati kakšnega katastrofalnega tretjega vala v marcu ali celo konec februarja.
Seveda pa je treba biti previden. Sploh glede tistih VOC, ki se ne ozirajo na obstoječa cepiva in protitelesa. Na Tirolskem imajo resne skrbi z južnoafriško različico, saj imajo trenutno že več 100 takih primerov. Še vedno pa ni povsem jasno, koliko reinfekcij ta nova različica povzroči, in tudi ne, kako resen je potek bolezni. Čakamo na znanstvenike, da dajo podatke od sebe.