Trendi, napovedi (arhiv december 2021)

Dobro skrit v tako gosti megli, da bi jo lahko rezali, leži mali ribnik.
Na prvi pogled je popolnoma vsakdanji. Če pa bi ga pogledali še enkrat, bi videli, da je pravljični …

Podatke pridobivam od vlade RS, MZ, NIJZ, NIB in @sledilnik.
Najlepša hvala!

arhiv analiz: november 2021oktober 2021september 2021avgust 2021julij 2021junij 2021maj 2021april 2021
marec 2021februar 2021januar 2021december 2020pred decembrom 2020

Opozorilo: Vse napisano in prikazano na tej strani ter znotraj aplikacije covidSLO je plod veliko vloženega dela. Pri tem se trudim upoštevati čimveč znanstvenih dognanj in stvari predstaviti na čimbolj realen način. Je pa epidemija COVID-19 zelo kaotičen sistem, ki je odvisen od množice dejavnikov. Na svetu tako ni nikogar, ki bi lahko s 100% gotovostjo vse pravilno predvidel vnaprej, še sploh za primer Slovenije. Zato tudi jaz ne prevzemam nobene odgovornosti, če bi nekdo mojim zaključkom preveč zaupal in zaradi tega potem utrpel kakršnokoli škodo. Kot rečeno, se trudim čimbolj verno interpretirati dogajanje in pričakovanja glede epidemije v bližnji prihodnosti. Hvala za razumevanje in zaupanje!:)
avtor strani in aplikacije covidSLO: Peter Malovrh, univ. dipl. inž. el., 2020-2022

VROČE: Naloži si Windows aplikacijo covidSLO (COVID-SLOVENIJA), ki ti omogoča dinamičen pogled na epidemijo z animacijami, statistikami, HAGT kalkulatorjem, epidemiološko napovedjo, …

Časovne animacije širjenja SARS-CoV-2
Scenariji razvoja epidemije v Sloveniji

Ljudje mi znajo dati dodatno energijo:)

Moram te pohvalit, da glede na par modelov najbolj realno napoveduješ, ker zadevo gledaš najbolj celostno, z zdravo kmečko pametjo.
Hvala za pozitivno naravnane in natančne napovedi.
Pravzaprav se, gledano po posameznih dnevih, tvoja napoved za zdaj uresničuje tako dobro, da je že kičasto
Jaz vas tako rada preberem! Vse je tako simpl in realno in strokovno.
Super za trud in napovedi. Pa da vidimo kako in kaj bo.
Tako, da malo več skromnosti, več resnega dela, študiranja, analitike in manj sončenja v medijih. Tako kot dela softmarex.wordpress.com.
Hvala za vaše analize. Vedno jih z veseljem preberem, ker nudijo malo več razlage in tolažbe.
Noro, kako dobre napovedi. Ne morem verjeti da je bil res že 13.5. napisan točen datum! Bravo!!Ne vem kako nisem prej vedel za to.
Sem čakal vaše objave. Realno razmišljanje je potrebno. Ne pa pretiravanje v ekstreme kot počnejo nekateri tu gor.
Če se ne motim vas tu kar nekaj časa ni bilo na spregled – še dobro da imamo covidslo.net:)
Pa še to – pohvale za Vašo analitiko in napovedi. Super!
Hvala za to razumljivo, prepričljivo optimistično komentiranje.

Hvala za vašo požrtvovalnost, delavnost, doslednost in vztrajnost pri modeliranju epidemije!
Glej si priden, očitno te je zgrabilo, da prideš nekam in si prišel. Hvala bo prava beseda …
Zlate podatke imaš in jih daješ!

29.7.2021: Določanje skupne imunosti na osnovi števila cepljenih in ocene števila prebolelih …
3.8.2021: Določanje števila neimunih po rizičnih starostnih skupinah na osnovi števila cepljenih in ocene števila prebolelih …
7.8.2021: Določanje prekuženosti v aplikaciji covidSLO …
12.12.2021: Ocena učinkovitosti zaščite s cepljenjem ter potenciala za 5. val epidemije

Cepivo deluje
V VB in Izraelu imajo (oktober 2021) v bolnišnicah precejšen procent oseb, ki so cepljene. A hkrati je v rizični populaciji za hospitalizacijo v teh državah velika večina ljudi cepljenih. Lepo se vidi, da je bolj varno biti med cepljenimi kot med necepljenimi – CEPIVO DELUJE.

Pojasnitev paradoksa višjega deleža cepljenih v COVID-19 bolnišnicah kljub visoki precepljenosti.

Primerjava aktualne s preteklimi projekcijami
Ogledalo modelarja …

Epidemija COVID-19 koronavirus Slovenija: Primerjava preteklih projekcij

Primerjava obsega epidemije med posameznimi valovi
V posameznih valovih je bilo zaznano zelo različno število okužb. A nivo testiranja se je sčasoma povečaval, kar je potrebno pravilno zajeti pri ocenjevanju dejanskega števila okužb …

Realna primerjava med obsegi valov epidemije COVID-19 v Sloveniji.

Faktorji učinkovitosti zaščite po cepljenju
Ti faktorji sčasoma padajo, s poživitvenim odmerkom cepiva pa ponovno narastejo …

Epidemija COVID-19 koronavirus Slovenija: Faktorji učinkovitosti zaščit

Izračun imunih
Če poznamo delež ljudi, ki še nimajo nikakršne imunosti od prebolevanja ali/in cepljenja, še ne poznamo dejanskega deleža trenutno dovzetnih za okužbo. Zaščitenost namreč s časom slabi, in potrebno je upoštevati izmerjene faktorje trenutne dejanske zaščitenosti …

Način izračuna imunih in neimunih iz poznanega števila cepljenih in prebolelih.

Za kontrolo predlagam obisk sorodne modelarske strani, kjer so zelo uspešno modelirali glavni del 4. (delta) vala, in imajo zelo uravnotežene predloge glede načina spopadanja z epidemijo.

sreda 5.1.2022

Povzetek dnevne analize:
OMIKRON VAL V SLOVENIJI V POLNEM RAZMAHU, MED RAZLIČICAMI DOMINANTEN ŽE OD 30.12.2021!
R=1.50 (izmerjeno za 4 dni nazaj)
največji porast primerov je zaenkrat med mlajšimi, največ med ženskami 15-34 let
Omikron povzroča občutno manj hospitalizacij, ranga 30-40% glede na delto, zato nekajdnevni zamik rasti hospitalizacij v Londonu, ZDA in drugje
pri nas trenutno omikrona že okoli 80%, naše inštitucije sicer delajo dovolj SGTF proxy PCR testov a rezultate žal zadržujejo zase in jih javno ne objavljajo sproti
od 21.12. se mlajše starostne skupine (sploh 15-34) pomikajo proti rasti, na nedeljo 26.12. že porast primerov glede na teden prej, ponedeljek 27.12. občutna rast, 3.1. bum …
vrh primerov se kaže nekje okoli 16.-20.1.2022, izgleda visok, kakšen dan lahko tudi preko 10.000 primerov (verjetno bo pri 4-5000 plato zaradi kapacitet testiranja)
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 11%, a zaradi omikrona in popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 35%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 2079 (min po delta valu je bil 25.12. pri 1068), NIJZ s korekcijami za nazaj 2058
4/1 SLO/EU zelenih občin, 2/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 88.8% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 72%, 65-69: 74%, 70-74: 76%, 75-79: 75%, 80-84: 75%, 85-89: 75%, 90+: 76% (omikron jo niža!)
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 35/dan

smrti so imele vrh zadnji teden novembra pri 19/dan (delta), trenutno jih je v povprečju 7/dan, na tem nivoju naj bi ostale čez omikron val do sredine februarja, nakar padec
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): delta vrh 3338 6.11.2021, t2 6 dni, predvideno omikron max dnevno povprečje >5000 15.-20.1., posamezen dan lahko preko 10.000
napoved hospitaliziranih: delta vrh 1168 23.11.
, min po delta valu bo okoli 500 do 13.1.2021, predviden omikron vrh okoli 1000 konec januarja 2022
napoved ICU: delta vrh je bil 25.11. pri 289, min po delta valu bo okoli 150, predviden omikron vrh 250-300 na prehodu v februar
napoved umrlih: ocena 1300 za delta val je bila izredno točna (1204 do zdaj), omikron bo predvidoma prinesel dodatnih 200-300

Modelska projekcija omikron vala v Sloveniji. Je veliko parametrov, ki močno vplivajo na projekcijo, njihove dejanske vrednosti pa svet še ne pozna in so tu nastavljeni po najboljšem možnem občutku. Primeri bodo zaradi omejitev testiranja verjetno odrezani nekje okoli nivoja 4-5000 (posivljeno).
Imunost (I) glede na prekuženost (P) in precepljenost (C) po starostnih skupinah in regijah … Za delta val sem 27.12. v aplikaciji covidSLO znižal faktor asimtomatičnosti iz 3 na 2, in sicer postopoma pade od 1.9.2021 do 25.11.2021 iz 3 na 2, od takrat naprej pa je 2. Se pravi, na enega odkritega s testi je še en neodkrit. Za omikron je ta faktor v prvi polovici januarja postopoma povečevan iz 2 na 4.
Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.

torek 4.1.2022

Povzetek dnevne analize:
OMIKRON VAL V SLOVENIJI V POLNEM RAZMAHU, MED RAZLIČICAMI DOMINANTEN ŽE OD 30.12.2021!
R=1.40 (izmerjeno za 4 dni nazaj)
največji porast primerov je zaenkrat med mlajšimi, največ med ženskami 15-34 let
Omikron povzroča občutno manj hospitalizacij, ranga 30-40% glede na delto, zato nekajdnevni zamik rasti hospitalizacij v Londonu, ZDA in drugje
pri nas trenutno omikrona že krepko preko 50%, naše inštitucije sicer delajo dovolj SGTF proxy PCR testov a rezultate žal zadržujejo zase in jih javno ne objavljajo sproti
od 21.12. se mlajše starostne skupine (sploh 15-34) pomikajo proti rasti, na nedeljo 26.12. že porast primerov glede na teden prej, ponedeljek 27.12. občutna rast, 3.1. bum …
vrh primerov se kaže nekje okoli 16.-20.1.2022, izgleda visok, kakšen dan lahko tudi preko 10.000 primerov (verjetno bo pri 4-5000 plato zaradi kapacitet testiranja)
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 11%, a zaradi omikrona in popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 33%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1764 (min po delta valu je bil 25.12. pri 1068), NIJZ s korekcijami za nazaj 1747
3/1 SLO/EU zelenih občin, 2/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 88.6% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 74%, 65-69: 75%, 70-74: 78%, 75-79: 77%, 80-84: 77%, 85-89: 77%, 90+: 77% (omikron jo niža!)
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 35-40/dan

smrti so imele vrh zadnji teden novembra pri 19/dan (delta), trenutno jih je v povprečju 7-8/dan, na tem nivoju naj bi ostale čez omikron val do sredine februarja, nakar padec
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): delta vrh 3338 6.11.2021, t2 8 dni, predvideno omikron max dnevno povprečje >5000 sredi januarja, posamezen dan lahko preko 10.000
napoved hospitaliziranih: delta vrh 1168 23.11.
, min po delta valu bo okoli 520 do 13.1.2021, predviden omikron vrh okoli 900 konec januarja 2022
napoved ICU: delta vrh je bil 25.11. pri 289, min po delta valu bo okoli 150, predviden omikron vrh 250-300 konec januarja
napoved umrlih: ocena 1300 za delta val je bila izredno točna (1198 do zdaj), omikron bo predvidoma prinesel dodatnih 300

Modelska projekcija omikron vala v Sloveniji. Je veliko parametrov, ki močno vplivajo na projekcijo, njihove dejanske vrednosti pa svet še ne pozna in so tu nastavljeni po najboljšem možnem občutku. Primeri bodo zaradi omejitev testiranja verjetno odrezani nekje okoli nivoja 4-5000.
Imunost (I) glede na prekuženost (P) in precepljenost (C) po starostnih skupinah in regijah … Za delta val sem 27.12. v aplikaciji covidSLO znižal faktor asimtomatičnosti iz 3 na 2, in sicer postopoma pade od 1.9.2021 do 25.11.2021 iz 3 na 2, od takrat naprej pa je 2. Se pravi, na enega odkritega s testi je še en neodkrit. Za omikron je ta faktor v prvi polovici januarja postopoma povečevan iz 2 na 4.
Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.
Občine in regije po 7d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po starem SLO barvnem semaforju …
Občine in regije po 14d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po EU barvnem semaforju …

Laboratoriji so v delta valu zmogli več od povprečno 7-8000 PCR testov dnevno! Bravo! Jih bodo v omikron valu uspeli preko 15.000??

Omikron val se je v Sloveniji pričel s prvo okužbo, ki je bila nekje v začetku decembra. Pomik proti rasti števila primerov sem opažal na mlajših starostnih skupina že po 21.12.2021. 26.12. je bilo že prvič več primerov kot na isti dan teden dni nazaj. 27.12. smo imeli že občuten porast primerov. Za praznična (vikend) novoletna dneva smo dobili nekaj nižje število primerov, kar je pričakovano. 3.1. se je pokazala prava omikron eksplozija rasti števila primerov. Pričakovati je, da bo R do sredine januarja še nekoliko narastel …
Potrebno je ponovno povedati, da R pomeni koliko ljudi posamezen okuženi v povprečnem času okuževanja (inkubacijska doba omikrona se je skrajšala iz 5 na 3-4 dni) okuži naprej. Tu torej ne gre več za medtedenske primerjave, ampak za primerjave na bazi 4 dni.

Vreme (rumena krivulja) pozimi v povprečju deluje (sila, “forcing”) v smeri povečevanja R, saj prehajamo v najhladnejši del leta, ko vse več delcev z virusi ostaja v zraku. Sredi decembra so prišli novi vplivi, kot je veseli december (mogoče sem ga planiral prepozno), povečevanje obsega HAT testiranja in pa trenutno največji forcing – različica omikron.

Vpliv zunanjih razmer (rumena krivulja) na R.

Naš trenutni povprečni faktor boljše zaščite cepljenega od necepljenega za pristanek v ICU/EIT/EIZ je sčasoma padal, in je konec oktobra znašal le okoli 7. Potem je naraščal, bil konec leta že tudi 28, trenutno je okoli 15. Za posameznika je kmalu po cepljenju z 2. ali 3. odmerkom ta faktor še bistveno višji.
Pri tveganju za okužbo in hospitalizacijo se faktor v zadnjem času zaradi tretjih odmerkov povečuje.
Pri tveganju za okužbo pa z nastopom omikron variante virusa faktor pada. Od sredine decembra 2021 do 3.1.2022 je padel od 2.87 že na 2.24 in še pada, verjetno bo kmalu pod 2.

Bolj podrobna slika trenutnega dogajanja …
Takole stojimo po SLO in EU barvnih fazah …
Pregled po regijah
Razvoj epidemije v večjih slovenskih občinah (nad XXk prebivalcev).
Ves 4. val je bila jasno izražena odvisnost incidenc regij z njihovo zaščitenostjo glede na najbolje zaščiteno regijo – slabše zaščitene (spodaj) so imele višje incidence (bolj desno). Od 9.11. naprej se je zaradi preloma preko vrha epidemije začela situacija obračati tudi tu. Ta korelacija bo zdaj verjetno zakrita do 5. vala, če ta bo.
3D potek epidemije po regijah (7d/100k incidenca oziroma tedenska vsota primerov per capita) – od začetka epidemije naprej
Situacija po starostnih skupinah:

Nižje starostne skupine imajo že od 21.12. omikron rast …

Situacija po starostnih skupinah:
3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka julija 2021 naprej.

Na spodnjem diagramu celotnega poteka epidemije po starostnih skupinah je lepo vidno, kako je cepljenje v višjih starostnih skupinah preprečilo ponovitev lanske grozljive porazdelitve okužb, ki je imela za posledico veliko hospitalizacij in tudi smrti …

3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka.

ponedeljek 3.1.2022

Povzetek dnevne analize:
OMIKRON VAL V SLOVENIJI V POLNEM RAZMAHU, MED RAZLIČICAMI ŽE DOMINANTEN OD 30.12.2021!
R=1.40 (izmerjeno za 4 dni nazaj)
največji porast primerov je zaenkrat med mlajšimi, največ med ženskami 25-34 let
Omikron povzroča občutno manj hospitalizacij, ranga 30-40% glede na delto, zato nekajdnevni zamik rasti hospitalizacij v Londonu, ZDA in drugje
pri nas trenutno omikrona že krepko preko 50%, naše inštitucije sicer delajo dovolj SGTF proxy PCR testov a rezultate žal zadržujejo zase in jih javno ne objavljajo sproti
od 21.12. se mlajše starostne skupine (sploh 15-34) pomikajo proti rasti, na nedeljo 26.12. že porast primerov glede na teden prej, ponedeljek 27.12. že občutna rast …
vrh primerov se kaže nekje okoli 16.-20.1.2022, izgleda visok, kakšen dan lahko tudi preko 10.000 primerov (verjetno bo pri 4-5000 plato zaradi kapacitet testiranja)
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 12%, a zaradi omikrona in popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 31%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1539 (min po delta valu je bil 25.12. pri 1068), NIJZ s korekcijami za nazaj 1526
6/1 SLO/EU zelenih občin, 3/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 88.4% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 77%, 65-69: 79%, 70-74: 82%, 75-79: 81%, 80-84: 81%, 85-89: 81%, 90+: 81% (omikron jo niža!)
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 35-40/dan

smrti so imele vrh zadnji teden novembra pri 19/dan (delta), trenutno jih je v povprečju 7-8/dan, na tem nivoju naj bi ostale čez omikron val do sredine februarja, nakar padec
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): delta vrh 3338 6.11.2021, t2 8 dni, predvideno omikron max dnevno povprečje >5000 sredi januarja, posamezen dan lahko preko 10.000
napoved hospitaliziranih: delta vrh 1168 23.11.
, min po delta valu bo okoli 520 do 13.1.2021, predviden omikron vrh okoli 900 konec januarja 2022
napoved ICU: delta vrh je bil 25.11. pri 289, min po delta valu bo nekje 150-170, predviden omikron vrh 250-300 konec januarja
napoved umrlih: ocena 1300 za delta val je bila izredno točna (1189 do zdaj), omikron bo predvidoma prinesel dodatnih 300

Modelska projekcija omikron vala v Sloveniji. Je veliko parametrov, ki močno vplivajo na projekcijo, njihove dejanske vrednosti pa svet še ne pozna in so tu nastavljeni po najboljšem možnem občutku. Primeri bodo zaradi omejitev testiranja verjetno odrezani nekje okoli nivoja 4-5000.

nedelja 2.1.2022

Povzetek dnevne analize:
OMIKRON VAL V SLOVENIJI V POLNEM RAZMAHU, MED RAZLIČICAMI ŽE DOMINANTEN!
R=1.40 (izmerjeno za 4 dni nazaj)
največji porast primerov je zaenkrat med mlajšimi, največ med ženskami 25-34 let
Omikron povzroča občutno manj hospitalizacij, ranga 30-40% glede na delto, zato nekajdnevni zamik rasti hospitalizacij v Londonu, ZDA in drugje
pri nas trenutno omikrona že krepko preko 50%, naše inštitucije sicer delajo dovolj SGTF proxy PCR testov a rezultate žal zadržujejo zase in jih javno ne objavljajo sproti
od 21.12. se mlajše starostne skupine (sploh 15-34) pomikajo proti rasti, na nedeljo 26.12. že porast primerov glede na teden prej, ponedeljek 27.12. že občutna rast …
vrh primerov se kaže nekje okoli 16.1.2022, izgleda visok, kakšen dan lahko tudi preko 8000 primerov (verjetno bo pri 4-5000 plato zaradi kapacitet testiranja)
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 12%, a zaradi omikrona in popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 30%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1494 (min po delta valu je bil 25.12. pri 1068), NIJZ s korekcijami za nazaj 1482
6/1 SLO/EU zelenih občin, 4/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 88.3% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 77%, 65-69: 79%, 70-74: 81%, 75-79: 81%, 80-84: 81%, 85-89: 81%, 90+: 81% (omikron jo niža!)
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 35/dan

smrti so imele vrh zadnji teden novembra pri 19/dan (delta), trenutno jih je v povprečju 6-7/dan, na tem nivoju naj bi ostale čez omikron val do sredine februarja, nakar padec
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): delta vrh 3338 6.11.2021, t2 8 dni, predvideno omikron max dnevno povprečje >4000 sredi januarja, posamezen dan lahko preko 8000
napoved hospitaliziranih: delta vrh 1168 23.11.
, min po delta valu bo okoli 520 do 13.1.2021, predviden omikron vrh okoli 900 konec januarja 2022
napoved ICU: delta vrh je bil 25.11. pri 289, min po delta valu bo nekje 150-170, predviden omikron vrh 250-300 konec januarja
napoved umrlih: ocena 1300 za delta val je bila izredno točna (1178 do zdaj), omikron bo predvidoma prinesel dodatnih 300

sobota 1.1.2022

Povzetek dnevne analize:
OMIKRON VAL V SLOVENIJI V POLNEM RAZMAHU, MED RAZLIČICAMI ŽE DOMINANTEN!
R=1.41 (izmerjeno za 4 dni nazaj)
največji porast primerov je zaenkrat med mlajšimi
Omikron povzroča občutno manj hospitalizacij, ranga 30-40% glede na delto, zato nekajdnevni zamik rasti hospitalizacij v Londonu, ZDA in drugje
pri nas trenutno omikrona že preko 50%, naše inštitucije ne delajo dovolj SGTF proxy PCR testov in gledajo stanje 2 tedna nazaj, v tem času bo omikron vala morda že skoraj konec?!(sploh ni šala)
od 21.12. se mlajše starostne skupine (sploh 15-34) pomikajo proti rasti, na nedeljo 26.12. že porast primerov glede na teden prej, ponedeljek 27.12. že občutna rast …
vrh primerov se kaže nekje okoli 16.1.2022, izgleda visok, kakšen dan lahko tudi preko 8000 primerov (verjetno bo pri 4-5000 plato zaradi kapacitet testiranja)
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 12%, a zaradi omikrona in popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 30%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1471 (min po delta valu je bil 25.12. pri 1068), NIJZ s korekcijami za nazaj 1458
6/1 SLO/EU zelenih občin, 4/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 88.3% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 78%, 65-69: 80%, 70-74: 82%, 75-79: 82%, 80-84: 82%, 85-89: 81%, 90+: 82% (omikron jo niža!)
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 35/dan

smrti so imele vrh zadnji teden novembra pri 19/dan (delta), trenutno jih je v povprečju 6-7/dan, na tem nivoju naj bi ostale čez omikron val do sredine februarja, nakar padec
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): delta vrh 3338 6.11.2021, t2 8 dni, predvideno omikron max dnevno povprečje >4000 sredi januarja, posamezen dan lahko preko 8000
napoved hospitaliziranih: delta vrh 1168 23.11.
, min po delta valu bo okoli 520 do 13.1.2021, predviden omikron vrh okoli 900 konec januarja 2022
napoved ICU: delta vrh je bil 25.11. pri 289, min po delta valu bo nekje 150-170, predviden omikron vrh 250-300 konec januarja
napoved umrlih: ocena 1300 za delta val je bila izredno točna (1172 do zdaj), omikron bo predvidoma prinesel dodatnih 300

Prvi poskus projekcije omikron vala v Sloveniji. Poskus zato, ker je veliko parametrov, ki močno vplivajo, njihove dejanske vrednosti pa svet še ne pozna in so tu nastavljeni po najboljšem možnem občutku. Primeri bodo zaradi omejitev testiranja verjetno odrezani nekje okoli nivoja 4-5000.
Imunost (I) glede na prekuženost (P) in precepljenost (C) po starostnih skupinah in regijah … Za delta val sem 27.12. v aplikaciji covidSLO znižal faktor asimtomatičnosti iz 3 na 2, in sicer postopoma pade od 1.9.2021 do 25.11.2021 iz 3 na 2, od takrat naprej pa je 2. Se pravi, na enega odkritega s testi je še en neodkrit. Za omikron je ta faktor v prvi polovici januarja postopoma povečevan iz 2 na 4.
Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.
Občine in regije po 7d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po starem SLO barvnem semaforju …
Občine in regije po 14d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po EU barvnem semaforju …

Laboratoriji so v delta valu zmogli več od povprečno 7-8000 PCR testov dnevno! Bravo!

Smo v pričakovanju pohoda omikrona, ko nam bo R hitro narastel krepko preko 1. 26.12. je bilo že prvič več primerov kot na isti dan teden dni nazaj. Dejansko se pomik proti rasti opazi na mlajših starostnih skupina že po 21.12.2021. Krivuljo R bo kot kaže zelo verjetno dvignil že pred novim letom …

Vreme (rumena krivulja) pozimi v povprečju deluje (sila, “forcing”) v smeri povečevanja R, saj prehajamo v najhladnejši del leta, ko vse več delcev z virusi ostaja v zraku. Sredi decembra so prišli novi vplivi, kot je veseli december (mogoče sem ga planiral prepozno), povečevanje obsega HAT testiranja in pa trenutno največji forcing – različica omikron.

Vpliv zunanjih razmer (rumena krivulja) na R.
Bolj podrobna slika trenutnega dogajanja …
Takole stojimo po SLO in EU barvnih fazah …
Pregled po regijah
Razvoj epidemije v večjih slovenskih občinah (nad XXk prebivalcev).
Ves 4. val je bila jasno izražena odvisnost incidenc regij z njihovo zaščitenostjo glede na najbolje zaščiteno regijo – slabše zaščitene (spodaj) so imele višje incidence (bolj desno). Od 9.11. naprej se je zaradi preloma preko vrha epidemije začela situacija obračati tudi tu. Ta korelacija bo zdaj verjetno zakrita do 5. vala, če ta bo.
3D potek epidemije po regijah (7d/100k incidenca oziroma tedenska vsota primerov per capita) – od začetka epidemije naprej
Situacija po starostnih skupinah:

Nižje starostne skupine imajo že od 21.12. omikron rast …

Situacija po starostnih skupinah:
3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka julija 2021 naprej.

Na spodnjem diagramu celotnega poteka epidemije po starostnih skupinah je lepo vidno, kako je cepljenje v višjih starostnih skupinah preprečilo ponovitev lanske grozljive porazdelitve okužb, ki je imela za posledico veliko hospitalizacij in tudi smrti …

3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka.

petek 31.12.2021

Povzetek dnevne analize:
OMIKRON VAL V SLOVENIJI V POLNEM RAZMAHU, MED RAZLIČICAMI ŽE DOMINANTEN!
R=1.42 (izmerjeno za 4 dni nazaj, danes vsak okuženi verjetno okuži blizu dveh naprej
največji porast primerov je zaenkrat med mlajšimi
Omikron povzroča občutno manj hospitalizacij, ranga 30-40% glede na delto, zato nekajdnevni zamik rasti hospitalizacij v Londonu, ZDA in drugje
pri nas trenutno omikrona že preko 50%, naše inštitucije ne delajo dovolj SGTF proxy PCR testov in gledajo stanje 2 tedna nazaj, v tem času bo omikron vala morda že skoraj konec?!(sploh ni šala)
od 21.12. se mlajše starostne skupine (sploh 15-34) pomikajo proti rasti, na nedeljo 26.12. že porast primerov glede na teden prej, ponedeljek 27.12. že občutna rast …
vrh primerov se kaže nekje okoli 16.1.2022, izgleda visok, kakšen dan lahko tudi preko 8000 primerov (verjetno bo pri 4-5000 plato zaradi kapacitet testiranja)
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 12%, a zaradi omikrona in popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 30%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1389 (min po delta valu je bil 25.12. pri 1068), NIJZ s korekcijami za nazaj 1377
5/1 SLO/EU zelenih občin, 3/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 88.2% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 78%, 65-69: 80%, 70-74: 83%, 75-79: 82%, 80-84: 82%, 85-89: 82%, 90+: 82%
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 38/dan

smrti so imele vrh zadnji teden novembra pri 19/dan (delta), trenutno jih je v povprečju 6-7/dan, na tem nivoju naj bi ostale do sredine februarja, nakar padec
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): delta vrh 3338 6.11.2021, t2 8 dni, predvideno omikron max dnevno povprečje >4000 sredi januarja, posamezen dan lahko preko 8000
napoved hospitaliziranih: delta vrh 1168 23.11.
, min po delta valu bo okoli 540 do 10.1.2021, predviden omikron vrh okoli 900 po 25.1.2022
napoved ICU: delta vrh je bil 25.11. pri 289, min po delta valu bo nekje 150-180, predviden omikron vrh 280-300 konec januarja
napoved umrlih: ocena 1300 za delta val je bila izredno točna (1163 do zdaj), omikron bo predvidoma prinesel dodatnih 300

Prvi poskus projekcije omikron vala v Sloveniji. Poskus zato, ker je veliko parametrov, ki močno vplivajo, njihove dejanske vrednosti pa svet še ne pozna in so tu nastavljeni po najboljšem možnem občutku. Primeri bodo zaradi omejitev testiranja verjetno odrezani nekje okoli nivoja 5000.
Imunost (I) glede na prekuženost (P) in precepljenost (C) po starostnih skupinah in regijah … Za delta val sem 27.12. v aplikaciji covidSLO znižal faktor asimtomatičnosti iz 3 na 2, in sicer postopoma pade od 1.9.2021 do 25.11.2021 iz 3 na 2, od takrat naprej pa je 2. Se pravi, na enega odkritega s testi je še en neodkrit. Za omikron je ta faktor v prvi polovici januarja postopoma povečevan iz 2 na 4.
Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.
Občine in regije po 7d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po starem SLO barvnem semaforju …
Občine in regije po 14d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po EU barvnem semaforju …

Laboratoriji so v delta valu zmogli več od povprečno 7-8000 PCR testov dnevno! Bravo!

Smo v pričakovanju pohoda omikrona, ko nam bo R hitro narastel krepko preko 1. 26.12. je bilo že prvič več primerov kot na isti dan teden dni nazaj. Dejansko se pomik proti rasti opazi na mlajših starostnih skupina že po 21.12.2021. Krivuljo R bo kot kaže zelo verjetno dvignil že pred novim letom …

Vreme (rumena krivulja) je v povprečju delovala v smeri povečevanja R, saj smo prehajali v najhladnejši del leta, ko vse več delcev z virusi ostaja v zraku. “Sila” oziroma “forcing” povečevanja R naj bi povzročila največ zadrževanje R na nivoju okoli 0.77-0.82 do sredine decembra. A sredi decembra so prišli novi vplivi, kot je veseli december (mogoče sem ga planiral prepozno), povečevanje obsega HAT testiranja in pa omikron.

Vpliv zunanjih razmer (rumena krivulja) na R. Od nastopa delte so imele zunanje razmere majhen vpliv na gibanje reprodukcijskega števila R, z izjemo 2. polovice oktobra.

Vrh hospitalizacij je bil 23.11. pri 1168 hospitaliziranih.
Povprečno dnevno število umrlih je že krepko čez vrh, ki je bil pri povprečnem nivoju okoli 19/dan.
Velikostni razred števila smrti med neimunimi v 4. valu je že dolgo vnaprej določen za 500-700 (morda podcenjeno za par 100?), a popuščanje zaščite in imunokompromitirani tu niso bili všteti. Zaščitenost od cepljenja je že popustila, in vsi se ne bodo takoj cepili s 3. odmerkom – zato bo večje, že dolgo se vidi da izgleda okoli 1300.

Naš trenutni povprečni faktor boljše zaščite cepljenega od necepljenega za pristanek v ICU/EIT/EIZ je sčasoma padal, in je konec oktobra znašal le okoli 7. Potem je naraščal, trenutno je okoli 12. Za posameznika je kmalu po cepljenju z 2. ali 3. odmerkom ta faktor še bistveno višji.
Pri tveganju za okužbo in hospitalizacijo se faktor v zadnjem času zaradi tretjih odmerkov povečuje.

Bolj podrobna slika trenutnega dogajanja …
Takole stojimo po SLO in EU barvnih fazah …
Pregled po regijah
Razvoj epidemije v večjih slovenskih občinah (nad XXk prebivalcev).
Ves 4. val je bila jasno izražena odvisnost incidenc regij z njihovo zaščitenostjo glede na najbolje zaščiteno regijo – slabše zaščitene (spodaj) so imele višje incidence (bolj desno). Od 9.11. naprej se je zaradi preloma preko vrha epidemije začela situacija obračati tudi tu. Ta korelacija bo zdaj verjetno zakrita do 5. vala, če ta bo.
3D potek epidemije po regijah (7d/100k incidenca oziroma tedenska vsota primerov per capita) – od začetka epidemije naprej
Situacija po starostnih skupinah:

Nižje starostne skupine imajo že od 21.12. omikron rast …

Situacija po starostnih skupinah:
3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka julija 2021 naprej.

Na spodnjem diagramu celotnega poteka epidemije po starostnih skupinah je lepo vidno, kako je cepljenje v višjih starostnih skupinah preprečilo ponovitev lanske grozljive porazdelitve okužb, ki je imela za posledico veliko hospitalizacij in tudi smrti …

3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka.

četrtek 30.12.2021

Povzetek dnevne analize:
OMIKRON VAL V SLOVENIJI V POLNEM RAZMAHU, MED RAZLIČICAMI ŽE DOMINANTEN!
R=1.40 (izmerjeno za 4 dni nazaj, danes že vsak okuženi okuži 2 naprej
največji porast primerov je zaenkrat med mlajšimij
Omikron povzroča občutno manj hospitalizacij, ranga 30-40% glede na delto, zato nekajdnevni zamik rasti hospitalizacij v Londonu, ZDA in drugje
pri nas trenutno omikrona že preko 50%, naše inštitucije ne delajo dovolj SGTF proxy PCR testov in gledajo stanje 2 tedna nazaj, v tem času bo omikron vala morda že skoraj konec?!(sploh ni šala)
od 21.12. se mlajše starostne skupine (sploh 15-34) pomikajo proti rasti, na nedeljo 26.12. že porast primerov glede na teden prej, ponedeljek 27.12. že občutna rast …
vrh primerov se kaže nekje okoli 15.1.2022, izgleda visok, kakšen dan lahko tudi preko 8000 primerov (verjetno bo pri 4-5000 plato zaradi kapacitet testiranja)
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 12%, a zaradi popuščanja zaščite po cepljenju trenutno (brez upoštevanja omikrona) vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 22%
omikron bo občutno dvignile delež dovzetnih, ki bo zdaj verjetno narastel na preko 30% (natančnejša ocena v kratkem)
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1290 (min po delta valu je bil 25.12. pri 1068), NIJZ s korekcijami za nazaj 1281
4/1 SLO/EU zelenih občin, 3/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 88.1% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: , 65-69: , 70-74: , 75-79: , 80-84: , 85-89: ; 90+: … ocene v kratkem!
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 40/dan

smrti so imele prvi vrh 24.9. pri 6/dan, po 14.10. so nenavadno porasle, trenutno jih je v povprečju 6-7/dan, smo že krepko čez vrh, ki je bil okoli 19/dan zadnji teden novembra.
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): delta vrh 3338 6.11.2021, t2 8 dni, predvideno omikron max dnevno povprečje >4000 okoli 15.1.2022, posamezen dan lahko preko 8000
napoved hospitaliziranih: deltai vrh 1168 23.11.
, min po delta valu bo okoli 550 do 31.12., predviden omikron vrh okoli 1000 po 25.1.2022
napoved ICU: delta vrh je bil 25.11. pri 289, min po delta valu bo nekje 150-180, predviden omikron vrh >280 konec januarja
napoved umrlih: delta val 1300-1350 (1158 od tega jih je že bilo), po 4. valu skupno okoli 5750, zaradi omikrona predvidoma dodatnih 400-500

Prvi poskus projekcije omikron vala v Sloveniji. Poskus zato, ker je veliko parametrov, ki močno vplivajo, njihove dejanske vrednosti pa svet še ne pozna in so tu nastavljeni po najboljšem možnem občutku. Primeri bodo zaradi omejitev testiranja verjetno odrezani nekje okoli nivoja 5000.
Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.
Občine in regije po 7d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po starem SLO barvnem semaforju …
Občine in regije po 14d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po EU barvnem semaforju …

Laboratoriji so v delta valu zmogli več od povprečno 7-8000 PCR testov dnevno! Bravo!

Smo v pričakovanju pohoda omikrona, ko nam bo R hitro narastel krepko preko 1. 26.12. je bilo že prvič več primerov kot na isti dan teden dni nazaj. Dejansko se pomik proti rasti opazi na mlajših starostnih skupina že po 21.12.2021. Krivuljo R bo kot kaže zelo verjetno dvignil že pred novim letom …

Vreme (rumena krivulja) je v povprečju delovala v smeri povečevanja R, saj smo prehajali v najhladnejši del leta, ko vse več delcev z virusi ostaja v zraku. “Sila” oziroma “forcing” povečevanja R naj bi povzročila največ zadrževanje R na nivoju okoli 0.77-0.82 do sredine decembra. A sredi decembra prihajajo novi vplivi, kot je veseli december (mogoče sem ga planiral prepozno), povečevanje obsega HAT testiranja in pa omikron.

Vpliv zunanjih razmer (rumena krivulja) na R. Od nastopa delte so imele zunanje razmere majhen vpliv na gibanje reprodukcijskega števila R, z izjemo 2. polovice oktobra.

Vrh hospitalizacij je bil 23.11. pri 1168 hospitaliziranih. Pod 500 bo izgleda padlo nekje do novega leta.
Povprečno dnevno število umrlih je že krepko čez vrh, ki je bil pri povprečnem nivoju okoli 19/dan.
Velikostni razred števila smrti med neimunimi v 4. valu je že dolgo vnaprej določen za 500-700 (morda podcenjeno za par 100?), a popuščanje zaščite in imunokompromitirani tu niso bili všteti. Zaščitenost od cepljenja je že popustila, in vsi se ne bodo takoj cepili s 3. odmerkom – zato bo večje, že dolgo se vidi da izgleda okoli 1300.

Naš trenutni povprečni faktor boljše zaščite cepljenega od necepljenega za pristanek v ICU/EIT/EIZ je sčasoma padal, in je konec oktobra znašal le okoli 7. Potem je naraščal, trenutno je okoli 12. Za posameznika je kmalu po cepljenju z 2. ali 3. odmerkom ta faktor še bistveno višji.
Pri tveganju za okužbo in hospitalizacijo se faktor v zadnjem času zaradi tretjih odmerkov povečuje.

Bolj podrobna slika trenutnega dogajanja …
Takole stojimo po SLO in EU barvnih fazah …
Pregled po regijah
Razvoj epidemije v večjih slovenskih občinah (nad XXk prebivalcev).
Ves 4. val je bila jasno izražena odvisnost incidenc regij z njihovo zaščitenostjo glede na najbolje zaščiteno regijo – slabše zaščitene (spodaj) so imele višje incidence (bolj desno). Od 9.11. naprej se je zaradi preloma preko vrha epidemije začela situacija obračati tudi tu. Ta korelacija bo zdaj verjetno zakrita do 5. vala, če ta bo.
3D potek epidemije po regijah (7d/100k incidenca oziroma tedenska vsota primerov per capita) – od začetka epidemije naprej
Situacija po starostnih skupinah:

Tudi višje starostne skupine imajo lepo padanje …
Skupina 85+ (zaenkrat) nima neke posebne rasti, ki bi jo lahko pripisali popuščanju zaščite od cepljenja. Podobno 75-84 let. Verjetno je to popuščanje že pokrito s tretjimi odmerki, ki so že nekje na 40%.

Situacija po starostnih skupinah:
3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka julija 2021 naprej.

Na spodnjem diagramu celotnega poteka epidemije po starostnih skupinah je lepo vidno, kako je cepljenje v višjih starostnih skupinah preprečilo ponovitev lanske grozljive porazdelitve okužb, ki je imela za posledico veliko hospitalizacij in tudi smrti …

3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka.

sreda 29.12.2021

Povzetek dnevne analize:
JASEN PRIČETEK OMIKRON VALA V SLOVENIJI!
R=1.29 (izmerjeno za 4 dni nazaj)
največji porast primerov je zaenkrat med mlajšimij
Omikron povzroča občutno manj hospitalizacij, ranga 30-40% glede na delto, zato nekajdnevni zamik rasti hospitalizacij v Londonu, ZDA in drugje
pri nas trenutno omikrona že okoli 50%, naše inštitucije ne delajo dovolj SGTF proxy PCR testov in gledajo stanje 2 tedna nazaj, v tem času bo omikron vala morda že skoraj konec?!(sploh ni šala)
od 21.12. se mlajše starostne skupine (sploh 15-34) pomikajo proti rasti, na nedeljo 26.12. že porast primerov glede na teden prej, ponedeljek 27.12. že občutna rast …
vrh primerov se kaže nekje okoli 15.1.2022, izgleda visok, kakšen dan lahko tudi preko 8000 primerov (verjetno bo pri 4-5000 plato zaradi kapacitet testiranja)
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 12%, a zaradi popuščanja zaščite po cepljenju trenutno (brez upoštevanja omikrona) vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 22%
omikron bo občutno dvignile delež dovzetnih, ki bo zdaj verjetno narastel na preko 30% (natančnejša ocena v kratkem)
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1208 (min po delta valu je bil 25.12. pri 1068), NIJZ s korekcijami za nazaj 1200
4/1 SLO/EU zelenih občin, 1/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 88.0% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: , 65-69: , 70-74: , 75-79: , 80-84: , 85-89: ; 90+: … ocene v kratkem!
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 40/dan

smrti so imele prvi vrh 24.9. pri 6/dan, po 14.10. so nenavadno porasle, trenutno jih je v povprečju 6-7/dan, smo že krepko čez vrh, ki je bil okoli 19/dan zadnji teden novembra.
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): delta vrh 3338 6.11.2021, t2 3 dni, predvideno omikron max dnevno povprečje >4000 okoli 15.1.2022, posamezen dan lahko preko 8000
napoved hospitaliziranih: deltai vrh 1168 23.11.
, min po delta valu bo okoli 550 do 31.12., predviden omikron vrh okoli 1000 po 25.1.2022
napoved ICU: delta vrh je bil 25.11. pri 289, min po delta valu bo nekje 150-180, predviden omikron vrh >280 konec januarja
napoved umrlih: delta val 1300-1350 (1158 od tega jih je že bilo), po 4. valu skupno okoli 5750, zaradi omikrona predvidoma dodatnih 400-500

torek 28.12.2021

Povzetek dnevne analize:
PRIČETEK VIDNEGA DELA OMIKRON VALA V SLOVENIJI! Od 26.12. število primerov višje kot teden prej.
Omikron povzroča občutno manj hospitalizacij, ranga 30-40% glede na delto, London ima le blag porast, podobno v USA
pri nas trenutno omikrona že blizu 50%, naše inštitucije ne delajo dovolj SGTF proxy PCR testov in gledajo stanje 2 tedna nazaj, v tem času bo omikron vala morda že skoraj konec?!(sploh ni šala)
od 21.12. se mlajše starostne skupine (sploh 15-34) pomikajo proti rasti, na nedeljo 26.12. že porast primerov glede na teden prej, ponedeljek 27.12. že občutna rast …
glede na zadnje podatke sedaj od 28.12. predvidevam dvigovanje krivulje izmerjenega R (za teden nazaj) , vrh primerov pa verjetno nekje okoli 10.1.2022, sklepam da nižji kot kje drugod
R=0.93 (izračunan iz medtedenskih primerjav, ob upoštevanju t0=4 dni je bil 4 dni nazaj že 1.07)
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 12%, a zaradi popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 22% (opravljena je bila manjša korekcija v aplikaciji)
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1121 (min po delta valu je bil 25.12. pri 1068), NIJZ s korekcijami za nazaj 1112
8/0 SLO/EU zelenih občin, 3/0/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 87.8% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 87%, 65-69: 89%, 70-74: 92%, 75-79: 91%, 80-84: 91%, 85-89: 91%; 90+: 91%
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 35/dan

smrti so imele prvi vrh 24.9. pri 6/dan, po 14.10. so nenavadno porasle, trenutno jih je v povprečju 6-7/dan, smo že krepko čez vrh, ki je bil okoli 19/dan zadnji teden novembra.
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): delta vrh 3338 6.11.2021, t2 3 dni, predvideno omikron max dnevno povprečje 3-4000 okoli 10.1.2022, posamezen dan lahko preko 5000
napoved hospitaliziranih: deltai vrh 1168 23.11.
, min po delta valu bo okoli 550 do 31.12., predviden omikron vrh okoli 1000 po 20.1.2022
napoved ICU: delta vrh je bil 25.11. pri 289, min po delta valu bo nekje 150-180, predviden omikron vrh 250 konec januarja
napoved umrlih: delta val 1300-1350 (1140 od tega jih je že bilo), po 4. valu skupno okoli 5750, zaradi omikrona predvidoma dodatnih 100-300

Omikron
Glavna tema zdaj je prihajajoča različica virusa omikron. Spremljamo njeno hitro širjenje najprej v Južni Afriki, potem pa že v VB, ter na Danskem in Norveškem. Kasneje cela USA, pa Avstralija, Nizozemska, … Vse te države so imele v tem času bolj slabo kontrolo superprenašalskih dogodkov. Situacija v teh državah ni neposredno primerljiva. Nizozemska je šla v lockdown, Izrael sprejema ukrepe, Španija uvedla maske na prostem, ….
JAR ima mlado populacijo, visoko prekuženo z beto in delto, ter precej slabo precepljeno populacijo. Omikron se tam širi že od konca novembra. Zdaj se že dogajajo hospitalizacije in tudi že nekaj smrti, do 17.12. je bilo 56 smrti. Podatki kažejo, da je hospitalizacij in smrti malo. A populacija je mlada in ne smemo prehitro sklepati na bolj blago bolezen, čeprav raziskave od 23.12. temu pritrjujejo.
V VB se omikron pospešeno širi od začetka decembra. V Londonu je omikron zadominiral že v sredini decembra. Pričakovali so več stotisoč dnevnih okužb, tudi do milijona, a realnost je pokazala neke vrste plato pri nekaj na 90k/dan. VB ima starejšo populacijo, ki je tudi zelo solidno prekužena z alfo in delto, predvsem pa je izredno dobro precepljena. So mojstri v obdelavi podatkov in stanje pri njih do Božiča bo veliko povedalo. 20.12. zjutraj: 104 omikron hospitalizacije in 12 omikron smrti.
Tudi na Danskem omikron že dominira. Danska je slabo prekužena, a visoko precepljena. Spet nazaj uvajajo omejitve, ker vedo, da je zaščita od cepljenja nekaj manj kvalitetna od tiste prebolevnikov.
R0 omikrona še ni določen. Hitrost opazovanega širjenja sugerira R0 višji od R0 delte, a ni tako preprosto. Ta hitrost je lahko tudi posledica dokazane moči imunskega pobega omikrona (ima ranga 30 mutacij na S proteinu), in pa superprenašalskih dogodkov. Raziskava iz Hong Konga pravijo, da se omikron v bronhijih človeka 70x hitreje širi, kot delta. Podobno je potrdila tudi britanska raziskava. Dodatno se je pokazalo, da je inkubacijska doba omikrona le 3-4 dni! To bi tudi govorilo v prid R0 višjega od delte. Širjenje v teh državah tudi ni več le med mlajšo populacijo, in tudi se ne poroča o nekih masovnih reinfekcijah (možnost naj bi bila 5x višja kot pri delti). Vse to trenutno res govori v prid, da ima omikron višji R0 od delte. To bi potem impliciralo, da bo omikron v kratkem izpodrinil delto, tega pa na podatkih še nismo dokazali.
Teža bolezni, ki jo povzroča omikron, naj bi po prvih informacijah iz JAR bila nižja. A tam so visoko prekuženi in mladi in ne smemo prehitro sklepati. Bolj točno bo to pokazala situacija v VB. Sklepal sem, da bomo že na podatkih iz VB bolnišnic do Božiča veliko vedeli na to temo, do novega leta pa že skoraj vse. Res se je 23.12. pojavilo kar nekaj raziskav, ki so pritrdile blažjemu poteku. Če bi bila bolezen od omikrona res blažja, in bi omikron izpodrinil delto, potem bi to lahko bilo kar lepo Božično darilo z neba. Zbiramo podatke naprej.
Sumim, da je omikron našel neko vrrsto “niše” in jo s svojo visoko kužnostjo hitro preplavi. Zato hitra rast primerov in nato hiter upad. Ta niša je verjetno v največji meri med cepljenimi, delno pa tudi med prebolevniki. Zadnje dni celo razmišljam o varianti, da si prebolevniki z naknadnim cepljenjem zožijo imunski odziv, zaradi česar potem omikron z lahkoto povzroči prebojno okužbo. Ker pa določene komponente spominskega dela imunskega sistema še vedno delujejo (link), je hospitalizacij vseeno precej manj. To bi pojasnilo tudi relativno hiter upad dosedanjih omikron valov. Pojasnilo bi tudi negativno korelacijo zaščite od cepljenja in incidence okužb med cepljenimi (na Danskem je pogostost okužb med cepljenimi proporcionalno višja kot med necepljenimi!). Kot rečeno, o tej varianti šele razmišljam in vanjo (še) nisem prepričan.
Pri nas čakamo, kdaj bo omikron zavzel pomemben delež okužb. Naše inštitucije spet poročajo za 2 tedna nazaj (opisujejo nam prazgodovino namesto sedanjosti), in bodo našle opazen delež omikrona, ko bo pri nas omikron vala že konec (pikra šala, no, ali pa sploh ni šala). Ne delajo sproti SGTF PCR proxy testa ne velikem delu vzorcev kot to delajo drugje. 21.12. je bil podatek o 51 odkritih omikron vzorcih, in to praktično v vseh regijah. Kot sem dejal prej, do 17.12. omikron še ni zavzel 10% deleža novih okužb. Po podatkih iz 21.12. sem sklepal, da smo dne 22.10. že bili pri okoli 10% od vseh novih prenosov okužb. Podatki rasti primerov 28.12. kažejo na to, da je 27.12. omikron že pri 30-50% deleža vseh primerov.
Sklepal sem, da se bo na številu novih primerov sprememba začela kazati že tik pred Božičem, potem pa bi znala krivulja R do novega leta že močno poskočiti. To se je pričelo s 26.12. Sklepam, da bo okoli 10.1. že vrh omikron vala pri nas, in da bo dnevno povprečno največ okoli 3000-4000 novih primerov, na posamezen dan lahko tudi preko 5000. Ker ne poznamo niti točnih karakteristik virusa, niti ne točnega obsega virusa pri nas, so vse to trenutno le zelo približne ocene. Seveda, na krivulje hospitalizacij in smrti bo omikron vplival pozneje, kot pa na krivuljo novih primerov.

Imunost (I) glede na prekuženost (P) in precepljenost (C) po starostnih skupinah in regijah … Za delta val sem 27.12. v aplikaciji covidSLO znižal faktor asimtomatičnosti iz 3 na 2, in sicer postopoma pade od 1.9.2021 do 25.11.2021 iz 3 na 2, od takrat naprej pa je 2. Se pravi, na enega odkritega s testi je še en neodkrit.
Projekcija dogajanja v EIT/EIZ/ICU …
Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.
Občine in regije po 7d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po starem SLO barvnem semaforju …
Občine in regije po 14d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po EU barvnem semaforju …

Laboratoriji so v delta valu zmogli več od povprečno 7-8000 PCR testov dnevno! Bravo!

Smo v pričakovanju pohoda omikrona, ko nam bo R hitro narastel krepko preko 1. 26.12. je bilo že prvič več primerov kot na isti dan teden dni nazaj. Dejansko se pomik proti rasti opazi na mlajših starostnih skupina že po 21.12.2021. Krivuljo R bo kot kaže zelo verjetno dvignil že pred novim letom …

Vreme (rumena krivulja) je v povprečju delovala v smeri povečevanja R, saj smo prehajali v najhladnejši del leta, ko vse več delcev z virusi ostaja v zraku. “Sila” oziroma “forcing” povečevanja R naj bi povzročila največ zadrževanje R na nivoju okoli 0.77-0.82 do sredine decembra. A sredi decembra prihajajo novi vplivi, kot je veseli december (mogoče sem ga planiral prepozno), povečevanje obsega HAT testiranja in pa omikron.

Vpliv zunanjih razmer (rumena krivulja) na R. Od nastopa delte so imele zunanje razmere majhen vpliv na gibanje reprodukcijskega števila R, z izjemo 2. polovice oktobra.

Vrh hospitalizacij je bil 23.11. pri 1168 hospitaliziranih. Pod 500 bo izgleda padlo nekje do novega leta.
Povprečno dnevno število umrlih je že krepko čez vrh, ki je bil pri povprečnem nivoju okoli 19/dan.
Velikostni razred števila smrti med neimunimi v 4. valu je že dolgo vnaprej določen za 500-700 (morda podcenjeno za par 100?), a popuščanje zaščite in imunokompromitirani tu niso bili všteti. Zaščitenost od cepljenja je že popustila, in vsi se ne bodo takoj cepili s 3. odmerkom – zato bo večje, že dolgo se vidi da izgleda okoli 1300.

Naš trenutni povprečni faktor boljše zaščite cepljenega od necepljenega za pristanek v ICU/EIT/EIZ je sčasoma padal, in je konec oktobra znašal le okoli 7. Potem je naraščal, trenutno je okoli 12. Za posameznika je kmalu po cepljenju z 2. ali 3. odmerkom ta faktor še bistveno višji.
Pri tveganju za okužbo in hospitalizacijo se faktor v zadnjem času zaradi tretjih odmerkov povečuje.

Bolj podrobna slika trenutnega dogajanja …
Takole stojimo po SLO in EU barvnih fazah …
Pregled po regijah
Razvoj epidemije v večjih slovenskih občinah (nad XXk prebivalcev).
Ves 4. val je bila jasno izražena odvisnost incidenc regij z njihovo zaščitenostjo glede na najbolje zaščiteno regijo – slabše zaščitene (spodaj) so imele višje incidence (bolj desno). Od 9.11. naprej se je zaradi preloma preko vrha epidemije začela situacija obračati tudi tu. Ta korelacija bo zdaj verjetno zakrita do 5. vala, če ta bo.
3D potek epidemije po regijah (7d/100k incidenca oziroma tedenska vsota primerov per capita) – od začetka epidemije naprej
Situacija po starostnih skupinah:

Tudi višje starostne skupine imajo lepo padanje …
Skupina 85+ (zaenkrat) nima neke posebne rasti, ki bi jo lahko pripisali popuščanju zaščite od cepljenja. Podobno 75-84 let. Verjetno je to popuščanje že pokrito s tretjimi odmerki, ki so že nekje na 40%.

Situacija po starostnih skupinah:
3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka julija 2021 naprej.

Na spodnjem diagramu celotnega poteka epidemije po starostnih skupinah je lepo vidno, kako je cepljenje v višjih starostnih skupinah preprečilo ponovitev lanske grozljive porazdelitve okužb, ki je imela za posledico veliko hospitalizacij in tudi smrti …

3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka.

ponedeljek 27.12.2021

Povzetek dnevne analize:
epidemija je od 6.11. naprej počasi padala, potem hitreje, razlog v hitrem zmanjševanju bazena dovzetnih zaradi prekuževanja in dvigovanja učinkovitosti zaščite od cepljenja s 3. odmerki
trenutno pomaga PCT v šolah (upoštevan v projekcijah), ljudje se zdaj tudi sami bolj zaščitno obnašajo, nekaj dodaja vreme (to v teh dneh že dosega max učinek na R navzgor – modelirano)
v igro prihaja varianta omikron iz Botswane/Južne Afrike, je že povsod, začetne informacije niso bile spodbudne, dominira: JAR, VB, Danska, Norvveška, USA, Sydney, v JAR in VB že smrti
od 20.12. kar ni bilo informacij o polnjenju bolnišnic zaradi omikrona, 23.12. objavljenih več študij, ki pritrjujejo temu, da omikron povzroča občutno manj hospitalizacij, London ima le blag porast
koliko je omikrona pri nas se ne ve točno, naše inštitucije ne delajo dovolj SGTF proxy PCR testov in gledajo stanje 2 tedna nazaj, v tem času bo omikron vala morda že skoraj konec?!(pikra šala)
od 21.12. se mlajše starostne skupine (sploh 15-34) pomikajo proti rasti, na nedeljo 26.12. že porast primerov glede na teden prej … to bi lahko bil pričetek vidnega dela našega omikron vala
glede na zadnje podatke sedaj od 27.12. predvidevam dvigovanje krivulje izmerjenega R (za teden nazaj) , vrh primerov pa verjetno bekje do 10.1.2022, sklepam da nižji kot kje drugod
R=0.88, po 10.12. imamo rahel virtualen porast zaradi večanja obsega HAT testiranja (17.12. 5% populacije v enem dnevu!!!), očitno pa glede na sprejeme močno vpliva tudi veseli december
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 12%, a zaradi popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 22% (opravljena je bila manjša korekcija v aplikaciji)
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1084 (vmesni max je bil 17.9. pri 1045), NIJZ s korekcijami za nazaj 1075
6/0 SLO/EU zelenih občin, 2/0/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 87.7% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 87%, 65-69: 89%, 70-74: 92%, 75-79: 91%, 80-84: 91%, 85-89: 91%; 90+: 91%
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 35/dan

smrti so imele prvi vrh 24.9. pri 6/dan, po 14.10. so nenavadno porasle, trenutno jih je v povprečju 7/dan, smo že krepko čez vrh, ki je bil okoli 19/dan zadnji teden novembra.
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): vmesni vrh 14.9. pri povprečno 1045 primerih dnevno, glavni vrh 3338 6.11.2021, do 26.12. so padale, t/2 40 dni
napoved hospitaliziranih: vmesni vrh pri dobrih 400, potem glavni vrh 1168 23.11.
, <500 bo 31.12.
napoved ICU: v skladu z napovedjo res nismo šli preko 300, vrh je bil 25.11. pri 289 (ležalne dobe so se daljšale, odpusti so zaostajali), <200 25.12., stanje 31.12.: 180, <150 20.1. (zaradi omikron verjetno kasneje)
napoved umrlih: 1300-1350 (1104 od tega jih je že bilo), po 4. valu skupno okoli 5750

Omikron
Glavna tema zdaj je prihajajoča različica virusa omikron. Spremljamo njeno hitro širjenje najprej v Južni Afriki, potem pa že v VB, ter na Danskem in Norveškem. Kasneje cela USA, pa Avstralija, Nizozemska, … Vse te države so imele v tem času bolj slabo kontrolo superprenašalskih dogodkov. Situacija v teh državah ni neposredno primerljiva. Nizozemska je šla v lockdown, Izrael sprejema ukrepe, Španija uvedla maske na prostem, ….
JAR ima mlado populacijo, visoko prekuženo z beto in delto, ter precej slabo precepljeno populacijo. Omikron se tam širi že od konca novembra. Zdaj se že dogajajo hospitalizacije in tudi že nekaj smrti, do 17.12. je bilo 56 smrti. Podatki kažejo, da je hospitalizacij in smrti malo. A populacija je mlada in ne smemo prehitro sklepati na bolj blago bolezen, čeprav raziskave od 23.12. temu pritrjujejo.
V VB se omikron pospešeno širi od začetka decembra. V Londonu je omikron zadominiral že v sredini decembra. Pričakovali so več stotisoč dnevnih okužb, tudi do milijona, a realnost je pokazala neke vrste plato pri nekaj na 90k/dan. VB ima starejšo populacijo, ki je tudi zelo solidno prekužena z alfo in delto, predvsem pa je izredno dobro precepljena. So mojstri v obdelavi podatkov in stanje pri njih do Božiča bo veliko povedalo. 20.12. zjutraj: 104 omikron hospitalizacije in 12 omikron smrti.
Tudi na Danskem omikron že dominira. Danska je slabo prekužena, a visoko precepljena. Spet nazaj uvajajo omejitve, ker vedo, da je zaščita od cepljenja nekaj manj kvalitetna od tiste prebolevnikov.
R0 omikrona še ni določen. Hitrost opazovanega širjenja sugerira R0 višji od R0 delte, a ni tako preprosto. Ta hitrost je lahko tudi posledica dokazane moči imunskega pobega omikrona (ima ranga 30 mutacij na S proteinu), in pa superprenašalskih dogodkov. Raziskava iz Hong Konga pravijo, da se omikron v bronhijih človeka 70x hitreje širi, kot delta. Podobno je potrdila tudi britanska raziskava. Dodatno se je pokazalo, da je inkubacijska doba omikrona le 3-4 dni! To bi tudi govorilo v prid R0 višjega od delte. Širjenje v teh državah tudi ni več le med mlajšo populacijo, in tudi se ne poroča o nekih masovnih reinfekcijah (možnost naj bi bila 5x višja kot pri delti). Vse to trenutno res govori v prid, da ima omikron višji R0 od delte. To bi potem impliciralo, da bo omikron v kratkem izpodrinil delto, tega pa na podatkih še nismo dokazali.
Teža bolezni, ki jo povzroča omikron, naj bi po prvih informacijah iz JAR bila nižja. A tam so visoko prekuženi in mladi in ne smemo prehitro sklepati. Bolj točno bo to pokazala situacija v VB. Sklepal sem, da bomo že na podatkih iz VB bolnišnic do Božiča veliko vedeli na to temo, do novega leta pa že skoraj vse. Res se je 23.12. pojavilo kar nekaj raziskav, ki so pritrdile blažjemu poteku. Če bi bila bolezen od omikrona res blažja, in bi omikron izpodrinil delto, potem bi to lahko bilo kar lepo Božično darilo z neba. Zbiramo podatke naprej.
Sumim, da je omikron našel neko vrrsto “niše” in jo s svojo visoko kužnostjo hitro preplavi. Zato hitra rast primerov in nato hiter upad. Ta niša je verjetno v največji meri med cepljenimi, delno pa tudi med prebolevniki. Zadnje dni celo razmišljam o varianti, da si prebolevniki z naknadnim cepljenjem zožijo imunski odziv, zaradi česar potem omikron z lahkoto povzroči prebojno okužbo. Ker pa določene komponente spominskega dela imunskega sistema še vedno delujejo (link), je hospitalizacij vseeno precej manj. To bi pojasnilo tudi relativno hiter upad dosedanjih omikron valov. Pojasnilo bi tudi negativno korelacijo zaščite od cepljenja in incidence okužb med cepljenimi (na Danskem je pogostost okužb med cepljenimi proporcionalno višja kot med necepljenimi!). Kot rečeno, o tej varianti šele razmišljam in vanjo (še) nisem prepričan.
Pri nas čakamo, kdaj bo omikron zavzel pomemben delež okužb. Naše inštitucije spet poročajo za 2 tedna nazaj (opisujejo nam prazgodovino namesto sedanjosti), in bodo našle opazen delež omikrona, ko bo pri nas omikron vala že konec (pikra šala, no, ali pa sploh ni šala). Ne delajo sproti SGTF PCR proxy testa ne velikem delu vzorcev kot to delajo drugje. 21.12. je bil podatek o 51 odkritih omikron vzorcih, in to praktično v vseh regijah. Kot sem dejal prej, do 17.12. omikron še ni zavzel 10% deleža novih okužb. Po podatkih iz 21.12. sklepam, da smo dne 22.10. že bili pri okoli 10% od vseh novih prenosov okužb. Sklepal sem, da se bo na številu novih primerov sprememba začela kazati že tik pred Božičem, potem pa bi znala krivulja R do novega leta že močno poskočiti. A 25.12. še ni omenjenega pričetka rasti primerov. Sklepam, da bo okoli 15.1. že vrh omikron vala pri nas, in da bo dnevno po največ okoli 3000-4000 novih primerov. Ker ne poznamo niti točnih karakteristik virusa, niti ne točnega obsega virusa pri nas, so vse to trenutno le zelo približne ocene. Seveda, na krivulje hospitalizacij in smrti bo omikron vplival pozneje, kot pa na krivuljo novih primerov.

Imunost (I) glede na prekuženost (P) in precepljenost (C) po starostnih skupinah in regijah … Za delta val sem 27.12. v aplikaciji covidSLO znižal faktor asimtomatičnosti iz 3 na 2, in sicer postopoma pade od 1.9.2021 do 25.11.2021 iz 3 na 2, od takrat naprej pa je 2. Se pravi, na enega odkritega s testi je še en neodkrit.
Projekcija dogajanja v EIT/EIZ/ICU …
Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.
Občine in regije po 7d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po starem SLO barvnem semaforju …
Občine in regije po 14d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po EU barvnem semaforju …

Laboratoriji so v delta valu zmogli več od povprečno 7-8000 PCR testov dnevno! Bravo!

Smo v pričakovanju pohoda omikrona, ko nam bo R hitro narastel krepko preko 1. 26.12. je bilo že prvič več primerov kot na isti dan teden dni nazaj. Dejansko se pomik proti rasti opazi na mlajših starostnih skupina že po 21.12.2021. Krivuljo R bo kot kaže zelo verjetno dvignil že pred novim letom …

Vreme (rumena krivulja) je v povprečju delovala v smeri povečevanja R, saj smo prehajali v najhladnejši del leta, ko vse več delcev z virusi ostaja v zraku. “Sila” oziroma “forcing” povečevanja R naj bi povzročila največ zadrževanje R na nivoju okoli 0.77-0.82 do sredine decembra. A sredi decembra prihajajo novi vplivi, kot je veseli december (mogoče sem ga planiral prepozno), povečevanje obsega HAT testiranja in pa omikron.

Vpliv zunanjih razmer (rumena krivulja) na R. Od nastopa delte so imele zunanje razmere majhen vpliv na gibanje reprodukcijskega števila R, z izjemo 2. polovice oktobra.

Vrh hospitalizacij je bil 23.11. pri 1168 hospitaliziranih. Pod 500 bo izgleda padlo nekje do novega leta.
Povprečno dnevno število umrlih je že krepko čez vrh, ki je bil pri povprečnem nivoju okoli 19/dan.
Velikostni razred števila smrti med neimunimi v 4. valu je že dolgo vnaprej določen za 500-700 (morda podcenjeno za par 100?), a popuščanje zaščite in imunokompromitirani tu niso bili všteti. Zaščitenost od cepljenja je že popustila, in vsi se ne bodo takoj cepili s 3. odmerkom – zato bo večje, že dolgo se vidi da izgleda okoli 1300.

Naš trenutni povprečni faktor boljše zaščite cepljenega od necepljenega za pristanek v ICU/EIT/EIZ je sčasoma padal, in je konec oktobra znašal le okoli 7. Potem je naraščal, trenutno je okoli 12. Za posameznika je kmalu po cepljenju z 2. ali 3. odmerkom ta faktor še bistveno višji.
Pri tveganju za okužbo in hospitalizacijo se faktor v zadnjem času zaradi tretjih odmerkov povečuje.

Bolj podrobna slika trenutnega dogajanja …
Takole stojimo po SLO in EU barvnih fazah …
Pregled po regijah
Razvoj epidemije v večjih slovenskih občinah (nad XXk prebivalcev).
Ves 4. val je bila jasno izražena odvisnost incidenc regij z njihovo zaščitenostjo glede na najbolje zaščiteno regijo – slabše zaščitene (spodaj) so imele višje incidence (bolj desno). Od 9.11. naprej se je zaradi preloma preko vrha epidemije začela situacija obračati tudi tu. Ta korelacija bo zdaj verjetno zakrita do 5. vala, če ta bo.
3D potek epidemije po regijah (7d/100k incidenca oziroma tedenska vsota primerov per capita) – od začetka epidemije naprej
Situacija po starostnih skupinah:

Tudi višje starostne skupine imajo lepo padanje …
Skupina 85+ (zaenkrat) nima neke posebne rasti, ki bi jo lahko pripisali popuščanju zaščite od cepljenja. Podobno 75-84 let. Verjetno je to popuščanje že pokrito s tretjimi odmerki, ki so že nekje na 40%.

Situacija po starostnih skupinah:
3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka julija 2021 naprej.

Na spodnjem diagramu celotnega poteka epidemije po starostnih skupinah je lepo vidno, kako je cepljenje v višjih starostnih skupinah preprečilo ponovitev lanske grozljive porazdelitve okužb, ki je imela za posledico veliko hospitalizacij in tudi smrti …

3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka.

ponedeljek 27.12.2021 ob 00:55 … preview: (zaenkrat samo pogled na včeraj izdane TAN kode – 632 kod (75 ali 13% več kot prejšnjo nedeljo!), izgleda bo okoli 660/2000 …)

Predvideno gibanje R za primer 660 novih primerov pri 2000 PCR testih … R bi bil 0.88. Razpolovna doba novih primerov je trenutno 39 dni. Omikron počasi stopa v prvi plan.

nedelja 26.12.2021 ob 00:55 … preview: (zaenkrat samo pogled na včeraj izdane TAN kode – 605 kod (137 ali 18% manj kot prejšnjo soboto!), izgleda bo okoli 620/2000 …)

Predvideno gibanje R za primer 620 novih primerov pri 2000 PCR testih … R bi bil 0.86. Razpolovna doba novih primerov je trenutno 36 dni. Omikron prejšnji teden še ni bil pomemben faktor.

sobota 25.12.2021

Povzetek dnevne analize:
epidemija je od 6.11. naprej počasi padala, potem hitreje, razlog v hitrem zmanjševanju bazena dovzetnih zaradi prekuževanja in dvigovanja učinkovitosti zaščite od cepljenja s 3. odmerki
trenutno pomaga PCT v šolah (upoštevan v projekcijah), ljudje se zdaj tudi sami bolj zaščitno obnašajo, nekaj dodaja vreme (to v teh dneh že dosega max učinek na R navzgor – modelirano)
v igro prihaja varianta omikron iz Botswane/Južne Afrike, je že povsod, začetne informacije niso bile spodbudne, dominira: JAR, VB, Danska, Norvveška, USA, Sydney, v JAR in VB že smrti
zadnje dni kar ni informacij o polnjenju bolnišnic zaradi omikrona, to je zelo dobro! do konca tedna bomo lahko z gotovostjo kaj povedali …
23.12. objavljenih več študij, ki pritrjujejo temu, da omikron povzroča občutno manj hospitalizacij
koliko je omikrona pri nas se ne ve točno, naše inštitucije ne delajo dovolj SGTF proxy PCR testov in gledajo stanje 2 tedna nazaj, v tem času bo omikron vala morda že skoraj konec?!(pikra šala)
21.12. je naš prvi epidemiolog iz žepa potegnil listek, da smo (verjetno SGTF proxy testi) odkrili že 51 primerov omikrona, in da so praktično v vseh regijah (splošno dostopnih javnih podatkov ni)
glede na zadnje podatke predvidevam dvig krivulje izmerjenega R (za teden nazaj) v dneh točno okoli Božiča, vrh primerov pa verjetno do 10.1.2022, sklepam da nižji kot kje drugod
R=0.87, po 10.12. imamo rahel virtualen porast zaradi večanja obsega HAT testiranja (17.12. 5% populacije v enem dnevu!!!), očitno pa glede na sprejeme vpliva tudi veseli december
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 10%, a zaradi popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 20%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1082 (vmesni max je bil 17.9. pri 1045), NIJZ s korekcijami za nazaj 1074

11/1 SLO/EU zelenih občin, 4/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 90.5% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 90%, 65-69: 92%, 70-74: 94%, 75-79: 94%, 80-84: 94%, 85-89: 94%; 90+: 94%
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 37/dan

smrti so imele prvi vrh 24.9. pri 6/dan, po 14.10. so nenavadno porasle, trenutno jih je v povprečju 8/dan, smo že krepko čez vrh, ki je bil okoli 19/dan zadnji teden novembra.
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): vmesni vrh 14.9. pri povprečno 1045 primerih dnevno, glavni vrh 3338 6.11.2021, zdaj padajo, t/2 36 dni
napoved hospitaliziranih: vmesni vrh pri dobrih 400, potem glavni vrh 1168 23.11.
, <500 bo 30.12.
napoved ICU: v skladu z napovedjo res nismo šli preko 300, vrh je bil 25.11. pri 289 (ležalne dobe so se daljšale, odpusti so zaostajali), <200 25.12., stanje 31.12.: 178, <150 14.1.
napoved umrlih: 1300-1350 (1104 od tega jih je že bilo), po 4. valu skupno okoli 5750

Omikron
Glavna tema zdaj je prihajajoča različica virusa omikron. Spremljamo njeno hitro širjenje najprej v Južni Afriki, potem pa že v VB, ter na Danskem in Norveškem. Kasneje cela USA, pa Avstralija, Nizozemska, … Vse te države so imele v tem času bolj slabo kontrolo superprenašalskih dogodkov. Situacija v teh državah ni neposredno primerljiva. Nizozemska je šla v lockdown, Izrael sprejema ukrepe, Španija uvedla maske na prostem, ….
JAR ima mlado populacijo, visoko prekuženo z beto in delto, ter precej slabo precepljeno populacijo. Omikron se tam širi že od konca novembra. Zdaj se že dogajajo hospitalizacije in tudi že nekaj smrti, do 17.12. je bilo 56 smrti. Podatki kažejo, da je hospitalizacij in smrti malo. A populacija je mlada in ne smemo prehitro sklepati na bolj blago bolezen, čeprav raziskave od 23.12. temu pritrjujejo.
V VB se omikron pospešeno širi od začetka decembra. V Londonu je omikron zadominiral že v sredini decembra. Pričakovali so več stotisoč dnevnih okužb, tudi do milijona, a realnost je pokazala neke vrste plato pri nekaj na 90k/dan. VB ima starejšo populacijo, ki je tudi zelo solidno prekužena z alfo in delto, predvsem pa je izredno dobro precepljena. So mojstri v obdelavi podatkov in stanje pri njih do Božiča bo veliko povedalo. 20.12. zjutraj: 104 omikron hospitalizacije in 12 omikron smrti.
Tudi na Danskem omikron že dominira. Danska je slabo prekužena, a visoko precepljena. Spet nazaj uvajajo omejitve, ker vedo, da je zaščita od cepljenja nekaj manj kvalitetna od tiste prebolevnikov.
R0 omikrona še ni določen. Hitrost opazovanega širjenja sugerira R0 višji od R0 delte, a ni tako preprosto. Ta hitrost je lahko tudi posledica dokazane moči imunskega pobega omikrona (ima ranga 30 mutacij na S proteinu), in pa superprenašalskih dogodkov. Raziskava iz Hong Konga pravijo, da se omikron v bronhijih človeka 70x hitreje širi, kot delta. Podobno je potrdila tudi britanska raziskava. Dodatno se je pokazalo, da je inkubacijska doba omikrona le 3-4 dni! To bi tudi govorilo v prid R0 višjega od delte. Širjenje v teh državah tudi ni več le med mlajšo populacijo, in tudi se ne poroča o nekih masovnih reinfekcijah (možnost naj bi bila 5x višja kot pri delti). Vse to trenutno res govori v prid, da ima omikron višji R0 od delte. To bi potem impliciralo, da bo omikron v kratkem izpodrinil delto, tega pa na podatkih še nismo dokazali.
Teža bolezni, ki jo povzroča omikron, naj bi po prvih informacijah iz JAR bila nižja. A tam so visoko prekuženi in mladi in ne smemo prehitro sklepati. Bolj točno bo to pokazala situacija v VB. Sklepal sem, da bomo že na podatkih iz VB bolnišnic do Božiča veliko vedeli na to temo, do novega leta pa že skoraj vse. Res se je 23.12. pojavilo kar nekaj raziskav, ki so pritrdile blažjemu poteku. Če bi bila bolezen od omikrona res blažja, in bi omikron izpodrinil delto, potem bi to lahko bilo kar lepo Božično darilo z neba. Zbiramo podatke naprej.
Sumim, da je omikron našel neko vrrsto “niše” in jo s svojo visoko kužnostjo hitro preplavi. Zato hitra rast primerov in nato hiter upad. Ta niša je verjetno v največji meri med cepljenimi, delno pa tudi med prebolevniki. Zadnje dni celo razmišljam o varianti, da si prebolevniki z naknadnim cepljenjem zožijo imunski odziv, zaradi česar potem omikron z lahkoto povzroči prebojno okužbo. Ker pa določene komponente spominskega dela imunskega sistema še vedno delujejo (link), je hospitalizacij vseeno precej manj. To bi pojasnilo tudi relativno hiter upad dosedanjih omikron valov. Pojasnilo bi tudi negativno korelacijo zaščite od cepljenja in incidence okužb med cepljenimi (na Danskem je pogostost okužb med cepljenimi proporcionalno višja kot med necepljenimi!). Kot rečeno, o tej varianti šele razmišljam in vanjo (še) nisem prepričan.
Pri nas čakamo, kdaj bo omikron zavzel pomemben delež okužb. Naše inštitucije spet poročajo za 2 tedna nazaj (opisujejo nam prazgodovino namesto sedanjosti), in bodo našle opazen delež omikrona, ko bo pri nas omikron vala že konec (pikra šala, no, ali pa sploh ni šala). Ne delajo sproti SGTF PCR proxy testa ne velikem delu vzorcev kot to delajo drugje. 21.12. je bil podatek o 51 odkritih omikron vzorcih, in to praktično v vseh regijah. Kot sem dejal prej, do 17.12. omikron še ni zavzel 10% deleža novih okužb. Po podatkih iz 21.12. sklepam, da smo dne 22.10. že bili pri okoli 10% od vseh novih prenosov okužb. Sklepal sem, da se bo na številu novih primerov sprememba začela kazati že tik pred Božičem, potem pa bi znala krivulja R do novega leta že močno poskočiti. A 25.12. še ni omenjenega pričetka rasti primerov. Sklepam, da bo okoli 15.1. že vrh omikron vala pri nas, in da bo dnevno po največ okoli 3000-4000 novih primerov. Ker ne poznamo niti točnih karakteristik virusa, niti ne točnega obsega virusa pri nas, so vse to trenutno le zelo približne ocene. Seveda, na krivulje hospitalizacij in smrti bo omikron vplival pozneje, kot pa na krivuljo novih primerov.

Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.
Občine in regije po 7d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po starem SLO barvnem semaforju …
Občine in regije po 14d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po EU barvnem semaforju …

petek 24.12.2021

Povzetek dnevne analize:
epidemija je od 6.11. naprej počasi padala, potem hitreje, razlog v hitrem zmanjševanju bazena dovzetnih zaradi prekuževanja in dvigovanja učinkovitosti zaščite od cepljenja s 3. odmerki
trenutno pomaga PCT v šolah (upoštevan v projekcijah), ljudje se zdaj tudi sami bolj zaščitno obnašajo, nekaj dodaja vreme (to v teh dneh že dosega max učinek na R navzgor – modelirano)
v igro prihaja varianta omikron iz Botswane/Južne Afrike, je že povsod, začetne informacije niso bile spodbudne, dominira: JAR, VB, Danska, Norvveška, USA, Sydney, v JAR in VB že smrti
zadnje dni kar ni informacij o polnjenju bolnišnic zaradi omikrona, to je zelo dobro! do konca tedna bomo lahko z gotovostjo kaj povedali …
23.12. objavljenih več študij, ki pritrjujejo temu, da omikron povzroča občutno manj hospitalizacij
koliko je omikrona pri nas se ne ve točno, naše inštitucije ne delajo dovolj SGTF proxy PCR testov in gledajo stanje 2 tedna nazaj, v tem času bo omikron vala morda že skoraj konec?!(pikra šala)
21.12. je naš prvi epidemiolog iz žepa potegnil listek, da smo (verjetno SGTF proxy testi) odkrili že 51 primerov omikrona, in da so praktično v vseh regijah (splošno dostopnih javnih podatkov ni)
glede na zadnje podatke predvidevam dvig krivulje izmerjenega R (za teden nazaj) v dneh točno okoli Božiča, vrh primerov pa verjetno do 10.1.2022, sklepam da nižji kot kje drugod
R=0.88, po 10.12. imamo rahel virtualen porast zaradi večanja obsega HAT testiranja (17.12. 5% populacije v enem dnevu!!!), očitno pa glede na sprejeme vpliva tudi veseli december
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 10%, a zaradi popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 20%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1111 (vmesni max je bil 17.9. pri 1045), NIJZ s korekcijami za nazaj 1101

8/1 SLO/EU zelenih občin, 2/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 90.4% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 90%, 65-69: 92%, 70-74: 94%, 75-79: 94%, 80-84: 94%, 85-89: 94%; 90+: 94%
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 38/dan

smrti so imele prvi vrh 24.9. pri 6/dan, po 14.10. so nenavadno porasle, trenutno jih je v povprečju 9/dan, smo že krepko čez vrh, ki je bil okoli 19/dan zadnji teden novembra.
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): vmesni vrh 14.9. pri povprečno 1045 primerih dnevno, glavni vrh 3338 6.11.2021, zdaj padajo, t/2 37 dni
napoved hospitaliziranih: vmesni vrh pri dobrih 400, potem glavni vrh 1168 23.11.
, <500 bo 31.12.
napoved ICU: v skladu z napovedjo res nismo šli preko 300, vrh je bil 25.11. pri 289 (ležalne dobe so se daljšale, odpusti so zaostajali), <200 24.12., stanje 31.12.: 175, <150 10.1.
napoved umrlih: 1300-1350 (1104 od tega jih je že bilo), po 4. valu skupno okoli 5750

četrtek 23.12.2021

Povzetek dnevne analize:
epidemija je od 6.11. naprej počasi padala, potem hitreje, razlog v hitrem zmanjševanju bazena dovzetnih zaradi prekuževanja in dvigovanja učinkovitosti zaščite od cepljenja s 3. odmerki
trenutno pomaga PCT v šolah (upoštevan v projekcijah), ljudje se zdaj tudi sami bolj zaščitno obnašajo, nekaj dodaja vreme (to v teh dneh že dosega max učinek na R navzgor – modelirano)
v igro prihaja varianta omikron iz Botswane/Južne Afrike, je že povsod, začetne informacije niso spodbudne, dominira: JAR, VB, Danska, Norvveška, USA, Sydney, v JAR in VB že smrti
zadnje dni kar ni informacij o polnjenju bolnišnic zaradi omikrona, to je zelo dobro! do konca tedna bomo lahko z gotovostjo kaj povedali …
23.12. objavljenih več študij, ki pritrjujejo temu, da omikron povzroča občutno manj hospitalizacij
koliko je omikrona pri nas se ne ve točno, naše inštitucije ne delajo dovolj SGTF proxy PCR testov in gledajo stanje 2 tedna nazaj, v tem času bo omikron vala morda že skoraj konec?!(pikra šala)
21.12. je naš prvi epidemiolog iz žepa potegnil listek, da smo (verjetno SGTF proxy testi) odkrili že 51 primerov omikrona, in da so praktično v vseh regijah (splošno dostopnih javnih podatkov ni)
glede na zadnje podatke predvidevam dvig krivulje izmerjenega R (za teden nazaj) v dneh točno okoli Božiča, vrh primerov pa verjetno do 10.1.2022, sklepam da nižji kot kje drugod
R=0.88, po 10.12. imamo rahel virtualen porast zaradi večanja obsega HAT testiranja (17.12. 5% populacije v enem dnevu!!!)
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 10%, a zaradi popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 20%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1121 (vmesni max je bil 17.9. pri 1045), NIJZ s korekcijami za nazaj 1114

6/1 SLO/EU zelenih občin, 2/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 90.3% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 90%, 65-69: 92%, 70-74: 94%, 75-79: 94%, 80-84: 94%, 85-89: 93%; 90+: 93%
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 38/dan

smrti so imele prvi vrh 24.9. pri 6/dan, po 14.10. so nenavadno porasle, trenutno jih je v povprečju 9/dan, smo že krepko čez vrh, ki je bil okoli 19/dan zadnji teden novembra.
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): vmesni vrh 14.9. pri povprečno 1045 primerih dnevno, glavni vrh 3338 6.11.2021, zdaj padajo, t/2 38 dni
napoved hospitaliziranih: vmesni vrh pri dobrih 400, potem glavni vrh 1168 23.11.
, <500 bo 30.12.
napoved ICU: v skladu z napovedjo res nismo šli preko 300, vrh je bil 25.11. pri 289 (ležalne dobe so se daljšale, odpusti so zaostajali), <200 23.12., stanje 31.12.: 170, <150 8.1.
napoved umrlih: 1300-1350 (1103 od tega jih je že bilo), po 4. valu skupno okoli 5750

Omikron
Glavna tema zdaj je prihajajoča različica virusa omikron. Spremljamo njeno hitro širjenje najprej v Južni Afriki, potem pa že v VB, ter na Danskem in Norveškem. Kasneje cela USA, pa Avstralija, Nizozemska, … Vse te države so imele v tem času bolj slabo kontrolo superprenašalskih dogodkov. Situacija v teh državah ni neposredno primerljiva. Nizozemska je šla v lockdown, Izrael sprejema ukrepe, Španija uvedla maske na prostem, ….
JAR ima mlado populacijo, visoko prekuženo z beto in delto, ter precej slabo precepljeno populacijo. Omikron se tam širi že od konca novembra. Zdaj se že dogajajo hospitalizacije in tudi že nekaj smrti, do 17.12. je bilo 56 smrti. Podatki kažejo, da je hospitalizacij in smrti malo. A populacija je mlada in ne smemo prehitro sklepati na bolj blago bolezen, čeprav raziskave od 23.12. temu pritrjujejo.
V VB se omikron pospešeno širi od začetka decembra. V Londonu je omikron zadominiral že v sredini decembra. Pričakovali so več stotisoč dnevnih okužb, tudi do milijona, a realnost je pokazala neke vrste plato pri nekaj na 90k/dan. VB ima starejšo populacijo, ki je tudi zelo solidno prekužena z alfo in delto, predvsem pa je izredno dobro precepljena. So mojstri v obdelavi podatkov in stanje pri njih do Božiča bo veliko povedalo. 20.12. zjutraj: 104 omikron hospitalizacije in 12 omikron smrti.
Tudi na Danskem omikron že dominira. Danska je slabo prekužena, a visoko precepljena. Spet nazaj uvajajo omejitve, ker vedo, da je zaščita od cepljenja nekaj manj kvalitetna od tiste prebolevnikov.
R0 omikrona še ni določen. Hitrost opazovanega širjenja sugerira R0 višji od R0 delte, a ni tako preprosto. Ta hitrost je lahko tudi posledica dokazane moči imunskega pobega omikrona (ima ranga 30 mutacij na S proteinu), in pa superprenašalskih dogodkov. Raziskava iz Hong Konga pravijo, da se omikron v bronhijih človeka 70x hitreje širi, kot delta. Podobno je potrdila tudi britanska raziskava. To bi tudi govorilo v prid R0 višjega od delte. Širjenje v teh državah tudi ni več le med mlajšo populacijo, in tudi se ne poroča o nekih masovnih reinfekcijah (možnost naj bi bila 5x višja kot pri delti). Vse to trenutno res govori v prid, da ima omikron višji R0 od delte. To bi potem impliciralo, da bo omikron v kratkem izpodrinil delto, tega pa na podatkih še nismo dokazali.
Teža bolezni, ki jo povzroča omikron, naj bi po prvih informacijah iz JAR bila nižja. A tam so visoko prekuženi in mladi in ne smemo prehitro sklepati. Bolj točno bo to pokazala situacija v VB. Sklepal sem, da bomo že na podatkih iz VB bolnišnic do Božiča veliko vedeli na to temo, do novega leta pa že skoraj vse. Res se je 23.12. pojavilo kar nekaj raziskav, ki so pritrdile blažjemu poteku. Če bi bila bolezen od omikrona res blažja, in bi omikron izpodrinil delto, potem bi to lahko bilo kar lepo Božično darilo z neba. Zbiramo podatke naprej.
Sumim, da je omikron našel neko vrrsto “niše” in jo s svojo visoko kužnostjo hitro preplavi. Zato hitra rast primerov in nato hiter upad. Ta niša je verjetno v največji meri med cepljenimi, delno pa tudi med prebolevniki. Zadnje dni celo razmišljam o varianti, da si prebolevniki z naknadnim cepljenjem zožijo imunski odziv, zaradi česar potem omikron z lahkoto povzroči prebojno okužbo. Ker pa določene komponente spominskega dela imunskega sistema še vedno delujejo (link), je hospitalizacij vseeno precej manj. To bi pojasnilo tudi relativno hiter upad dosedanjih omikron valov. Pojasnilo bi tudi negativno korelacijo zaščite od cepljenja in incidence okužb med cepljenimi (na Danskem je pogostost okužb med cepljenimi proporcionalno višja kot med necepljenimi!). Kot rečeno, o tej varianti šele razmišljam in vanjo (še) nisem prepričan.
Pri nas čakamo, kdaj bo omikron zavzel pomemben delež okužb. Naše inštitucije spet poročajo za 2 tedna nazaj (opisujejo nam prazgodovino namesto sedanjosti), in bodo našle opazen delež omikrona, ko bo pri nas omikron vala že konec (pikra šala, no, ali pa sploh ni šala). Ne delajo sproti SGTF PCR proxy testa ne velikem delu vzorcev kot to delajo drugje. 21.12. je bil podatek o 51 odkritih omikron vzorcih, in to praktično v vseh regijah. Kot sem dejal prej, do 17.12. omikron še ni zavzel 10% deleža novih okužb. Po podatkih iz 21.12. sklepam, da smo dne 22.10. že bili pri okoli 10% od vseh novih prenosov okužb. Sklepam, da se bo na številu novih primerov sprememba začela kazati že tik pred Božičem, potem pa zna krivulja R do novega leta že močno poskočiti. Sklepam, da bo okoli 10.1. že vrh omikron vala pri nas, in da bo dnevno po največ okoli 3000-4000 novih primerov. Ker ne poznamo niti točnih karakteristik virusa, niti ne točnega obsega virusa pri nas, so vse to trenutno le zelo približne ocene. Seveda, na krivulje hospitalizacij in smrti bo omikron vplival pozneje, kot pa na krivuljo novih primerov.

Imunost (I) glede na prekuženost (P) in precepljenost (C) po starostnih skupinah in regijah …

Z epidemiološkim modelom v aplikaciji covidSLO modeliram novoletni porast R za 0.22 in potem še njegov padec nazaj za 0.17. Štartam s trenutno izmerjenim R, upoštevana trenutna povprečna učinkovitost cepiva (učinkovitost zaščite posameznega cepljenja s časom upada) je iz 50% v sredini novembra do decembra zaradi 3. odmerkov narasla na preko 60%. Opozorilo: zaradi prihajajoče variante omikron bo krivulja primerov v januarju verjetno povsem drugačna. Trenutno je še ni možno kvalitetno izrisati.

Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.88; b) R med 27.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 73.4%
Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.88; b) R med 27.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 73.4%
Projekcija dogajanja v EIT/EIZ/ICU …
Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.
Občine in regije po 7d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po starem SLO barvnem semaforju …

Laboratoriji so v delta valu zmogli več od povprečno 7-8000 PCR testov dnevno! Bravo!

Smo v pričakovanju pohoda omikrona, ko nam bo R hitro narastel krepko preko 1.
Gledano brez omikrona pa epidemija upada solidno hitro, R je že od konca novembra v okolici 0.75-0.80. Zdaj vreme lahko prestavlja R malce gor/dol, mišljeno je bilo tudi do 0.85. Dejansko pa nam v zadnjem času R virtualno dviguje vse večji obseh hitrega testiranja, ki je povprečno že preko 80k/dan. 17.12. je bilo tako s hitrimi testi pretestiranega 5% prebivalstva!! Približno tak nivo padanja epidemije bi se brez omikrona obdržal kar skoraj do sredine januarja, razen od Božiča do prvega tedna januarja, ko bi bil nekoliko višji.
Omikron pa zdaj riše svoje krivulje ne oziraje se na našo zgodovino in naše želje. Krivuljo R bo kot kaže zelo verjetno dvignil že pred novim letom …

Vreme (rumena krivulja) je v povprečju delovala v smeri povečevanja R, saj smo prehajali v najhladnejši del leta, ko vse več delcev z virusi ostaja v zraku. “Sila” oziroma “forcing” povečevanja R naj bi povzročila največ zadrževanje R na nivoju okoli 0.77-0.82 do sredine decembra. A sredi decembra prihajajo novi vplivi, kot je veseli december (mogoče sem ga planiral prepozno), povečevanje obsega HAT testiranja in pa omikron.

Vpliv zunanjih razmer (rumena krivulja) na R. Od nastopa delte so imele zunanje razmere majhen vpliv na gibanje reprodukcijskega števila R, z izjemo 2. polovice oktobra.

Vrh hospitalizacij je bil 23.11. pri 1168 hospitaliziranih. Pod 500 bo izgleda padlo nekje do novega leta.
Povprečno dnevno število umrlih je že čez vrh, ki je bil pri povprečnem nivoju okoli 19/dan.
Velikostni razred števila smrti med neimunimi v 4. valu je že dolgo vnaprej določen za 500-700 (morda podcenjeno za par 100?), a popuščanje zaščite in imunokompromitirani tu niso bili všteti. Zaščitenost od cepljenja je že popustila, in vsi se ne bodo takoj cepili s 3. odmerkom – zato bo večje, že dolgo se vidi da izgleda okoli 1300.

Naš trenutni povprečni faktor boljše zaščite cepljenega od necepljenega za pristanek v ICU/EIT/EIZ je sčasoma padal, in je konec oktobra znašal le okoli 7. Potem je naraščal, trenutno je okoli 12. Za posameznika je kmalu po cepljenju z 2. ali 3. odmerkom ta faktor še bistveno višji.
Pri tveganju za okužbo in hospitalizacijo se faktor v zadnjem času zaradi tretjih odmerkov povečuje.

Bolj podrobna slika trenutnega dogajanja …
Takole stojimo po SLO in EU barvnih fazah …
Pregled po regijah
Razvoj epidemije v večjih slovenskih občinah (nad XXk prebivalcev).
Ves 4. val je bila jasno izražena odvisnost incidenc regij z njihovo zaščitenostjo glede na najbolje zaščiteno regijo – slabše zaščitene (spodaj) so imele višje incidence (bolj desno). Od 9.11. naprej se je zaradi preloma preko vrha epidemije začela situacija obračati tudi tu. Ta korelacija bo zdaj verjetno zakrita do 5. vala, če ta bo.
3D potek epidemije po regijah (7d/100k incidenca oziroma tedenska vsota primerov per capita) – od začetka epidemije naprej
Situacija po starostnih skupinah:

Tudi višje starostne skupine imajo lepo padanje …
Skupina 85+ (zaenkrat) nima neke posebne rasti, ki bi jo lahko pripisali popuščanju zaščite od cepljenja. Podobno 75-84 let. Verjetno je to popuščanje že pokrito s tretjimi odmerki, ki so že nekje na 40%.

Situacija po starostnih skupinah:
3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka julija 2021 naprej.

Na spodnjem diagramu celotnega poteka epidemije po starostnih skupinah je lepo vidno, kako je cepljenje v višjih starostnih skupinah preprečilo ponovitev lanske grozljive porazdelitve okužb, ki je imela za posledico veliko hospitalizacij in tudi smrti …

3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka.

četrtek 23.12.2021 ob 00:55 … preview: (zaenkrat samo pogled na včeraj izdane TAN kode – 999 kod (217 ali 18% manj kot prejšnjo sredo!), izgleda bo okoli 1100/4500 …)

Predvideno gibanje R za primer 1100 novih primerov pri 4500 PCR testih … R bi bil 0.88. Razpolovna doba novih primerov je trenutno 38 dni. Omikron prejšnji teden še ni bil pomemben faktor.

sreda 22.12.2021

Povzetek dnevne analize:
epidemija je od 6.11. naprej počasi padala, potem hitreje, razlog v hitrem zmanjševanju bazena dovzetnih zaradi prekuževanja in dvigovanja učinkovitosti zaščite od cepljenja s 3. odmerki
trenutno pomaga PCT v šolah (upoštevan v projekcijah), ljudje se zdaj tudi sami bolj zaščitno obnašajo, nekaj dodaja vreme (to v teh dneh že dosega max učinek na R navzgor – modelirano)
v igro prihaja varianta omikron iz Botswane/Južne Afrike, je že povsod, začetne informacije niso spodbudne, dominira: JAR, VB, Danska, Norvveška, USA, v JAR in VB že smrti
zadnje dni kar ni informacij o polnjenju bolnišnic zaradi omikrona, to je zelo dobro! do konca tedna bomo lahko z gotovostjo kaj povedali …
koliko je omikrona pri nas se ne ve točno, naše inštitucije ne delajo dovolj SGTF proxy PCR testov in gledajo stanje 2 tedna nazaj, v tem času bo omikron vala morda že skoraj konec?!(pikra šala)
včeraj je naš prvi epidemiolog iz žepa potegnil listek, da smo (verjetno SGTF proxy testi) odkrili že 51 primerov omikrona, in da so praktično v vseh regijah (splošno dostopnih javnih podatkov ni)
glede na zadnje podatke predvidevam dvig krivulje izmerjenega R (za teden nazaj) v dneh točno okoli Božiča, vrh primerov pa verjetno do 10.1.2022, sklepam da nižji kot kje drugod
R=0.88, po 10.12. imamo rahel virtualen porast zaradi večanja obsega HAT testiranja (17.12. 5% populacije v enem dnevu!!!)
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 10%, a zaradi popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 20%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1153 (vmesni max je bil 17.9. pri 1045), NIJZ s korekcijami za nazaj 1145

6/1 SLO/EU zelenih občin, 2/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 90.1% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 89%, 65-69: 91%, 70-74: 94%, 75-79: 93%, 80-84: 93%, 85-89: 93%; 90+: 93%
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 38/dan

smrti so imele prvi vrh 24.9. pri 6/dan, po 14.10. so nenavadno porasle, trenutno jih je v povprečju 9-10/dan, smo že krepko čez vrh, ki je bil okoli 19/dan zadnji teden novembra.
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): vmesni vrh 14.9. pri povprečno 1045 primerih dnevno, glavni vrh 3338 6.11.2021, zdaj padajo, t/2 37 dni
napoved hospitaliziranih: vmesni vrh pri dobrih 400, potem glavni vrh 1168 23.11.
, <500 bo 30.12.
napoved ICU: v skladu z napovedjo res nismo šli preko 300, vrh je bil 25.11. pri 289 (ležalne dobe so se daljšale, odpusti so zaostajali), <200 23.12., stanje 31.12.: 165, <150 4.1.
napoved umrlih: 1300-1350 (1093 od tega jih je že bilo), po 4. valu skupno okoli 5750

Omikron
Glavna tema zdaj je prihajajoča različica virusa omikron. Spremljamo njeno hitro širjenje najprej v Južni Afriki, potem pa že v VB, ter na Danskem in Norveškem. Vse te države so imele v tem času bolj slabo kontrolo superprenašalskih dogodkov. Situacija v teh državah ni neposredno primerljiva, edino mogoče med Dansko in Norveško. Zato bom Norveško izpustil. Dominira tudi že v ameriški zvezni državi Washington, Nizozemska šla v lockdown, Izrael sprejema ukrepe, ….
JAR ima mlado populacijo, visoko prekuženo z beto in delto, ter precej slabo precepljeno populacijo. Omikron se tam širi že od konca novembra. Zdaj se že dogajajo hospitalizacije in tudi že nekaj smrti, do 17.12. je bilo 56 smrti. Podatki kažejo, da je hospitalizacij in smrti malo. A populacija je mlada in ne smemo prehitro sklepati na bolj blago bolezen.
V VB se omikron pospešeno širi od začetka decembra. V Londonu je omikron zadominiral že v sredini decembra. Pričakujejo več stotisoč dnevnih okužb. VB ima starejšo populacijo, ki je tudi zelo solidno prekužena z alfo in delto, predvsem pa je izredno dobro precepljena. So mojstri v obdelavi podatkov in stanje pri njih do Božiča bo že marsikaj povedalo. 20.12. zjutraj: 104 omikron hospitalizacije in 12 omikron smrti.
Tudi na Danskem omikron že dominira. Danska je slabo prekužena, a visoko precepljena. Spet nazaj uvajajo omejitve, ker vedo, da je zaščita od cepljenja nekaj manj kvalitetna od tiste prebolevnikov.
R0 omikrona še ni določen. Hitrost opazovanega širjenja sugerira R0 višji od R0 delte, a ni tako preprosto. Ta hitrost je lahko tudi posledica dokazane moči imunskega pobega omikrona (ima ranga 30 mutacij na S proteinu), in pa superprenašalskih dogodkov. Raziskava iz Hong Konga pravijo, da se omikron v bronhijih človeka 70x hitreje širi, kot delta. Podobno je potrdila tudi britanska raziskava. To bi tudi govorilo v prid R0 višjega od delte. Širjenje v teh državah tudi ni več le med mlajšo populacijo, in tudi se ne poroča o nekih masovnih reinfekcijah (možnost naj bi bila 5x višja kot pri delti). Vse to trenutno res govori v prid, da ima omikron višji R0 od delte. To bi potem impliciralo, da bo omikron v kratkem izpodrinil delto, tega pa na podatkih še nismo dokazali.
Teža bolezni, ki jo povzroča omikron, naj bi po prvih informacijah iz JAR bila nižja. A tam so visoko prekuženi in mladi in ne smemo prehitro sklepati. Bolj točno bo to pokazala situacija v VB. Sklepam, da bomo že na podatkih iz VB bolnišnic do Božiča veliko vedeli na to temo, do novega leta pa že skoraj vse. Če bi bila bolezen od omikrona res blažja, in bi omikron izpodrinil delto, potem bi to lahko bilo kar lepo Božično darilo z neba. Zbiramo podatke naprej.
Sumim, da je omikron našel neko vrrsto “niše” in jo s svojo visoko kužnostjo hitro preplavi. Zato hitra rast primerov in nato hiter upad. Ta niša je verjetno v največji meri med cepljenimi, delno pa tudi med prebolevniki.
Pri nas čakamo, kdaj bo omikron zavzel pomemben delež okužb. Naše inštitucije spet poročajo za 2 tedna nazaj (opisujejo nam prazgodovino namesto sedanjosti), in bodo našle opazen delež omikrona, ko bo pri nas omikron vala že konec (pikra šala, no, ali pa sploh ni šala). Ne delajo sproti SGTF PCR proxy testa ne velikem delu vzorcev kot to delajo drugje. 21.12. je bil podatek o 51 odkritih omikron vzorcih, in to praktično v vseh regijah. Kot sem dejal prej, do 17.12. omikron še ni zavzel 10% deleža novih okužb. Po podatkih iz 21.12. sklepam, da smo danes 22.10. že pri okoli 10% od vseh novih prenosov okužb. Sklepam, da se bo na številu novih primerov sprememba začela kazati že tik pred Božičem, potem pa zna krivulja R do novega leta že močno poskočiti. Sklepam, da bo okoli 10.1. že vrh omikron vala pri nas, in da bo dnevno po največ okoli 3000-4000 novih primerov. Ker ne poznamo niti točnih karakteristik virusa, niti ne točnega obsega virusa pri nas, so vse to trenutno le zelo približne ocene. Seveda, na krivulje hospitalizacij in smrti bo omikron vplival pozneje, kot pa na krivuljo novih primerov.

Imunost (I) glede na prekuženost (P) in precepljenost (C) po starostnih skupinah in regijah …

Z epidemiološkim modelom v aplikaciji covidSLO modeliram novoletni porast R za 0.22 in potem še njegov padec nazaj za 0.17. Štartam s trenutno izmerjenim R, upoštevana trenutna povprečna učinkovitost cepiva (učinkovitost zaščite posameznega cepljenja s časom upada) je iz 50% v sredini novembra do decembra zaradi 3. odmerkov narasla na preko 60%. Opozorilo: zaradi prihajajoče variante omikron bo krivulja primerov v januarju verjetno povsem drugačna. Trenutno je še ni možno kvalitetno izrisati.

Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.88; b) R med 27.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 73.3%
Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.88; b) R med 27.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 73.3%
Projekcija dogajanja v EIT/EIZ/ICU …
Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.
Občine in regije po 7d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po starem SLO barvnem semaforju …

Laboratoriji so tokrat zmogli več od povprečno 7-8000 PCR testov dnevno! Bravo!

Smo v pričakovanju pohoda omikrona, ko nam bo R hitro narastel krepko preko 1.
Gledano brez omikrona pa epidemija upada solidno hitro, R je že od konca novembra v okolici 0.75-0.80. Zdaj vreme lahko prestavlja R malce gor/dol, mišljeno je bilo tudi do 0.85. Dejansko pa nam v zadnjem času R virtualno dviguje vse večji obseh hitrega testiranja, ki je povprečno že preko 80k/dan. 17.12. je bilo tako s hitrimi testi pretestiranega 5% prebivalstva!! Približno tak nivo padanja epidemije bi se brez omikrona obdržal kar skoraj do sredine januarja, razen od Božiča do prvega tedna januarja, ko bi bil nekoliko višji.
Omikron pa zdaj riše svoje krivulje ne oziraje se na našo zgodovino in naše želje. Krivuljo R bo kot kaže zelo verjetno dvignil že pred novim letom …

Vreme (rumena krivulja) je v povprečju delovala v smeri povečevanja R, saj smo prehajali v najhladnejši del leta, ko vse več delcev z virusi ostaja v zraku. “Sila” oziroma “forcing” povečevanja R naj bi povzročila največ zadrževanje R na nivoju okoli 0.77-0.82 do sredine decembra. A sredi decembra prihajajo novi vplivi, kot je veseli december (mogoče sem ga planiral prepozno), povečevanje obsega HAT testiranja in pa omikron.

Vpliv zunanjih razmer (rumena krivulja) na R. Od nastopa delte so imele zunanje razmere majhen vpliv na gibanje reprodukcijskega števila R, z izjemo 2. polovice oktobra.

Vrh hospitalizacij je bil 23.11. pri 1168 hospitaliziranih. Pod 500 bo izgleda padlo nekje do novega leta.
Povprečno dnevno število umrlih je že čez vrh, ki je bil pri povprečnem nivoju okoli 19/dan.
Velikostni razred števila smrti med neimunimi v 4. valu je že dolgo vnaprej določen za 500-700 (morda podcenjeno za par 100?), a popuščanje zaščite in imunokompromitirani tu niso bili všteti. Zaščitenost od cepljenja je že popustila, in vsi se ne bodo takoj cepili s 3. odmerkom – zato bo večje, že dolgo se vidi da izgleda okoli 1300.

Naš trenutni povprečni faktor boljše zaščite cepljenega od necepljenega za pristanek v ICU/EIT/EIZ je sčasoma padal, in je konec oktobra znašal le okoli 7. Potem je naraščal, trenutno je okoli 12. Za posameznika je kmalu po cepljenju z 2. ali 3. odmerkom ta faktor še bistveno višji.
Pri tveganju za okužbo in hospitalizacijo se faktor v zadnjem času zaradi tretjih odmerkov povečuje.

Bolj podrobna slika trenutnega dogajanja …
Takole stojimo po SLO in EU barvnih fazah …
Pregled po regijah
Razvoj epidemije v večjih slovenskih občinah (nad XXk prebivalcev).
Ves 4. val je bila jasno izražena odvisnost incidenc regij z njihovo zaščitenostjo glede na najbolje zaščiteno regijo – slabše zaščitene (spodaj) so imele višje incidence (bolj desno). Od 9.11. naprej se je zaradi preloma preko vrha epidemije začela situacija obračati tudi tu. Ta korelacija bo zdaj verjetno zakrita do 5. vala, če ta bo.
3D potek epidemije po regijah (7d/100k incidenca oziroma tedenska vsota primerov per capita) – od začetka epidemije naprej
Situacija po starostnih skupinah:

Tudi višje starostne skupine imajo lepo padanje …
Skupina 85+ (zaenkrat) nima neke posebne rasti, ki bi jo lahko pripisali popuščanju zaščite od cepljenja. Podobno 75-84 let. Verjetno je to popuščanje že pokrito s tretjimi odmerki, ki so že nekje na 40%.

Situacija po starostnih skupinah:
3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka julija 2021 naprej.

Na spodnjem diagramu celotnega poteka epidemije po starostnih skupinah je lepo vidno, kako je cepljenje v višjih starostnih skupinah preprečilo ponovitev lanske grozljive porazdelitve okužb, ki je imela za posledico veliko hospitalizacij in tudi smrti …

3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka.

torek 21.12.2021

Povzetek dnevne analize:
epidemija je od 6.11. naprej počasi padala, potem hitreje, razlog v hitrem zmanjševanju bazena dovzetnih zaradi prekuževanja in dvigovanja učinkovitosti zaščite od cepljenja s 3. odmerki
trenutno pomaga PCT v šolah (upoštevan v projekcijah), ljudje se zdaj tudi sami bolj zaščitno obnašajo, nekaj dodaja vreme (to v teh dneh že dosega max učinek na R navzgor – modelirano)
v igro prihaja varianta omikron iz Botswane/Južne Afrike, je že povsod, začetne informacije niso spodbudne, dominira: JAR, London, Danska, Washington, Norvveška(?), v JAR in VB že smrti
zadnje dni kar ni informacij o polnjenju bolnišnic zaradi omikrona, to je zelo dobro! do konca tedna bomo lahko z gotovostjo kaj povedali …
koliko je omikrona pri nas se ne ve točno, naše inštitucije ne delajo dovolj SGTF proxy PCR testov in gledajo stanje 2 tedna nazaj, v tem času bo omikron vala morda že skoraj konec?!(pikra šala)
včeraj je naš prvi epidemiolog iz žepa potegnil listek, da smo (verjetno SGTF proxy testi) odkrili že 51 primerov omikrona, in da so praktično v vseh regijah
glede na zadnje podatke predvidevam dvig krivulje izmerjenega R (za teden nazaj) v dneh točno okoli Božiča, vrh primerov pa verjetno do 10.1.2022, sklepam da nižji kot kje drugod
R=0.88, rahel virtualen porast zaradi večanja obsega HAT testiranja (17.12. 5% populacije v enem dnevu!!!)
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 10%, a zaradi popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 20%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1192 (vmesni max je bil 17.9. pri 1045), NIJZ s korekcijami za nazaj 1186

9/1 SLO/EU zelenih občin, 3/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 90.0% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 89%, 65-69: 91%, 70-74: 94%, 75-79: 93%, 80-84: 93%, 85-89: 93%; 90+: 93%
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 39/dan

smrti so imele prvi vrh 24.9. pri 6/dan, po 14.10. so nenavadno porasle, trenutno jih je v povprečju 10/dan, smo že krepko čez vrh, ki je bil okoli 19/dan zadnji teden novembra.
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): vmesni vrh 14.9. pri povprečno 1045 primerih dnevno, glavni vrh 3338 6.11.2021, zdaj padajo, t/2 37 dni
napoved hospitaliziranih: vmesni vrh pri dobrih 400, potem glavni vrh 1168 23.11.
, <500 bo 29.12.
napoved ICU: v skladu z napovedjo res nismo šli preko 300, vrh je bil 25.11. pri 289 (ležalne dobe so se daljšale, odpusti so zaostajali), <200 23.12., <100 26.1.
napoved umrlih: 1300-1350 (1087 od tega jih je že bilo), po 4. valu skupno okoli 5750

ponedeljek 20.12.2021

Povzetek dnevne analize:
epidemija je od 6.11. naprej počasi padala, potem hitreje, razlog v hitrem zmanjševanju bazena dovzetnih zaradi prekuževanja in dvigovanja učinkovitosti zaščite od cepljenja s 3. odmerki
trenutno pomaga PCT v šolah (upoštevan v projekcijah), ljudje se zdaj tudi sami bolj zaščitno obnašajo, nekaj dodaja vreme (to v teh dneh že dosega max učinek na R navzgor – modelirano)
v igro prihaja varianta omikron iz Botswane/Južne Afrike, je že povsod, začetne informacije niso spodbudne, dominira: JAR, London, Danska, Washington, Norvveška(?), v JAR in VB že smrti
koliko je omikrona pri nas se ne ve točno, naše inštitucije ne delajo dovolj SGTF proxy PCR testov in gledajo stanje 2 tedna nazaj, v tem času bo omikron vala morda že skoraj konec?!(pikra šala)
omikron večjega vpliva na naše krivulje do konca leta morda še ne bo imel, morda tudi do sredine januarja ne, lahko pa je že po novem letu hud val
R=0.87, rahel virtualen porast zaradi večanja obsega HAT testiranja (17.12. 5% populacije v enem dnevu!!!)
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 10%, a zaradi popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 20%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1214 (vmesni max je bil 17.9. pri 1045), NIJZ s korekcijami za nazaj 1209

4/1 SLO/EU zelenih občin, 2/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 89.9% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 89%, 65-69: 91%, 70-74: 93%, 75-79: 93%, 80-84: 93%, 85-89: 93%; 90+: 93%
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 41/dan

smrti so imele prvi vrh 24.9. pri 6/dan, po 14.10. so nenavadno porasle, trenutno jih je v povprečju 10/dan, smo že krepko čez vrh, ki je bil okoli 19/dan zadnji teden novembra.
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): vmesni vrh 14.9. pri povprečno 1045 primerih dnevno, glavni vrh 3338 6.11.2021, zdaj padajo, t/2 35 dni
napoved hospitaliziranih: vmesni vrh pri dobrih 400, potem glavni vrh 1168 23.11.
, <500 bo 29.12.
napoved ICU: v skladu z napovedjo res nismo šli preko 300, vrh je bil 25.11. pri 289 (ležalne dobe so se daljšale, odpusti so zaostajali), <200 23.12., <100 27.1.
napoved umrlih: 1300-1350 (1081 od tega jih je že bilo), po 4. valu skupno okoli 5750

Omikron
Glavna tema zdaj je prihajajoča različica virusa omikron. Spremljamo njeno hitro širjenje najprej v Južni Afriki, potem pa že v VB, ter na Danskem in Norveškem. Vse te države so imele v tem času bolj slabo kontrolo superprenašalskih dogodkov. Situacija v teh državah ni neposredno primerljiva, edino mogoče med Dansko in Norveško. Zato bom Norveško izpustil. Dominira tudi že v ameriški zvezni državi Washington, Nizozemska šla v lockdown, Izrael sprejema ukrepe, ….
JAR ima mlado populacijo, visoko prekuženo z beto in delto, ter precej slabo precepljeno populacijo. Omikron se tam širi že od konca novembra. Zdaj se že dogajajo hospitalizacije in tudi že nekaj smrti, do 17.12. je bilo 56 smrti. Podatki kažejo, da je hospitalizacij in smrti malo. A populacija je mlada in ne smemo prehitro sklepati na bolj blago bolezen.
V VB se omikron pospešeno širi od začetka decembra. V Londonu je omikron zadominiral že v sredini decembra. Pričakujejo več stotisoč dnevnih okužb. VB ima starejšo populacijo, ki je tudi zelo solidno prekužena z alfo in delto, predvsem pa je izredno dobro precepljena. So mojstri v obdelavi podatkov in stanje pri njih do Božiča bo že marsikaj povedalo. 20.12. zjutraj: 104 omikron hospitalizacije in 12 omikron smrti.
Na Danskem je omikron tudi tik pred dominacijo. Danska je slabo prekužena, a visoko precepljena. Spet nazaj uvajajo omejitve, ker vedo, da je zaščita od cepljenja nekaj manj kvalitetna od tiste prebolevnikov.
R0 omikrona še ni določen. Hitrost opazovanega širjenja sugerira R0 višji od R0 delte, a ni tako preprosto. Ta hitrost je lahko tudi posledica dokazane moči imunskega pobega omikrona (ima ranga 30 mutacij na S proteinu), in pa superprenašalskih dogodkov. Raziskava iz Hong Konga pravijo, da se omikron v bronhijih človeka 70x hitreje širi, kot delta. Podobno je potrdila tudi britanska raziskava. To bi tudi govorilo v prid R0 višjega od delte. Širjenje v teh državah tudi ni več le med mlajšo populacijo, in tudi se ne poroča o nekih masovnih reinfekcijah (možnost naj bi bila 5x višja kot pri delti). Vse to trenutno res govori v prid, da ima omikron višji R0 od delte. To bi potem impliciralo, da bo omikron v kratkem izpodrinil delto, tega pa na podatkih še nismo dokazali.
Teža bolezni, ki jo povzroča omikron, naj bi po prvih informacijah iz JAR bila nižja. A tam so visoko prekuženi in mladi in ne smemo prehitro sklepati. Bolj točno bo to pokazala situacija v VB. Sklepam, da bomo že na podatkih iz VB bolnišnic do Božiča veliko vedeli na to temo, do novega leta pa že skoraj vse. Če bi bila bolezen od omikrona res blažja, in bi omikron izpodrinil delto, potem bi to lahko bilo kar lepo Božično darilo z neba. Zbiramo podatke naprej.
Pri nas čakamo, kdaj bo omikron zavzel pomemben delež okužb. Naše inštitucije spet poročajo za 2 tedna nazaj (opisujejo nam prazgodovino namesto sedanjosti), in bodo našle opazen delež omikrona, ko bo pri nas omikron vala že konec (pikra šala). Ne delajo sproti SGTF PCR proxy testa ne velikem delu vzorcev kot to delajo drugje. Sklepam, da do 17.12. omikron še ni zavzel 10% deleža novih okužb. Ko bo to presegel, bo verjetno že v enem tednu postal dominantna različica virusa in takrat bodo naše krivulje močno poskočile. Ker ne poznamo niti karakteristik virusa, niti obsega virusa pri nas, trenutno še ni možno povedati, kdaj se bo omikron val pri nas zares začel. Lahko je jutri, lahko pa po novem letu. V tej luči je tudi potrebno gledati vse krivulje na teh straneh. Seveda, na krivulje hospitalizacij in smrti bo omikron vplival pozneje, kot pa na krivuljo novih primerov.

Imunost (I) glede na prekuženost (P) in precepljenost (C) po starostnih skupinah in regijah …

Z epidemiološkim modelom v aplikaciji covidSLO modeliram novoletni porast R za 0.22 in potem še njegov padec nazaj za 0.17. Štartam s trenutno izmerjenim R, upoštevana trenutna povprečna učinkovitost cepiva (učinkovitost zaščite posameznega cepljenja s časom upada) je iz 50% v sredini novembra do decembra zaradi 3. odmerkov narasla na preko 60%. Opozorilo: zaradi prihajajoče variante omikron bo krivulja primerov v januarju verjetno povsem drugačna. Trenutno je še ni možno kvalitetno izrisati.

Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.87; b) R med 27.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 72.9%
Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.87; b) R med 27.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 72.9%
Projekcija dogajanja v EIT/EIZ/ICU …
Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.
Občine in regije po 7d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po starem SLO barvnem semaforju …

Laboratoriji so tokrat zmogli več od povprečno 7-8000 PCR testov dnevno! Bravo!

Smo v pričakovanju pohoda omikrona, ko nam bo R hitro narastel krepko preko 1.
Gledano brez omikrona pa epidemija upada solidno hitro, R je že od konca novembra v okolici 0.75-0.80. Zdaj vreme lahko prestavlja R malce gor/dol, mišljeno je bilo tudi do 0.85. Dejansko pa nam v zadnjem času R virtualno dviguje vse večji obseh hitrega testiranja. 17.12. je bilo tako s hitrimi testi pretestiranega 5% prebivalstva!! Približno tak nivo padanja epidemije bi se brez omikrona obdržal kar skoraj do sredine januarja, razen od Božiča do prvega tedna januarja, ko bo nekoliko višji.
Kot rečeno bo vse spremenila varianta omikron, a o njej zaenkrat še ni zanesljivih informacij. Spremljamo na polno. V Londonu že dominira, skoraj tudi že na Danskem, počasi prihajajo vse bolj kvalitetne informacije tudi iz tamkajšnjih bolnišnic. Na krivuljah pri nas se omikron skoraj zagotovo ne bo poznal vsaj do Božiča, morda do konca decembra. Bil sem prepričan, da tudi ne vsaj do sredine januarja, a po zadnjih informacijah o prisotnosti omikrona v Sloveniji že konec novembra zdaj nisem več. Vse bolj verjeten postaja scenarij glavnine omikron vala v Sloveniji januarja. Še vedno pa je možno, da bo to kasneje, spremljamo naprej. Glavno bo zdaj v naslednjem tednu dobiti zanesljive podatke iz britanskih bolnišnic o tem, če omikron zares povzroča blažjo bolezen oziroma manj hospitalizacij.

Vreme (rumena krivulja) je v povprečju delovala v smeri povečevanja R, saj smo prehajali v najhladnejši del leta, ko vse več delcev z virusi ostaja v zraku. “Sila” oziroma “forcing” povečevanja R naj bi povzročila največ zadrževanje R na nivoju okoli 0.77-0.82 do sredine decembra. A sredi decembra prihajajo novi vplivi, kot je veseli december (mogoče sem ga planiral prepozno), povečevanje obsega HAT testiranja in pa omikron.

Vpliv zunanjih razmer (rumena krivulja) na R. Od nastopa delte so imele zunanje razmere majhen vpliv na gibanje reprodukcijskega števila R, z izjemo 2. polovice oktobra.

Vrh hospitalizacij je bil 23.11. pri 1168 hospitaliziranih. Pod 500 bo izgleda padlo nekje do novega leta.
Povprečno dnevno število umrlih je že čez vrh, ki je bil pri povprečnem nivoju okoli 19/dan. Rizične skupine so zdaj res dobro imunizirane, popušča pa zaščita po cepljenju tistim prvim cepljenim v prvih letošnjih mesecih – teh je baje zato zdaj že kar nekaj v bolnišnicah, čeprav pogled okužb po starostnih skupinah pokaže, da recimo skupina 85+ ni nič kaj “podivjala”. Kar nekaj je tudi imunsko oslabljenih bolnikov.
Velikostni razred števila smrti med neimunimi v 4. valu je že dolgo vnaprej določen za 500-700 (morda podcenjeno za par 100?), a popuščanje zaščite in imunokompromitirani tu niso bili všteti. Zaščitenost od cepljenja je že popustila, in vsi se ne bodo takoj cepili s 3. odmerkom – zato bo večje, zdaj izgleda okoli 1300.

Naš trenutni povprečni faktor boljše zaščite cepljenega od necepljenega za pristanek v ICU/EIT/EIZ je sčasoma padal, in je konec oktobra znašal le okoli 7. Potem je naraščal, trenutno je okoli 12. Za posameznika je kmalu po cepljenju z 2. ali 3. odmerkom ta faktor še bistveno višji.
Pri tveganju za okužbo in hospitalizacijo se faktor v zadnjem času zaradi tretjih odmerkov povečuje.

Bolj podrobna slika trenutnega dogajanja …

nedelja 19.12.2021

Povzetek dnevne analize:
epidemija je od 6.11. naprej počasi padala, potem hitreje, razlog v hitrem zmanjševanju bazena dovzetnih zaradi prekuževanja in dvigovanja učinkovitosti zaščite od cepljenja s 3. odmerki
trenutno pomaga PCT v šolah (upoštevan v projekcijah), ljudje se zdaj tudi sami bolj zaščitno obnašajo, nekaj dodaja vreme (to v teh dneh že dosega max učinek na R navzgor – modelirano)
v igro prihaja varianta omikron iz Botswane/Južne Afrike, je že povsod, začetne informacije niso spodbudne, dominira: JAR, London, Danska, Washington, Norvveška(?), v JAR že smrti, VB 20 smrti
koliko je omikrona pri nas se ne ve točno, naše inštitucije ne delajo dovolj SGTF proxy PCR testov in gledajo stanje 2 tedna nazaj, v tem času bo omikron vala morda že skoraj konec?!(pikra šala)
omikron večjega vpliva na naše krivulje do konca leta morda še ne bo imel, morda tudi do sredine januarja ne, lahko pa je že po novem letu hud val
R=0.87, rahel virtualen porast zaradi večanja obsega HAT testiranja (17.12. 5% populacije v enem dnevu!!!)
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 10%, a zaradi popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 20%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1227 (vmesni max je bil 17.9. pri 1045), NIJZ s korekcijami za nazaj 1222

4/1 SLO/EU zelenih občin, 2/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 89.8% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 89%, 65-69: 91%, 70-74: 93%, 75-79: 93%, 80-84: 93%, 85-89: 92%; 90+: 93%
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 43/dan

smrti so imele prvi vrh 24.9. pri 6/dan, po 14.10. so nenavadno porasle, trenutno jih je v povprečju 11/dan, smo že krepko čez vrh, ki je bil okoli 19/dan zadnji teden novembra.
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): vmesni vrh 14.9. pri povprečno 1045 primerih dnevno, glavni vrh 3338 6.11.2021, zdaj padajo, t/2 35 dni, pod 1000 24.12. (brez omikrona!)
napoved hospitaliziranih: vmesni vrh pri dobrih 400, potem glavni vrh 1168 23.11.
, <500 bo 28.12.
napoved ICU: v skladu z napovedjo res nismo šli preko 300, vrh je bil 25.11. pri 289 (ležalne dobe so se daljšale, odpusti so zaostajali), <200 22.12., <100 21.1.
napoved umrlih: 1300-1350 (1071 od tega jih je že bilo), po 4. valu skupno okoli 5750

Omikron
Glavna tema zdaj je prihajajoča različica virusa omikron. Spremljamo njeno hitro širjenje najprej v Južni Afriki, potem pa že v VB, ter na Danskem in Norveškem. Vse te države so imele v tem času bolj slabo kontrolo superprenašalskih dogodkov. Situacija v teh državah ni neposredno primerljiva, edino mogoče med Dansko in Norveško. Zato bom Norveško izpustil. Dominira tudi že v ameriški zvezni državi Washington.
JAR ima mlado populacijo, visoko prekuženo z beto in delto, ter precej slabo precepljeno populacijo. Omikron se tam širi že od konca novembra. Zdaj se že dogajajo hospitalizacije in tudi že nekaj smrti, do 17.12. je bilo 56 smrti. Podatki kažejo, da je hospitalizacij in smrti malo. A populacija je mlada in ne smemo prehitro sklepati na bolj blago bolezen.
V VB se omikron pospešeno širi od začetka decembra. V Londonu je omikron zadominiral že v sredini decembra. Pričakujejo več stotisoč dnevnih okužb. VB ima starejšo populacijo, ki je tudi zelo solidno prekužena z alfo in delto, predvsem pa je izredno dobro precepljena. So mojstri v obdelavi podatkov in stanje pri njih do Božiča bo že marsikaj povedalo. Do 19.12. so že imeli 20 covid smrti.
Na Danskem je omikron tudi tik pred dominacijo. Danska je slabo prekužena, a visoko precepljena. Spet nazaj uvajajo omejitve, ker vedo, da je zaščita od cepljenja nekaj manj kvalitetna od tiste prebolevnikov.
R0 omikrona še ni določen. Hitrost opazovanega širjenja sugerira R0 višji od R0 delte, a ni tako preprosto. Ta hitrost je lahko tudi posledica dokazane moči imunskega pobega omikrona (ima ranga 30 mutacij na S proteinu), in pa superprenašalskih dogodkov. Raziskava iz Hong Konga pravijo, da se omikron v bronhijih človeka 70x hitreje širi, kot delta. Podobno je potrdila tudi britanska raziskava. To bi tudi govorilo v prid R0 višjega od delte. Širjenje v teh državah tudi ni več le med mlajšo populacijo, in tudi se ne poroča o nekih masovnih reinfekcijah (možnost naj bi bila 5x višja kot pri delti). Vse to trenutno res govori v prid, da ima omikron višji R0 od delte. To bi potem impliciralo, da bo omikron v kratkem izpodrinil delto, tega pa na podatkih še nismo dokazali.
Teža bolezni, ki jo povzroča omikron, naj bi po prvih informacijah iz JAR bila nižja. A tam so visoko prekuženi in mladi in ne smemo prehitro sklepati. Bolj točno bo to pokazala situacija v VB. Sklepam, da bomo že na podatkih iz VB bolnišnic do Božiča veliko vedeli na to temo, do novega leta pa že skoraj vse. Če bi bila bolezen od omikrona res blažja, in bi omikron izpodrinil delto, potem bi to lahko bilo kar lepo Božično darilo z neba. Zbiramo podatke naprej.
Pri nas čakamo, kdaj bo omikron zavzel pomemben delež okužb. Naše inštitucije spet poročajo za 2 tedna nazaj (opisujejo nam prazgodovino namesto sedanjosti), in bodo našle opazen delež omikrona, ko bo pri nas omikron vala že konec (pikra šala). Ne delajo sproti SGTF PCR proxy testa ne velikem delu vzorcev kot to delajo drugje. Sklepam, da do 17.12. omikron še ni zavzel 10% deleža novih okužb. Ko bo to presegel, bo verjetno že v enem tednu postal dominantna različica virusa in takrat bodo naše krivulje močno poskočile. Ker ne poznamo niti karakteristik virusa, niti obsega virusa pri nas, trenutno še ni možno povedati, kdaj se bo omikron val pri nas zares začel. Lahko je jutri, lahko pa po novem letu. V tej luči je tudi potrebno gledati vse krivulje na teh straneh. Seveda, na krivulje hospitalizacij in smrti bo omikron vplival pozneje, kot pa na krivuljo novih primerov.

Imunost (I) glede na prekuženost (P) in precepljenost (C) po starostnih skupinah in regijah …

Z epidemiološkim modelom v aplikaciji covidSLO modeliram novoletni porast R za 0.22 in potem še njegov padec nazaj za 0.17. Štartam s trenutno izmerjenim R, upoštevana trenutna povprečna učinkovitost cepiva (učinkovitost zaščite posameznega cepljenja s časom upada) je iz 50% v sredini novembra do decembra zaradi 3. odmerkov narasla na preko 60%. Opozorilo: zaradi prihajajoče variante omikron bo krivulja primerov v januarju verjetno povsem drugačna. Trenutno je še ni možno kvalitetno izrisati.

Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.87; b) R med 27.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 72.8%
Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.87; b) R med 27.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 72.8%
Projekcija dogajanja v EIT/EIZ/ICU …
Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.
Občine in regije po 7d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po starem SLO barvnem semaforju …

Laboratoriji so tokrat zmogli več od povprečno 7-8000 PCR testov dnevno! Bravo!

Smo v pričakovanju pohoda omikrona, ko nam bo R hitro narastel krepko preko 1.
Gledano brez omikrona pa epidemija upada solidno hitro, R je že od konca novembra v okolici 0.75-0.80. Zdaj vreme lahko prestavlja R malce gor/dol, mišljeno je bilo tudi do 0.85. Dejansko pa nam v zadnjem času R virtualno dviguje vse večji obseh hitrega testiranja. 17.12. je bilo tako s hitrimi testi pretestiranega 5% prebivalstva!! Približno tak nivo padanja epidemije bi se brez omikrona obdržal kar skoraj do sredine januarja, razen od Božiča do prvega tedna januarja, ko bo nekoliko višji .
Kot rečeno bo vse spremenila varianta omikron, a o njej zaenkrat še ni zanesljivih informacij. Spremljamo na polno. V Londonu že dominira, skoraj tudi že na Danskem, počasi prihajajo vse bolj kvalitetne informacije tudi iz tamkajšnjih bolnišnic. Na krivuljah pri nas se omikron skoraj zagotovo ne bo poznal vsaj do Božiča, morda do konca decembra. Bil sem prepričan, da tudi ne vsaj do sredine januarja, a po zadnjih informacijah o prisotnosti omikrona v Sloveniji že konec novembra zdaj nisem več. Vse bolj verjeten postaja scenarij omikron vala v Sloveniji januarja. Še vedno pa je možno, da bo to kasneje, spremljamo naprej. Glavno bo zdaj v naslednjem tednu dobiti zanesljive podatke iz britanskih bolnišnic o tem, če omikron zares povzroča blažjo bolezen oziroma manj hospitalizacij.

Vreme (rumena krivulja) je v povprečju delovala v smeri povečevanja R, saj smo prehajali v najhladnejši del leta, ko vse več delcev z virusi ostaja v zraku. “Sila” oziroma “forcing” povečevanja R naj bi povzročila največ zadrževanje R na nivoju okoli 0.77-0.82 do sredine decembra. A sredi decembra prihajajo novi vplivi, kot je veseli december (mogoče sem ga planiral prepozno), povečevanje obsega HAT testiranja in pa omikron.

Vpliv zunanjih razmer (rumena krivulja) na R. Od nastopa delte so imele zunanje razmere majhen vpliv na gibanje reprodukcijskega števila R, z izjemo 2. polovice oktobra.

Vrh hospitalizacij je bil 23.11. pri 1168 hospitaliziranih. Pod 500 bo izgleda padlo nekje do novega leta.
Povprečno dnevno število umrlih je že čez vrh, ki je bil pri povprečnem nivoju okoli 19/dan. Rizične skupine so zdaj res dobro imunizirane, popušča pa zaščita po cepljenju tistim prvim cepljenim v prvih letošnjih mesecih – teh je baje zato zdaj že kar nekaj v bolnišnicah, čeprav pogled okužb po starostnih skupinah pokaže, da recimo skupina 85+ ni nič kaj “podivjala”. Kar nekaj je tudi imunsko oslabljenih bolnikov.
Velikostni razred števila smrti med neimunimi v 4. valu je že dolgo vnaprej določen za 500-700 (morda podcenjeno za par 100?), a popuščanje zaščite in imunokompromitirani tu niso bili všteti. Zaščitenost od cepljenja je že popustila, in vsi se ne bodo takoj cepili s 3. odmerkom – zato bo večje, zdaj izgleda okoli 1300.

Med sprejetimi v ICU delež cepljenih ni narastel nad 30%, kar me je rahlo presenečalo. Zaradi poživitvenih odmerkov cepiva se naša trenutna povprečna učinkovitost zaščite od cepljenja že polagoma dviga.
Primer iz sredine novembra 2021: 30% delež cepljenih od 80% cepljene rizične populacije da proti 70% deležu necepljenih v ICU od 20% necepljene rizične populacije (80/30)/(20/70)=9.33x boljšo zaščito cepljenih od necepljenih pred ICU obravnavo. Oziroma našo trenutno 1-1/9.33=89% učinkovitost cepiva pred ICU obravnavo.

Naš trenutni povprečni faktor boljše zaščite cepljenega od necepljenega za pristanek v ICU/EIT/EIZ je sčasoma padal, in je konec oktobra znašal le okoli 7. Potem je naraščal, trenutno je okoli 10. Za posameznika je kmalu po cepljenju z 2. ali 3. odmerkom ta faktor še bistveno višji.
Pri tveganju za okužbo in hospitalizacijo se faktor v zadnjem času zaradi tretjih odmerkov povečuje.

Bolj podrobna slika trenutnega dogajanja …

sobota 18.12.2021

Povzetek dnevne analize:
epidemija je od 6.11. naprej počasi padala, potem hitreje, razlog v hitrem zmanjševanju bazena dovzetnih zaradi prekuževanja in dvigovanja učinkovitosti zaščite od cepljenja s 3. odmerki
trenutno pomaga PCT v šolah (upoštevan v projekcijah), ljudje se zdaj tudi sami bolj zaščitno obnašajo, nekaj dodaja vreme (to v teh dneh že dosega max učinek na R navzgor – modelirano)
v zadnjih dneh (še) ni predvidenega padanja R proti 0.75, razlog ni podcenjevanje veselega decembra niti omikron (od 14.12.2021 uradno pri nas), ampak večanje obsega HAT testiranja
v igro prihaja varianta omikron iz Botswane/Južne Afrike, je že povsod, začetne informacije niso spodbudne, v Londonu že dominira, na Danskem skoraj, v JAR so že smrti
omikron imamo že tudi mi 1-2 tedna (o tem sem pisal v zadnjih analizah) – naše inštitucije gledajo stanje 2 tedna nazaj, v tem času bo omikron vala morda že skoraj konec?!(pikra šala)
omikron večjega vpliva na naše krivulje do konca leta verjetno ne bo imel, morda tudi do sredine januarja ne, lahko pa je že po novem letu hud val
R=0.85, rahel virtualen porast zaradi večanja obsega HAT testiranja (17.12. 5% populacije v enem dnevu!!!)
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 10%, a zaradi popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 20%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1230 (vmesni max je bil 17.9. pri 1045), NIJZ s korekcijami za nazaj 1225

7/1 SLO/EU zelenih občin, 2/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 89.8% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 89%, 65-69: 91%, 70-74: 93%, 75-79: 93%, 80-84: 93%, 85-89: 92%; 90+: 92%
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 45/dan

smrti so imele prvi vrh 24.9. pri 6/dan, po 14.10. so nenavadno porasle, trenutno jih je v povprečju 11/dan, smo že krepko čez vrh, ki je bil okoli 19/dan zadnji teden novembra.
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): vmesni vrh 14.9. pri povprečno 1045 primerih dnevno, glavni vrh 3338 6.11.2021, zdaj padajo, t/2 29 dni, pod 1000 21.12. (brez omikrona!)
napoved hospitaliziranih: vmesni vrh pri dobrih 400, potem glavni vrh 1168 23.11.
, <500 bo 27.12.
napoved ICU: v skladu z napovedjo res nismo šli preko 300, vrh je bil 25.11. pri 289 (ležalne dobe so se daljšale, odpusti so zaostajali), <200 24.12., <100 17.1.
napoved umrlih: 1300-1350 (1058 od tega jih je že bilo), po 4. valu skupno okoli 5750
napoved izpolnitve kriterijev za EU-rdečo: 12. januar 2021 (brez omikrona)

Omikron
Glavna tema zdaj je prihajajoča različica virusa omikron. Spremljamo njeno hitro širjenje najprej v Južni Afriki, potem pa že v VB, ter na Danskem in Norveškem. Vse te države so imele v tem času bolj slabo kontrolo superprenašalskih dogodkov. Situacija v teh državah ni neposredno primerljiva, edino mogoče med Dansko in Norveško. Zato bom Norveško izpustil.
JAR ima mlado populacijo, visoko prekuženo z beto in delto, ter precej slabo precepljeno populacijo. Omikron se tam širi že od konca novembra. Zdaj se že dogajajo hospitalizacije in tudi že nekaj smrti. Podatki kažejo, da je hospitalizacij in smrti malo. A populacija je mlada in ne smemo prehitro sklepati na bolj blago bolezen.
V VB se omikron pospešeno širi od začetka decembra. V Londonu je omikron zadominiral že v sredini decembra. Pričakujejo več stotisoč dnevnih okužb. VB ima starejšo populacijo, ki je tudi zelo solidno prekužena z alfo in delto, predvsem pa je izredno dobro precepljena. So mojstri v obdelavi podatkov in stanje pri njih do Božiča bo že marsikaj povedalo.
Na Danskem je omikron tudi tik pred dominacijo. Danska je slabo prekužena, a visoko precepljena. Spet nazaj uvajajo omejitve, ker vedo, da je zaščita od cepljenja nekaj manj kvalitetna od tiste prebolevnikov.
R0 omikrona še ni določen. Hitrost opazovanega širjenja sugerira R0 višji od R0 delte, a ni tako preprosto. Ta hitrost je lahko tudi posledica dokazane moči imunskega pobega omikrona (ima ranga 30 mutacij na S proteinu), in pa superprenašalskih dogodkov. Raziskave pravijo, da se omikron v bronhijih človeka 70x hitreje širi, kot delta. To bi tudi govorilo v prid R0 višjega od delte. Širjenje v teh državah tudi ni več le med mlajšo populacijo, in tudi se ne poroča o nekih masovnih reinfekcijah (možnost naj bi bila 5x višja kot pri delti). Vse to trenutno res govori v prid, da ima omikron višji R0 od delte. To bi potem impliciralo, da bo omikron v kratkem izpodrinil delto, tega pa na podatkih še nismo dokazali.
Teža bolezni, ki jo povzroča omikron, naj bi po prvih informacijah iz JAR bila nižja. A tam so visoko prekuženi in mladi in ne smemo prehitro sklepati. Bolj točno bo to pokazala situacija v VB. Sklepam, da bomo že na podatkih iz VB bolnišnic do Božiča veliko vedeli na to temo, do novega leta pa že skoraj vse. Če bi bila bolezen od omikrona res blažja, in bi omikron izpodrinil delto, potem bi to lahko bilo kar lepo Božično darilo z neba. Zbiramo podatke naprej.
Pri nas čakamo, kdaj bo omikron zavzel pomemben delež okužb. Naše inštitucije spet poročajo za 2 tedna nazaj (opisujejo nam prazgodovino namesto sedanjosti), in bodo našle opazen delež omikrona, ko bo pri nas omikron vala že konec (pikra šala). Sklepam, da do 17.12. omikron še ni zavzel 10% deleža novih okužb. Ko bo to presegel, bo verjetno že v enem tednu postal dominantna različica virusa in takrat bodo naše krivulje močno poskočile. Ker ne poznamo niti karakteristik virusa, niti obsega virusa pri nas, trenutno še ni možno povedati, kdaj se bo omikron val pri nas zares začel. Lahko je jutri, lahko pa po novem letu. V tej luči je tudi potrebno gledati vse krivulje na teh straneh. Seveda, na krivulje hospitalizacij in smrti bo omikron vplival pozneje, kot pa na krivuljo novih primerov.

Imunost (I) glede na prekuženost (P) in precepljenost (C) po starostnih skupinah in regijah …

Z epidemiološkim modelom v aplikaciji covidSLO modeliram novoletni porast R za 0.22 in potem še njegov padec nazaj za 0.17. Štartam s trenutno izmerjenim R, upoštevana trenutna povprečna učinkovitost cepiva (učinkovitost zaščite posameznega cepljenja s časom upada) je iz 50% v sredini novembra do decembra zaradi 3. odmerkov narasla na preko 60%. Opozorilo: zaradi prihajajoče variante omikron bo krivulja primerov v januarju verjetno povsem drugačna. Trenutno je še ni možno kvalitetno izrisati.

Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.85; b) R med 27.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 72.7%
Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.85; b) R med 27.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 72.7%
Projekcija dogajanja v EIT/EIZ/ICU …
Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.
Občine in regije po 7d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po starem SLO barvnem semaforju …

Laboratoriji so tokrat zmogli več od povprečno 7-8000 PCR testov dnevno! Bravo!

Smo v pričakovanju pohoda omikrona, ko nam bo R hitro narastel krepko preko 1.
Gledan brez omikrona pa epidemija upada solidno hitro, R je že od konca novembra v okolici 0.75-0.80. Zdaj vreme lahko prestavlja R malce gor/dol, mišljeno je bilo tudi do 0.85. Dejansko pa nam v zadnjem času R virtualno dviguje vse večji obseh hitrega testiranja. 17.12. je bilo tako s hitrimi testi pretestiranega 5% prebivalstva!! Približno tak nivo padanja epidemije bi se brez omikrona obdržal kar skoraj do sredine januarja, razen od Božiča do prvega tedna januarja, ko bo nekoliko višji .
Kot rečeno bo vse spremenila varianta omikron, a o njej zaenkrat še ni zanesljivih informacij. Spremljamo na polno. V Londonu že dominira, skoraj tudi že na Danskem, počasi prihajajo vse bolj kvalitetne informacije tudi iz tamkajšnjih bolnišnic. Na krivuljah pri nas se omikron skoraj zagotovo ne bo poznal vsaj do Božiča, morda do konca decembra. Bil sem prepričan, da tudi ne vsaj do sredine januarja, a po zadnjih informacijah o prisotnosti omikrona v Sloveniji že konec novembra zdaj nisem več. Vse bolj verjeten postaja scenarij omikron vala v Sloveniji januarja. Še vedno pa je možno, da bo to kasneje, spremljamo naprej. Glavno bo zdaj v naslednjem tednu dobiti zanesljive podatke iz britanskih bolnišnic o tem, če omikron zares povzroča blažjo bolezen oziroma manj hospitalizacij.

Vreme (rumena krivulja) je v povprečju delovala v smeri povečevanja R, saj smo prehajali v najhladnejši del leta, ko vse več delcev z virusi ostaja v zraku. “Sila” oziroma “forcing” povečevanja R naj bi povzročila največ zadrževanje R na nivoju okoli 0.77-0.82 do sredine decembra. A sredi decembra prihajajo novi vplivi, kot je veseli december (mogoče sem ga planiral prepozno) in pa omikron.

Vpliv zunanjih razmer (rumena krivulja) na R. Od nastopa delte so imele zunanje razmere majhen vpliv na gibanje reprodukcijskega števila R, z izjemo 2. polovice oktobra.

Vrh hospitalizacij je bil 23.11. pri 1168 hospitaliziranih. Pod 500 bo izgleda padlo nekje do novega leta.
Povprečno dnevno število umrlih je že čez vrh, ki je bil pri povprečnem nivoju okoli 19/dan. Rizične skupine so zdaj res dobro imunizirane, popušča pa zaščita po cepljenju tistim prvim cepljenim v prvih letošnjih mesecih – teh je baje zato zdaj že kar nekaj v bolnišnicah, čeprav pogled okužb po starostnih skupinah pokaže, da recimo skupina 85+ ni nič kaj “podivjala”. Kar nekaj je tudi imunsko oslabljenih bolnikov.
Velikostni razred števila smrti med neimunimi v 4. valu je že dolgo vnaprej določen za 500-700 (morda podcenjeno za par 100?), a popuščanje zaščite in imunokompromitirani tu niso bili všteti. Zaščitenost od cepljenja je že popustila, in vsi se ne bodo takoj cepili s 3. odmerkom – zato bo večje, zdaj izgleda okoli 1300.

Med sprejetimi v ICU delež cepljenih ni narastel nad 30%, kar me je rahlo presenečalo. Zaradi poživitvenih odmerkov cepiva se naša trenutna povprečna učinkovitost zaščite od cepljenja že polagoma dviga.
Primer iz sredine novembra 2021: 30% delež cepljenih od 80% cepljene rizične populacije da proti 70% deležu necepljenih v ICU od 20% necepljene rizične populacije (80/30)/(20/70)=9.33x boljšo zaščito cepljenih od necepljenih pred ICU obravnavo. Oziroma našo trenutno 1-1/9.33=89% učinkovitost cepiva pred ICU obravnavo.

Naš trenutni povprečni faktor boljše zaščite cepljenega od necepljenega za pristanek v ICU/EIT/EIZ je sčasoma padal, in je konec oktobra znašal le okoli 7. Potem je naraščal, trenutno je okoli 10. Za posameznika je kmalu po cepljenju z 2. ali 3. odmerkom ta faktor še bistveno višji.
Pri tveganju za okužbo in hospitalizacijo se faktor v zadnjem času zaradi tretjih odmerkov povečuje.

Bolj podrobna slika trenutnega dogajanja …
Takole stojimo po SLO in EU barvnih fazah …
Pregled po regijah
Razvoj epidemije v večjih slovenskih občinah (nad XXk prebivalcev).
Ves 4. val je bila jasno izražena odvisnost incidenc regij z njihovo zaščitenostjo glede na najbolje zaščiteno regijo – slabše zaščitene (spodaj) so imele višje incidence (bolj desno). Od 9.11. naprej se je zaradi preloma preko vrha epidemije začela situacija obračati tudi tu. Ta korelacija bo zdaj verjetno zakrita do 5. vala, če ta bo.
3D potek epidemije po regijah (7d/100k incidenca oziroma tedenska vsota primerov per capita) – od začetka epidemije naprej
Situacija po starostnih skupinah:

Tudi višje starostne skupine imajo lepo padanje …
Skupina 85+ (zaenkrat) nima neke posebne rasti, ki bi jo lahko pripisali popuščanju zaščite od cepljenja. Podobno 75-84 let. Verjetno je to popuščanje že pokrito s tretjimi odmerki, ki so že nekje na 40%.

Situacija po starostnih skupinah:
3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka julija 2021 naprej.

Na spodnjem diagramu celotnega poteka epidemije po starostnih skupinah je lepo vidno, kako je cepljenje v višjih starostnih skupinah preprečilo ponovitev lanske grozljive porazdelitve okužb, ki je imela za posledico veliko hospitalizacij in tudi smrti …

3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka.

petek 17.12.2021

Povzetek dnevne analize:
epidemija je od 6.11. naprej počasi padala, potem hitreje, razlog v hitrem zmanjševanju bazena dovzetnih zaradi prekuževanja in dvigovanja učinkovitosti zaščite od cepljenja s 3. odmerki
trenutno pomaga PCT v šolah (upoštevan v projekcijah), ljudje se zdaj tudi sami bolj zaščitno obnašajo, nekaj dodaja vreme (to v teh dneh že dosega max učinek na R navzgor – modelirano)
v zadnjih dneh (še) ni predvidenega padanja R proti 0.75, razlog je lahko podcenjevanje veselega decembra z moje strani, lahko pa omikron, ki od 14.12.2021 uradno je pri nas
v igro prihaja varianta omikron iz Botswane/Južne Afrike, je že povsod, začetne informacije niso spodbudne, v Londonu že dominira, na Danskem skoraj, v JAR že 56 smrti
omikron imamo že tudi mi 1-2 tedna (o tem sem pisal v zadnjih analizah) – naše inštitucije gledajo stanje 2 tedna nazaj, v tem času bo omikron vala morda že skoraj konec?!(pikra šala)
omikron večjega vpliva na naše krivulje do konca leta verjetno ne bo imel, morda tudi do sredine januarja ne, lahko pa je že po novem letu hud val
R=0.83, v zadnjem dnevu porast, morda že zaradi omikrona ali pa veselega decembra
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 10%, a zaradi popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 20%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1257 (vmesni max je bil 17.9. pri 1045), NIJZ s korekcijami za nazaj 1253

4/2 SLO/EU zelenih občin, 2/2/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 89.6% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 88%, 65-69: 90%, 70-74: 93%, 75-79: 92%, 80-84: 92%, 85-89: 92%; 90+: 92%
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 50/dan

smrti so imele prvi vrh 24.9. pri 6/dan, po 14.10. so nenavadno porasle, trenutno jih je v povprečju 11/dan, smo že krepko čez vrh, ki je bil okoli 19/dan zadnji teden novembra.
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): vmesni vrh 14.9. pri povprečno 1045 primerih dnevno, glavni vrh 3338 6.11.2021, zdaj padajo, t/2 26 dni, pod 1000 20.12. (brez omikrona!)
napoved hospitaliziranih: vmesni vrh pri dobrih 400, potem glavni vrh 1168 23.11.
, <500 bo 29.12.
napoved ICU: v skladu z napovedjo res nismo šli preko 300, vrh je bil 25.11. pri 289 (ležalne dobe so se daljšale, odpusti so zaostajali), <200 23.12., <100 25.1.
napoved umrlih: 1300-1350 (1039 od tega jih je že bilo), po 4. valu skupno okoli 5750
napoved izpolnitve kriterijev za EU-rdečo: 8. januar 2021 (brez omikrona)

Imunost (I) glede na prekuženost (P) in precepljenost (C) po starostnih skupinah in regijah …

Z epidemiološkim modelom v aplikaciji covidSLO modeliram novoletni porast R za 0.22 in potem še njegov padec nazaj za 0.17. Štartam s trenutno izmerjenim R, upoštevana trenutna povprečna učinkovitost cepiva (učinkovitost zaščite posameznega cepljenja s časom upada) je iz 50% v sredini novembra do decembra zaradi 3. odmerkov narasla na preko 60%. Opozorilo: zaradi prihajajoče variante omikron bo krivulja primerov v januarju verjetno povsem drugačna. Trenutno je še ni možno kvalitetno izrisati.

Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.83; b) R med 27.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 72.5%
Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.83; b) R med 27.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 72.5%
Projekcija dogajanja v EIT/EIZ/ICU …
Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.
Občine in regije po 7d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po starem SLO barvnem semaforju …

Laboratoriji so tokrat zmogli več od povprečno 7-8000 PCR testov dnevno! Bravo!

Epidemija upada solidno hitro, R je že od konca novembra v okolici 0.75-0.80. Zdaj vreme lahko prestavlja R malce gor/dol, mišljeno je bilo tudi do 0.85 a se (še) ni zgodilo. Približno tak nivo padanja epidemije se bo izgleda obdržal kar skoraj do sredine januarja, razen od Božiča do prvega tedna januarja, ko bo nekoliko višji .
Prekuževanje še vedno poteka hitro. R se bo zelo težko kaj bistveno dvignil. Prešli smo v najhladnejši del leta in več delcev z virusi ostaja v zraku, a nekega dodatnega velikega dviga R to ni prineslo. Nekaj ga nedvomno je, saj zaradi tega naš R ni padal še hitreje. Omeniti je treba še to, da se zaradi trenutne situacije tudi ljudje sami obnašajo nekoliko bolj zaščitno, to pa spet znižuje R.
Vse lahko spremeni varianta omikron, a o njej zaenkrat še ni zanesljivih informacij. Spremljamo na polno. V Londonu že dominira, skoraj tudi že na Danskem, počasi prihajajo vse bolj kvalitetne informacije tudi iz tamkajšnjih bolnišnic. Na krivuljah pri nas se omikron skoraj zagotovo ne bo poznal vsaj do Božiča, morda do konca decembra. Bil sem prepričan, da tudi ne vsaj do sredine januarja, a po zadnjih informacijah o prisotnosti omikrona v Sloveniji že konec novembra zdaj nisem več. Vse bolj verjeten postaja scenarij omikron vala v Sloveniji januarja. Še vedno pa je možno, da bo to kasneje, spremljamo naprej.

Vreme (rumena krivulja) je v povprečju delovala v smeri povečevanja R, saj smo prehajali v najhladnejši del leta, ko vse več delcev z virusi ostaja v zraku. “Sila” oziroma “forcing” povečevanja R naj bi povzročila največ zadrževanje R na nivoju okoli 0.77-0.82 do sredine decembra. A sredi decembra prihajajo novi vplivi, kot je veseli december (mogoče sem ga planiral prepozno) in pa omikron.

Vpliv zunanjih razmer (rumena krivulja) na R. Od nastopa delte so imele zunanje razmere majhen vpliv na gibanje reprodukcijskega števila R, z izjemo 2. polovice oktobra.

Vrh hospitalizacij je bil 23.11. pri 1168 hospitaliziranih. Pod 500 bo izgleda padlo nekje do novega leta.
Povprečno dnevno število umrlih je že čez vrh, ki je bil pri povprečnem nivoju okoli 19/dan. Rizične skupine so zdaj res dobro imunizirane, popušča pa zaščita po cepljenju tistim prvim cepljenim v prvih letošnjih mesecih – teh je baje zato zdaj že kar nekaj v bolnišnicah, čeprav pogled okužb po starostnih skupinah pokaže, da recimo skupina 85+ ni nič kaj “podivjala”. Kar nekaj je tudi imunsko oslabljenih bolnikov.
Velikostni razred števila smrti med neimunimi v 4. valu je že dolgo vnaprej določen za 500-700 (morda podcenjeno za par 100?), a popuščanje zaščite in imunokompromitirani tu niso bili všteti. Zaščitenost od cepljenja je že popustila, in vsi se ne bodo takoj cepili s 3. odmerkom – zato bo večje, zdaj izgleda okoli 1300.

Med sprejetimi v ICU delež cepljenih ni narastel nad 30%, kar me je rahlo presenečalo. Zaradi poživitvenih odmerkov cepiva se naša trenutna povprečna učinkovitost zaščite od cepljenja že polagoma dviga.
Primer iz sredine novembra 2021: 30% delež cepljenih od 80% cepljene rizične populacije da proti 70% deležu necepljenih v ICU od 20% necepljene rizične populacije (80/30)/(20/70)=9.33x boljšo zaščito cepljenih od necepljenih pred ICU obravnavo. Oziroma našo trenutno 1-1/9.33=89% učinkovitost cepiva pred ICU obravnavo.

Naš trenutni povprečni faktor boljše zaščite cepljenega od necepljenega za pristanek v ICU/EIT/EIZ je sčasoma padal, in je konec oktobra znašal le okoli 7. Potem je naraščal, trenutno je okoli 10. Za posameznika je kmalu po cepljenju z 2. ali 3. odmerkom ta faktor še bistveno višji.
Pri tveganju za okužbo in hospitalizacijo se faktor v zadnjem času zaradi tretjih odmerkov povečuje.

Bolj podrobna slika trenutnega dogajanja …

četrtek 16.12.2021

Povzetek dnevne analize:
epidemija je od 6.11. naprej počasi padala, potem hitreje, razlog v hitrem zmanjševanju bazena dovzetnih zaradi prekuževanja in dvigovanja učinkovitosti zaščite od cepljenja s 3. odmerki
trenutno pomaga PCT v šolah (upoštevan v projekcijah), ljudje se zdaj tudi sami bolj zaščitno obnašajo, nekaj dodaja vreme (to v teh dneh že dosega max učinek na R navzgor – modelirano)
v zadnjih dneh (še) ni predvidenega padanja R proti 0.75, razlog je lahko podcenjevanje veselega decembra z moje strani, lahko pa omikron, ki od 14.12.2021 uradno je pri nas
v igro prihaja varianta omikron iz Botswane/Južne Afrike, je že povsod, začetne informacije niso spodbudne, v Londonu že dominira, na Danskem skoraj
omikron imamo že tudi mi 1-2 tedna (o tem sem pisal v zadnjih analizah) – naše inštitucije gledajo stanje 2 tedna nazaj, v tem času bo omikron vala morda že skoraj konec?!(pikra šala)
omikron večjega vpliva na naše krivulje do konca leta verjetno ne bo imel, morda tudi do sredine januarja ne, lahko pa je že po novem letu hud val
R=0.80, izgledi so do sredine decembra v območju okoli 0.80, potem rahlo upadanje proti 0.75 (to bomo še videli), trenutni razpolovni čas novih primerov je 22 dni
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 10%, a zaradi popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 20%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1263 (vmesni max je bil 17.9. pri 1045), NIJZ s korekcijami za nazaj 1258

7/1 SLO/EU zelenih občin, 2/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 89.5% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 88%, 65-69: 90%, 70-74: 93%, 75-79: 92%, 80-84: 92%, 85-89: 92%; 90+: 92%
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 50/dan

smrti so imele prvi vrh 24.9. pri 6/dan, po 14.10. so nenavadno porasle, trenutno jih je v povprečju 12/dan, smo že krepko čez vrh, ki je bil okoli 19/dan zadnji teden novembra.
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): vmesni vrh 14.9. pri povprečno 1045 primerih dnevno, glavni vrh 3338 6.11.2021, zdaj padajo, t/2 22 dni, pod 1000 19.12. (brez omikrona!)
napoved hospitaliziranih: vmesni vrh pri dobrih 400, potem glavni vrh 1168 23.11.
, <500 bo 28.12.
napoved ICU: v skladu z napovedjo res nismo šli preko 300, vrh je bil 25.11. pri 289 (ležalne dobe so se daljšale, odpusti so zaostajali), <200 22.12., <100 20.1.
napoved umrlih: 1300-1350 (1027 od tega jih je že bilo), po 4. valu skupno okoli 5750
napoved izpolnitve kriterijev za EU-rdečo: 5. januar 2021

Imunost (I) glede na prekuženost (P) in precepljenost (C) po starostnih skupinah in regijah …

Z epidemiološkim modelom v aplikaciji covidSLO modeliram novoletni porast R za 0.22 in potem še njegov padec nazaj za 0.17. Štartam s trenutno izmerjenim R, upoštevana trenutna povprečna učinkovitost cepiva (učinkovitost zaščite posameznega cepljenja s časom upada) je iz 50% v sredini novembra do decembra zaradi 3. odmerkov narasla na preko 60%. Opozorilo: zaradi prihajajoče variante omikron bo krivulja primerov v januarju verjetno povsem drugačna. Trenutno je še ni možno ne da kvalitetno izrisati.

Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.805; b) R med 27.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 72.3%
Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.805; b) R med 27.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 72.3%
Projekcija dogajanja v EIT/EIZ/ICU …
Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.
Občine in regije po 7d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po starem SLO barvnem semaforju …

Laboratoriji so tokrat zmogli več od povprečno 7-8000 PCR testov dnevno! Bravo!

Epidemija upada solidno hitro, R je že od konca novembra v okolici 0.75-0.80. Zdaj vreme lahko prestavlja R malce gor/dol, mišljeno je bilo tudi do 0.85 a se (še) ni zgodilo. Približno tak nivo padanja epidemije se bo izgleda obdržal kar skoraj do sredine januarja, razen od Božiča do prvega tedna januarja, ko bo nekoliko višji .
Prekuževanje še vedno poteka hitro. R se bo zelo težko kaj bistveno dvignil. Prešli smo v najhladnejši del leta in več delcev z virusi ostaja v zraku, a nekega dodatnega velikega dviga R to ni prineslo. Nekaj ga nedvomno je, saj zaradi tega naš R ni padal še hitreje. Omeniti je treba še to, da se zaradi trenutne situacije tudi ljudje sami obnašajo nekoliko bolj zaščitno, to pa spet znižuje R.
Vse lahko spremeni varianta omikron, a o njej zaenkrat še ni zanesljivih informacij. Spremljamo na polno. V Londonu že dominira, skoraj tudi že na Danskem, počasi prihajajo vse bolj kvalitetne informacije tudi iz tamkajšnjih bolnišnic. Na krivuljah pri nas se omikron skoraj zagotovo ne bo poznal vsaj do Božiča, morda do konca decembra. Bil sem prepričan, da tudi ne vsaj do sredine januarja, a po zadnjih informacijah o prisotnosti omikrona v Sloveniji že konec novembra zdaj nisem več. Vse bolj verjeten postaja scenarij omikron vala v Sloveniji januarja. Še vedno pa je možno, da bo to kasneje, spremljamo naprej.

Vreme (rumena krivulja) je v povprečju delovala v smeri povečevanja R, saj smo prehajali v najhladnejši del leta, ko vse več delcev z virusi ostaja v zraku. “Sila” oziroma “forcing” povečevanja R naj bi povzročila največ zadrževanje R na nivoju okoli 0.77-0.82 do sredine decembra. A sredi decembra prihajajo novi vplivi, kot je veseli december (mogoče sem ga planiral prepozno) in pa omikron.

Vpliv zunanjih razmer (rumena krivulja) na R. Od nastopa delte so imele zunanje razmere majhen vpliv na gibanje reprodukcijskega števila R, z izjemo 2. polovice oktobra.

Vrh hospitalizacij je bil 23.11. pri 1168 hospitaliziranih. Pod 500 bo izgleda padlo nekje do novega leta.
Povprečno dnevno število umrlih je že čez vrh, ki je bil pri povprečnem nivoju okoli 19/dan. Rizične skupine so zdaj res dobro imunizirane, popušča pa zaščita po cepljenju tistim prvim cepljenim v prvih letošnjih mesecih – teh je baje zato zdaj že kar nekaj v bolnišnicah, čeprav pogled okužb po starostnih skupinah pokaže, da recimo skupina 85+ ni nič kaj “podivjala”. Kar nekaj je tudi imunsko oslabljenih bolnikov.
Velikostni razred števila smrti med neimunimi v 4. valu je že dolgo vnaprej določen za 500-700 (morda podcenjeno za par 100?), a popuščanje zaščite in imunokompromitirani tu niso bili všteti. Zaščitenost od cepljenja je že popustila, in vsi se ne bodo takoj cepili s 3. odmerkom – zato bo večje, zdaj izgleda okoli 1300.

Med sprejetimi v ICU delež cepljenih ni narastel nad 30%, kar me je rahlo presenečalo. Zaradi poživitvenih odmerkov cepiva se naša trenutna povprečna učinkovitost zaščite od cepljenja že polagoma dviga.
Primer iz sredine novembra 2021: 30% delež cepljenih od 80% cepljene rizične populacije da proti 70% deležu necepljenih v ICU od 20% necepljene rizične populacije (80/30)/(20/70)=9.33x boljšo zaščito cepljenih od necepljenih pred ICU obravnavo. Oziroma našo trenutno 1-1/9.33=89% učinkovitost cepiva pred ICU obravnavo.

Naš trenutni povprečni faktor boljše zaščite cepljenega od necepljenega za pristanek v ICU/EIT/EIZ je sčasoma padal, in je konec oktobra znašal le okoli 7. Potem je naraščal, trenutno je okoli 10. Za posameznika je kmalu po cepljenju z 2. ali 3. odmerkom ta faktor še bistveno višji.
Pri tveganju za okužbo in hospitalizacijo se faktor v zadnjem času zaradi tretjih odmerkov povečuje.

Bolj podrobna slika trenutnega dogajanja …
Epidemija COVID-19 Slovenija: 14d/100k incidence primerov
Takole stojimo po SLO in EU barvnih fazah …
Epidemija COVID-19 Slovenija: 7d/100k incidence primerov
Pregled po regijah
Epidemija COVID-19 Slovenija: incidence večjih mest
Razvoj epidemije v večjih slovenskih občinah (nad XXk prebivalcev).
Epidemija COVID-19 Slovenija: Soodvisnost incidenc in zaščitenosti regij
Ves 4. val je bila jasno izražena odvisnost incidenc regij z njihovo zaščitenostjo glede na najbolje zaščiteno regijo – slabše zaščitene (spodaj) so imele višje incidence (bolj desno). Od 9.11. naprej se je zaradi preloma preko vrha epidemije začela situacija obračati tudi tu. Ta korelacija bo zdaj verjetno zakrita do 5. vala, če ta bo.
3D potek epidemije po regijah (7d/100k incidenca oziroma tedenska vsota primerov per capita) – od začetka epidemije naprej
Situacija po starostnih skupinah:

Tudi višje starostne skupine imajo lepo padanje …
Skupina 85+ (zaenkrat) nima neke posebne rasti, ki bi jo lahko pripisali popuščanju zaščite od cepljenja. Podobno 75-84 let. Verjetno je to popuščanje že pokrito s tretjimi odmerki, ki so že nekje na 40%.

Situacija po starostnih skupinah:
3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka julija 2021 naprej.

Na spodnjem diagramu celotnega poteka epidemije po starostnih skupinah je lepo vidno, kako je cepljenje v višjih starostnih skupinah preprečilo ponovitev lanske grozljive porazdelitve okužb, ki je imela za posledico veliko hospitalizacij in tudi smrti …

3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka.

sreda 15.12.2021

Povzetek dnevne analize:
epidemija je od 6.11. naprej počasi padala, potem hitreje, razlog v hitrem zmanjševanju bazena dovzetnih zaradi prekuževanja in dvigovanja učinkovitosti zaščite od cepljenja s 3. odmerki
trenutno pomaga PCT v šolah (upoštevan v projekcijah), ljudje se zdaj tudi sami bolj zaščitno obnašajo, nekaj dodaja vreme (to v teh dneh že dosega max učinek na R navzgor – modelirano)
v zadnjih dneh (še) ni predvidenega padanja R proti 0.75, razlog je lahko podcenjevanje veselega decembra z moje strani, lahko pa omikron, ki od 14.12.2021 uradno je pri nas
v igro prihaja varianta omikron iz Botswane/Južne Afrike, je že povsod, začetne informacije niso spodbudne, v Londonu že dominira
omikron imamo že tudi mi 1-2 tedna (o tem sem pisal v zadnjih analizah) – naše inštitucije gledajo stanje 2 tedna nazaj, v tem času bo omikron vala morda že skoraj konec?!(pikra šala)
omikron večjega vpliva na naše krivulje do konca leta zelo verjetno ne bo imel, morda tudi do sredine januarja ne, lahko pa je že po novem letu hud val
R=0.80, izgledi so do sredine decembra v območju okoli 0.80, potem rahlo upadanje proti 0.75 (to bomo še videli), trenutni razpolovni čas novih primerov je 22 dni
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 11%, a zaradi popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 20%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1312 (vmesni max je bil 17.9. pri 1045), NIJZ s korekcijami za nazaj 1307

4/1 SLO/EU zelenih občin, 2/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 89.4% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 88%, 65-69: 90%, 70-74: 92%, 75-79: 92%, 80-84: 92%, 85-89: 92%; 90+: 92%
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 50-55/dan

smrti so imele prvi vrh 24.9. pri 6/dan, po 14.10. so nenavadno porasle, trenutno jih je v povprečju 13/dan, smo že krepko čez vrh, ki je bil okoli 19/dan zadnji teden novembra.
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): vmesni vrh 14.9. pri povprečno 1045 primerih dnevno, glavni vrh 3338 6.11.2021, zdaj padajo, t/2 22 dni, pod 1000 20.12.
napoved hospitaliziranih: vmesni vrh pri dobrih 400, potem glavni vrh 1168 23.11.
, <500 bo 28.12.
napoved ICU: v skladu z napovedjo res nismo šli preko 300, vrh je bil 25.11. pri 289 (ležalne dobe so se daljšale, odpusti so zaostajali), <200 21.12., <100 20.1.
napoved umrlih: 1300-1350 (1011 od tega jih je že bilo), po 4. valu skupno okoli 5750
napoved izpolnitve kriterijev za EU-rdečo: 5. januar 2021

Epidemija COVID-19 Slovenija - analiza, trend, projekcija
Imunost (I) glede na prekuženost (P) in precepljenost (C) po starostnih skupinah in regijah …

Z epidemiološkim modelom v aplikaciji covidSLO modeliram novoletni porast R za 0.22 in potem še njegov padec nazaj za 0.17. Štartam s trenutno izmerjenim R, upoštevana trenutna povprečna učinkovitost cepiva (učinkovitost zaščite posameznega cepljenja s časom upada) je iz 50% v sredini novembra do decembra zaradi 3. odmerkov narasla na preko 60%.

Epidemija COVID-19 Slovenija - analiza, trend, projekcija
Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.80; b) R med 27.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 72.1%
Epidemija COVID-19 Slovenija - analiza, trend, projekcija
Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.80; b) R med 27.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 72.1%
Epidemija COVID-19 koronavirus Slovenija: Projekcija / napoved gibanj v enotah intenzivne terapije EIT/EIZ/ICU
Projekcija dogajanja v EIT/EIZ/ICU …
Epidemija COVID-19 Slovenija - analiza, trend, projekcija
Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.
Epidemija COVID-19 Slovenija - analiza, trend, projekcija
Občine in regije po 7d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po starem SLO barvnem semaforju …

Laboratoriji so tokrat zmogli več od povprečno 7-8000 PCR testov dnevno! Bravo!

Epidemija COVID-19 koronavirus Slovenija - analiza, trend, projekcija
Epidemija COVID-19 koronavirus Slovenija - analiza, trend, projekcija

Epidemija upada solidno hitro, R je že od konca novembra v okolici 0.75-0.80. Zdaj vreme lahko prestavlja R malce gor/dol, mišljeno je bilo tudi do 0.85 a se (še) ni zgodilo. Približno tak nivo padanja epidemije se bo izgleda obdržal kar skoraj do sredine januarja, razen od Božiča do prvega tedna januarja, ko bo nekoliko višji .
Prekuževanje še vedno poteka hitro. R se bo zelo težko kaj bistveno dvignil. Prešli smo v najhladnejši del leta in več delcev z virusi ostaja v zraku, a nekega dodatnega velikega dviga R to ni prineslo. Nekaj ga nedvomno je, saj zaradi tega naš R ni padal še hitreje. Omeniti je treba še to, da se zaradi trenutne situacije tudi ljudje sami obnašajo nekoliko bolj zaščitno, to pa spet znižuje R.
Vse lahko spremeni varianta omikron, a o njej zaenkrat še ni zanesljivih informacij. Spremljamo na polno. V Londonu že dominira, počasi prihajajo vse bolj kvalitetne informacije tudi iz tamkajšnjih bolnišnic. Na krivuljah pri nas se omikron skoraj zagotovo ne bo poznal vsaj do konca decembra. Bil sem prepričan, da tudi ne vsaj do sredine januarja, a po zadnjih informacijah o prisotnosti omikrona v Sloveniji že konec novembra zdaj nisem več. Vse bolj verjeten postaja scenarij omikron vala v Sloveniji januarja. Še vedno pa je možno, da bo to kasneje, spremljamo naprej.

Epidemija COVID-19 koronavirus Slovenija - analiza, trend, projekcija

Vreme (rumena krivulja) je v povprečju delovala v smeri povečevanja R, saj smo prehajali v najhladnejši del leta, ko vse več delcev z virusi ostaja v zraku. “Sila” oziroma “forcing” povečevanja R naj bi povzročila največ zadrževanje R na nivoju okoli 0.77-0.82 do sredine decembra. A sredi decembra prihajajo novi vplivi, kot je veseli december (mogoče sem ga planiral prepozno) in pa omikron.

Epidemija COVID-19 koronavirus Slovenija - analiza, trend, projekcija
Vpliv zunanjih razmer (rumena krivulja) na R. Od nastopa delte so imele zunanje razmere majhen vpliv na gibanje reprodukcijskega števila R, z izjemo 2. polovice oktobra.

Vrh hospitalizacij je bil 23.11. pri 1168 hospitaliziranih. Pod 500 bo izgleda padlo nekje do novega leta.
Povprečno dnevno število umrlih je bilo po prvem vrhu pri 6.5/dan v zadnjem tednu septembra in v prvem tednu oktobra okoli 5/dan, potem pa v drugem tednu oktobra celo 3.5/dan. Nato je še pred pričetkom ponovne rasti sprejemov pričelo samo od sebe naraščati proti 9/dan. Vzrok za tak porast mi ni bil jasen, razmišljal sem o nekem statističnem prekladanju podatkov med NIJZ in MZ, ali pa morda za preventivno čuvanje ICU postelj (delež ICU je padal), ne vem. Zdaj se nagibam k razlagi, da je to logična posledica podaljševanja ležalne dobe v bolnišnicah konec septembra.
Dnevno število smrti je proti sedanjemu vrhu postopoma naraščalo. Zdaj smo že čez vrh, ki je bil pri povprečnem nivoju okoli 19/dan. Rizične skupine so zdaj res dobro imunizirane, popušča pa zaščita po cepljenju tistim prvim cepljenim v prvih letošnjih mesecih – teh je baje zato zdaj že kar nekaj v bolnišnicah, čeprav pogled okužb po starostnih skupinah pokaže, da recimo skupina 85+ ni nič kaj “podivjala”. Kar nekaj je tudi imunsko oslabljenih bolnikov.
Velikostni razred števila smrti med neimunimi v 4. valu je že dolgo vnaprej določen za 500-700 (morda podcenjeno za par 100?), a popuščanje zaščite in imunokompromitirani tu niso bili všteti. Zaščitenost od cepljenja je že popustila, in vsi se ne bodo takoj cepili s 3. odmerkom – zato bo večje, zdaj izgleda okoli 1300.

Epidemija COVID-19 koronavirus Slovenija - analiza, trend, projekcija

Med sprejetimi v ICU delež cepljenih ni narastel nad 30%, kar me je rahlo presenečalo. Zaradi poživitvenih odmerkov cepiva se naša trenutna povprečna učinkovitost zaščite od cepljenja že polagoma dviga.
Primer iz sredine novembra 2021: 30% delež cepljenih od 80% cepljene rizične populacije da proti 70% deležu necepljenih v ICU od 20% necepljene rizične populacije (80/30)/(20/70)=9.33x boljšo zaščito cepljenih od necepljenih pred ICU obravnavo. Oziroma našo trenutno 1-1/9.33=89% učinkovitost cepiva pred ICU obravnavo.

Epidemija COVID-19 koronavirus Slovenija - analiza, trend, projekcija

Naš trenutni povprečni faktor boljše zaščite cepljenega od necepljenega za pristanek v ICU/EIT/EIZ je sčasoma padal, in je konec oktobra znašal le okoli 7. Potem je naraščal, trenutno je okoli 10. Za posameznika je kmalu po cepljenju z 2. ali 3. odmerkom ta faktor še bistveno višji.
Pri tveganju za okužbo in hospitalizacijo se faktor v zadnjem času zaradi tretjih odmerkov povečuje.

Epidemija COVID-19 koronavirus Slovenija - analiza, trend, projekcija
Epidemija COVID-19 koronavirus Slovenija - analiza, trend, projekcija
Epidemija COVID-19 koronavirus Slovenija - analiza, trend, projekcija
Bolj podrobna slika trenutnega dogajanja …
Epidemija COVID-19 Slovenija: 14d/100k incidence primerov
Takole stojimo po SLO in EU barvnih fazah …
Epidemija COVID-19 Slovenija: 7d/100k incidence primerov
Pregled po regijah
Epidemija COVID-19 Slovenija: incidence večjih mest
Razvoj epidemije v večjih slovenskih občinah (nad XXk prebivalcev).
Epidemija COVID-19 Slovenija: Soodvisnost incidenc in zaščitenosti regij
Ves 4. val je bila jasno izražena odvisnost incidenc regij z njihovo zaščitenostjo glede na najbolje zaščiteno regijo – slabše zaščitene (spodaj) so imele višje incidence (bolj desno). Od 9.11. naprej se je zaradi preloma preko vrha epidemije začela situacija obračati tudi tu. Ta korelacija bo zdaj verjetno zakrita do 5. vala, če ta bo.
Epidemija COVID-19 Slovenija: 3D diagram primerov po regijah
Epidemija COVID-19 Slovenija: 3D diagram primerov po regijah
3D potek epidemije po regijah (7d/100k incidenca oziroma tedenska vsota primerov per capita) – od začetka epidemije naprej
Situacija po starostnih skupinah:

Tudi višje starostne skupine imajo lepo padanje …
Skupina 85+ (zaenkrat) nima neke posebne rasti, ki bi jo lahko pripisali popuščanju zaščite od cepljenja. Podobno 75-84 let. Verjetno je to popuščanje že pokrito s tretjimi odmerki, ki so že nekje na 40%.

Situacija po starostnih skupinah:
3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka julija 2021 naprej.

Na spodnjem diagramu celotnega poteka epidemije po starostnih skupinah je lepo vidno, kako je cepljenje v višjih starostnih skupinah preprečilo ponovitev lanske grozljive porazdelitve okužb, ki je imela za posledico veliko hospitalizacij in tudi smrti …

3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka.

torek 14.12.2021

Povzetek dnevne analize:
epidemija je od 6.11. naprej počasi padala, potem hitreje, razlog v hitrem zmanjševanju bazena dovzetnih zaradi prekuževanja in dvigovanja učinkovitosti zaščite od cepljenja s 3. odmerki
trenutno pomaga PCT v šolah (upoštevan v projekcijah), ljudje se zdaj tudi sami bolj zaščitno obnašajo, nekaj dodaja vreme (to v teh dneh že dosega max učinek na R navzgor – modelirano)
v zadnjih dneh (še) ni predvidenega padanja R proti 0.70, slabše padanje pri mladih, razlog je lahko podcenjevanje veselega decembra z moje strani, lahko pa omikron, ki od danes uradno je pri nas
v igro prihaja varianta omikron iz Botswane/Južne Afrike, je že povsod, začetne informacije niso spodbudne, v Londonu že dominira
omikron imamo že tudi mi 1-2 tedna (o tem sem pisal v zadnjih analizah) – naše inštitucije gledajo stanje 2 tedna nazaj, v tem času bo omikron vala morda že skoraj konec?!(pikra šala)
omikron večjega vpliva na naše krivulje do konca leta zelo verjetno ne bo imel, morda tudi do sredine januarja ne, lahko pa je že po novem letu hud val
R=0.80, izgledi so do sredine decembra v območju okoli 0.80, potem rahlo upadanje proti 0.70 (to bomo še videli), trenutni razpolovni čas novih primerov je 22 dni
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 11%, a zaradi popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 21%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1358 (vmesni max je bil 17.9. pri 1045), NIJZ s korekcijami za nazaj 1352

3/1 SLO/EU zelenih občin, 2/1/0 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 89.2% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 88%, 65-69: 90%, 70-74: 92%, 75-79: 92%, 80-84: 92%, 85-89: 91%; 90+: 91%
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 60/dan

smrti so imele prvi vrh 24.9. pri 6/dan, po 14.10. so nenavadno porasle, trenutno jih je v povprečju 14/dan, smo že čez vrh, ki je bil okoli 19/dan zadnji teden novembra.
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): vmesni vrh 14.9. pri povprečno 1045 primerih dnevno, glavni vrh 3338 6.11.2021, zdaj padajo, t/2 22 dni, pod 1000 18.12.
napoved hospitaliziranih: vmesni vrh pri dobrih 400, potem glavni vrh 1168 23.11.
, <500 bo 26.12.
napoved ICU: v skladu z napovedjo res nismo šli preko 300, vrh je bil 25.11. pri 289 (ležalne dobe so se daljšale, odpusti so zaostajali), <200 21.12., <100 13.1.
napoved umrlih: 1300-1350 (1011 od tega jih je že bilo), po 4. valu skupno okoli 5750
napoved izpolnitve kriterijev za EU-rdečo: 2. januar 2021

Imunost (I) glede na prekuženost (P) in precepljenost (C) po starostnih skupinah in regijah …

Z epidemiološkim modelom v aplikaciji covidSLO modeliram novoletni porast R za 0.22 in potem še njegov padec nazaj za 0.17. Štartam s trenutno izmerjenim R, upoštevana trenutna povprečna učinkovitost cepiva (učinkovitost zaščite posameznega cepljenja s časom upada) je iz 50% v sredini novembra do decembra zaradi 3. odmerkov narasla na preko 60%.

Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.80; b) R med 25.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 71.9%
Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.80; b) R med 25.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 71.9%
Epidemija COVID-19 koronavirus Slovenija: Projekcija / napoved gibanj v enotah intenzivne terapije EIT/EIZ/ICU
Projekcija dogajanja v EIT/EIZ/ICU …
Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.
Občine in regije po 7d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po starem SLO barvnem semaforju …

Laboratoriji so tokrat zmogli več od povprečno 7-8000 PCR testov dnevno! Bravo!

Epidemija upada solidno hitro, R pada in je že od konca novembra v okolici 0.75-0.80. Zdaj vreme lahko prestavlja R malce gor/dol, mišljeno je bilo tudi do 0.85 a se (še) ni zgodilo. Približno tak nivo padanja epidemije se bo izgleda obdržal kar skoraj do sredine januarja, razen od Božiča do prvega tedna januarja, ko bo nekoliko višji .
Prekuževanje še vedno poteka hitro. R se bo zelo težko kaj bistveno dvignil. Prešli smo v najhladnejši del leta in več delcev z virusi ostaja v zraku, a nekega dodatnega velikega dviga R to ni prineslo. Nekaj ga nedvomno je, saj zaradi tega naš R ni padal še hitreje. Omeniti je treba še to, da se zaradi trenutne situacije tudi ljudje sami obnašajo nekoliko bolj zaščitno, to pa spet znižuje R.
Že od 14.11. sem pisal, da sem optimist, da bo R v kratkem 0.95. Očtno sem imel glede tega dober občutek:) Potem je R hitro padel. Vse bolj realna je bila možnost, da bi EU-rdečo fazo dosegli že za Božič. Zdaj se je to zamaknilo na novo leto. Najslabši možni scenarij bi bil, da se to potegne še za en dodaten teden, slabše od tega pa bi si upal garantirati, da ne bo.
Vse lahko spremeni varianta omikron, a o njej zaenkrat še ni zanesljivih informacij. Spremljamo na polno. V Londonu že dominira, počasi prihajajo vse bolj kvalitetne informacije tudi iz tamkajšnjih bolnišnic. Na krivuljah pri nas se omikron skoraj zagotovo ne bo poznal vsaj do konca decembra. Bil sem prepričan, da tudi ne vsaj do sredine januarja, a po zadnjih informacijah o prisotnosti omikrona v Sloveniji že konec novembra zdaj nisem več. Vse bolj verjeten postaja scenarij omikron vala v Sloveniji januarja. Še vedno pa je možno, da bo to kasneje, spremljamo naprej.

Vreme (rumena krivulja) je v povprečju delovala v smeri povečevanja R, saj smo prehajali v najhladnejši del leta, ko vse več delcev z virusi ostaja v zraku. “Sila” oziroma “forcing” povečevanja R naj bi povzročila največ zadrževanje R na nivoju okoli 0.77-0.82 do sredine decembra. A sredi decembra prihajajo novi vplivi, kot je veseli december (mogoče sem ga planiral prepozno) in pa omikron.

Vpliv zunanjih razmer (rumena krivulja) na R. Od nastopa delte so imele zunanje razmere majhen vpliv na gibanje reprodukcijskega števila R, z izjemo 2. polovice oktobra.

Vrh hospitalizacij je bil 23.11. pri 1168 hospitaliziranih. Pod 500 bo izgleda padlo nekje do novega leta.
Povprečno dnevno število umrlih je bilo po prvem vrhu pri 6.5/dan v zadnjem tednu septembra in v prvem tednu oktobra okoli 5/dan, potem pa v drugem tednu oktobra celo 3.5/dan. Nato je še pred pričetkom ponovne rasti sprejemov pričelo samo od sebe naraščati proti 9/dan. Vzrok za tak porast mi ni bil jasen, razmišljal sem o nekem statističnem prekladanju podatkov med NIJZ in MZ, ali pa morda za preventivno čuvanje ICU postelj (delež ICU je padal), ne vem. Zdaj se nagibam k razlagi, da je to logična posledica podaljševanja ležalne dobe v bolnišnicah konec septembra.
Dnevno število smrti je proti sedanjemu vrhu postopoma naraščalo. Zdaj smo že čez vrh, ki je bil pri povprečnem nivoju okoli 19/dan. Rizične skupine so zdaj res dobro imunizirane, popušča pa zaščita po cepljenju tistim prvim cepljenim v prvih letošnjih mesecih – teh je baje zato zdaj že kar nekaj v bolnišnicah, čeprav pogled okužb po starostnih skupinah pokaže, da recimo skupina 85+ ni nič kaj “podivjala”. Kar nekaj je tudi imunsko oslabljenih bolnikov.
Velikostni razred števila smrti med neimunimi v 4. valu je že dolgo vnaprej določen za 500-700 (morda podcenjeno za par 100?), a popuščanje zaščite in imunokompromitirani tu niso bili všteti. Zaščitenost od cepljenja je že popustila, in vsi se ne bodo takoj cepili s 3. odmerkom – zato bo večje, zdaj izgleda okoli 1300.

Med sprejetimi v ICU delež cepljenih ni narastel nad 30%, kar me je rahlo presenečalo. Zaradi poživitvenih odmerkov cepiva se naša trenutna povprečna učinkovitost zaščite od cepljenja že polagoma dviga.
Primer iz sredine novembra 2021: 30% delež cepljenih od 80% cepljene rizične populacije da proti 70% deležu necepljenih v ICU od 20% necepljene rizične populacije (80/30)/(20/70)=9.33x boljšo zaščito cepljenih od necepljenih pred ICU obravnavo. Oziroma našo trenutno 1-1/9.33=89% učinkovitost cepiva pred ICU obravnavo.

Naš trenutni povprečni faktor boljše zaščite cepljenega od necepljenega za pristanek v ICU/EIT/EIZ je sčasoma padal, in je konec oktobra znašal le okoli 7. Potem je naraščal, trenutno je okoli 10. Za posameznika je kmalu po cepljenju z 2. ali 3. odmerkom ta faktor še bistveno višji.
Pri tveganju za okužbo in hospitalizacijo se faktor v zadnjem času zaradi tretjih odmerkov povečuje.

Bolj podrobna slika trenutnega dogajanja …
Epidemija COVID-19 Slovenija: 14d/100k incidence primerov
Takole stojimo po SLO in EU barvnih fazah …
Epidemija COVID-19 Slovenija: 7d/100k incidence primerov
Pregled po regijah
Epidemija COVID-19 Slovenija: incidence večjih mest
Razvoj epidemije v večjih slovenskih občinah (nad XXk prebivalcev).
Epidemija COVID-19 Slovenija: Soodvisnost incidenc in zaščitenosti regij
Ves 4. val je bila jasno izražena odvisnost incidenc regij z njihovo zaščitenostjo glede na najbolje zaščiteno regijo – slabše zaščitene (spodaj) so imele višje incidence (bolj desno). Od 9.11. naprej se je zaradi preloma preko vrha epidemije začela situacija obračati tudi tu. Ta korelacija bo zdaj verjetno zakrita do 5. vala, če ta bo.
Epidemija COVID-19 Slovenija: 3D diagram primerov po regijah
Epidemija COVID-19 Slovenija: 3D diagram primerov po regijah
3D potek epidemije po regijah (7d/100k incidenca oziroma tedenska vsota primerov per capita) – od začetka epidemije naprej
Epidemija COVID-19 Slovenija: 3D analiza primerov po starostnih skupinah
Situacija po starostnih skupinah:

Tudi višje starostne skupine imajo lepo padanje …
Skupina 85+ (zaenkrat) nima neke posebne rasti, ki bi jo lahko pripisali popuščanju zaščite od cepljenja. Podobno 75-84 let. Verjetno je to popuščanje že pokrito s tretjimi odmerki, ki so že nekje na 40%.

Epidemija COVID-19 Slovenija: 3D analiza primerov po starostnih skupinah
Situacija po starostnih skupinah:
Epidemija COVID-19 Slovenija: 3D diagram primerov po starostnih skupinah
3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka julija 2021 naprej.

Na spodnjem diagramu celotnega poteka epidemije po starostnih skupinah je lepo vidno, kako je cepljenje v višjih starostnih skupinah preprečilo ponovitev lanske grozljive porazdelitve okužb, ki je imela za posledico veliko hospitalizacij in tudi smrti …

Epidemija COVID-19 Slovenija: 3D diagram primerov po starostnih skupinah
3D potek epidemije po starostnih skupinah (7d/100 incidenca) od začetka.

ponedeljek 13.12.2021

Povzetek dnevne analize:
epidemija je od 6.11. naprej počasi padala, zdaj pada hitreje, razlog v hitrem zmanjševanju bazena dovzetnih zaradi prekuževanja in dvigovanja učinkovitosti zaščite od cepljenja s 3. odmerki
trenutno pomaga PCT v šolah (upoštevan v projekcijah), ljudje se zdaj tudi sami bolj zaščitno obnašajo, nekaj dodaja vreme (to v teh dneh že dosega max učinek na R navzgor – modelirano)
v igro prihaja varianta omikron iz Botswane/Južne Afrike, je že skoraj povsod, začetne informacije niso spodbudne, verjetno ga imamo tudi že mi, zaenkrat ni razlogov za kakšno paniko, vpliva na krivulje pred sredino januarja ne bo imel
R=0.79, izgledi so do sredine decembra v območju okoli 0.80, potem rahlo upadanje proti 0.70, trenutni razpolovni čas novih primerov je 19-20 dni
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 11%, a zaradi popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 21%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1392 (vmesni max je bil 17.9. pri 1045), NIJZ s korekcijami za nazaj 1386

3/2 SLO/EU zelenih občin, 3/2/1 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 89.1% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 87%, 65-69: 89%, 70-74: 92%, 75-79: 91%, 80-84: 91%, 85-89: 91%; 90+: 91%
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 60-65/dan

smrti so imele prvi vrh 24.9. pri 6/dan, po 14.10. so nenavadno porasle, trenutno jih je v povprečju 14/dan, smo že čez vrh, ki je bil okoli 19/dan zadnji teden novembra.
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): vmesni vrh 14.9. pri povprečno 1045 primerih dnevno, glavni vrh 3338 6.11.2021, zdaj hitro padajo, t/2 20 dni, pod 1000 17.12.
napoved hospitaliziranih: vmesni vrh pri dobrih 400, potem glavni vrh 1168 23.11.
, <500 bo 27.12.
napoved ICU: v skladu z napovedjo res nismo šli preko 300, vrh je bil 25.11. pri 289 (ležalne dobe so se daljšale, odpusti so zaostajali), <200 19.12., <100 7.1.
napoved umrlih: 1300-1350 (959 od tega jih je že bilo), po 4. valu skupno okoli 5750
napoved izpolnitve kriterijev za EU-rdečo: 31. december 2021

Epidemija COVID-19 koronavirus Slovenija: Stanje imunosti kot posledica cepljenja in prebolelosti, ter časovnega pešanja teh zaščit
Imunost (I) glede na prekuženost (P) in precepljenost (C) po starostnih skupinah in regijah …

Z epidemiološkim modelom v aplikaciji covidSLO modeliram novoletni porast R za 0.22 in potem še njegov padec nazaj za 0.17. Štartam s trenutno izmerjenim R, upoštevana trenutna povprečna učinkovitost cepiva (učinkovitost zaščite posameznega cepljenja s časom upada) je iz 50% v sredini novembra do decembra zaradi 3. odmerkov narasla na preko 60%.

Epidemija COVID-19 koronavirus Slovenija: Poenostavljena projekcija / napoved gibanja okužb, hospitalizacij in stanja v EIT/ICU
Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.79; b) R med 25.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 71.7%
Epidemija COVID-19 koronavirus Slovenija: Podrobna projekcija / napoved gibanj okužb, hospitalizacij in ostalih parametrov
Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.79; b) R med 25.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 71.7%
Epidemija COVID-19 koronavirus Slovenija: Projekcija / napoved gibanj v enotah intenzivne terapije EIT/EIZ/ICU
Projekcija dogajanja v EIT/EIZ/ICU …
COVID-19 Slovenija: Spremembe incidenc po regijah in starostnih skupinah
Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.
COVID-19 Slovenija: 7d/100k incidence po občinah in regijah, SLO semafor barvnih faz
Občine in regije po 7d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po starem SLO barvnem semaforju …

Laboratoriji so tokrat zmogli več od povprečno 7-8000 PCR testov dnevno! Bravo!

COVID-19 Slovenija: PCR testi, delež pozitivnih, število pozitivnih / novih potrjenih primerov okužb
COVID-19 Slovenija: Preteklo gibanje reprodukcijskega števila R

Epidemija upada solidno hitro, R pada in je že od konca novembra v okolici 0.75-0.80. Zdaj vreme lahko prestavlja R malce gor/dol, mišljeno je bilo tudi do 0.85 a se ni zgodilo. Približno tak nivo padanja epidemije se bo izgleda obdržal kar skoraj do sredine januarja.
Prekuževanje še vedno poteka hitro. R se bo zelo težko kaj bistveno dvignil. Prehajamo sicer v najhladnejši del leta in več delcev z virusi bo ostajalo v zraku, a nekega dodatnega velikega dviga R to ne more prinesti, malo pa verjetno ja. Omeniti je treba še to, da se zaradi trenutne situacije tudi ljudje sami obnašajo nekoliko bolj zaščitno, to pa spet znižuje R.
Že od 14.11. sem pisal, da sem optimist, da bo R v kratkem 0.95. Očtno sem imel glede tega dober občutek:) Potem je R hitro padel. Vse bolj realna je bila možnost, da bi EU-rdečo fazo dosegli že za Božič. Zdaj se je to zamaknilo na novo leto. Najslabši možni scenarij bi bil, da se to potegne še za en dodaten teden, slabše od tega pa bi si upal garantirati, da ne bo.
Vse lahko spremeni varianta omikron, a o njej zaenkrat še ni zanesljivih informacij. Spremljamo na polno. Na krivuljah pri nas se omikron skoraj zagotovo ne bo poznal vsaj do sredine, če ne celo do konca januarja.

COVID-19 Slovenija: Podrobna analiza gibanja reprodukcijskega števila R, vpliv temperature in vlage na koronavirus

Vreme (rumena krivulja) v povprečju vse bolj deluje v smeri povečevanja R (pričakovano). Prehajamo v najhladnejši del leta in več delcev z virusi bo ostajalo v zraku. Vreme tako deluje v smeri povečevanja R, a ta sila ni prav zelo močna in ni pričakovati nekega pomembnejšega dvigovanja R iz tega naslova, morda največ le zadrževanje R na nivoju okoli 0.77-0.82 do sredine decembra.

COVID-19 Slovenija: Zunanji vplivi (temperatura, vlaga) na reprodukcijsko število R
Vpliv zunanjih razmer (rumena krivulja) na R. Od nastopa delte so imele zunanje razmere majhen vpliv na gibanje reprodukcijskega števila R, z izjemo 2. polovice oktobra.

Vrh hospitalizacij je bil 23.11. pri 1168 hospitaliziranih. Pod 500 bo izgleda padlo nekje do novega leta.
Povprečno dnevno število umrlih je bilo po prvem vrhu pri 6.5/dan v zadnjem tednu septembra in v prvem tednu oktobra okoli 5/dan, potem pa v drugem tednu oktobra celo 3.5/dan. Nato je še pred pričetkom ponovne rasti sprejemov pričelo samo od sebe naraščati proti 9/dan. Vzrok za tak porast mi ni bil jasen, razmišljal sem o nekem statističnem prekladanju podatkov med NIJZ in MZ, ali pa morda za preventivno čuvanje ICU postelj (delež ICU je padal), ne vem. Zdaj se nagibam k razlagi, da je to logična posledica podaljševanja ležalne dobe v bolnišnicah konec septembra.
Dnevno število smrti je proti sedanjemu vrhu postopoma naraščalo. Zdaj smo že čez vrh, ki je bil pri povprečnem nivoju okoli 19/dan. Rizične skupine so zdaj res dobro imunizirane, popušča pa zaščita po cepljenju tistim prvim cepljenim v prvih letošnjih mesecih – teh je baje zato zdaj že kar nekaj v bolnišnicah, čeprav pogled okužb po starostnih skupinah pokaže, da recimo skupina 85+ ni nič kaj “podivjala”. Kar nekaj je tudi imunsko oslabljenih bolnikov.
Velikostni razred števila smrti med neimunimi v 4. valu je že dolgo vnaprej določen za 500-700 (morda podcenjeno za par 100?), a popuščanje zaščite in imunokompromitirani tu niso bili všteti. Zaščitenost od cepljenja je že popustila, in vsi se ne bodo takoj cepili s 3. odmerkom – zato bo večje, zdaj izgleda okoli 1300.

COVID-19 Slovenija: stanje v bolnišnicah in kratkoročna napoved/projekcija

Med sprejetimi v ICU delež cepljenih ni narastel nad 30%, kar me je rahlo presenečalo. Zaradi poživitvenih odmerkov cepiva se naša trenutna povprečna učinkovitost zaščite od cepljenja že polagoma dviga.
Primer iz sredine novembra 2021: 30% delež cepljenih od 80% cepljene rizične populacije da proti 70% deležu necepljenih v ICU od 20% necepljene rizične populacije (80/30)/(20/70)=9.33x boljšo zaščito cepljenih od necepljenih pred ICU obravnavo. Oziroma našo trenutno 1-1/9.33=89% učinkovitost cepiva pred ICU obravnavo.

COVID-19 Slovenija: Deleži v ICU enotah

Naš trenutni povprečni faktor boljše zaščite cepljenega od necepljenega za pristanek v ICU/EIT/EIZ je sčasoma padal, in je konec oktobra znašal le okoli 7. Potem je naraščal, trenutno je okoli 10. Za posameznika je kmalu po cepljenju z 2. ali 3. odmerkom ta faktor še bistveno višji.
Pri tveganju za okužbo in hospitalizacijo se faktor v zadnjem času zaradi tretjih odmerkov povečuje.

COVID-19 Slovenija: Faktorji zaščite s cepljenjem proti okužbi, hospitalizaciji in obravnavi v enoti intenzivne terapije
COVID-19 Slovenija: Učinkovitost zaščite cepljenja
COVID-19 Slovenija: stanje podrobno
Bolj podrobna slika trenutnega dogajanja …

nedelja 12.12.2021

Povzetek dnevne analize:
epidemija je od 6.11. naprej počasi padala, zdaj pada hitreje, razlog v hitrem zmanjševanju bazena dovzetnih zaradi prekuževanja in dvigovanja učinkovitosti zaščite od cepljenja s 3. odmerki
trenutno pomaga PCT v šolah (upoštevan v projekcijah), ljudje se zdaj tudi sami bolj zaščitno obnašajo, nekaj dodaja vreme (to v teh dneh že dosega max učinek na R navzgor – modelirano)
v igro prihaja varianta omikron iz Botswane/Južne Afrike, je že skoraj povsod, začetne informacije niso spodbudne, verjetno ga imamo tudi že mi, zaenkrat ni razlogov za kakšno paniko, vpliva na krivulje pred sredino januarja ne bo imel
R=0.78, izgledi so do sredine decembra v območju okoli 0.80, potem rahlo upadanje proti 0.70, trenutni razpolovni čas novih primerov je 19-20 dni
bazen ljudi brez vsakršne imunosti (naive) okoli 11%, a zaradi popuščanja zaščite po cepljenju trenutno vseeno dovzetnih (susceptible) okoli 21%
povprečje javljenih primerov zadnjih 7 dni je 1406 (vmesni max je bil 17.9. pri 1045), NIJZ s korekcijami za nazaj 1399
3/2 SLO/EU zelenih občin, 3/2/1 občin brez primerov že vsaj 1/2/4 tedne (podatki stari en dan, ker jih NIJZ za danes ni dal)
dosežena splošna skupna (kakršnakoli) imunost (upoštevani prekuženost in precepljenost, ter njun presek): 88.9% (popuščanje zaščite ni zajeto)

P ali C (ali oboje) starostnih skupin: 60-64: 100%, 65-69: 100%, 70-74: 100%, 75-79: 100%, 80-84: 100%, 85-89: 100%; 90+: 100%
dejanska trenutna imunost starostnih skupin: 60-64: 88%, 65-69: 90%, 70-74: 92%, 75-79: 91%, 80-84: 91%, 85-89: 91%; 90+: 91%
število novih sprejemov v bolnišnice je čez vrh 109 13.11. in je nekje na nivoju 60-65/dan

smrti so imele prvi vrh 24.9. pri 6/dan, po 14.10. so nenavadno porasle, trenutno jih je v povprečju 14-15/dan, smo že čez vrh, ki je bil okoli 19/dan zadnji teden novembra.
napoved okužb (tekoče 7d povprečje): vmesni vrh 14.9. pri povprečno 1045 primerih dnevno, glavni vrh 3338 6.11.2021, zdaj hitro padajo, t/2 19 dni, pod 1000 16.12.
napoved hospitaliziranih: vmesni vrh pri dobrih 400, potem glavni vrh 1168 23.11.
, <500 bo 26.12.
napoved ICU: očitno v skladu z napovedjo res nismo šli preko 300, vrh je bil 25.11. pri 289 (ležalne dobe so se daljšale, odpusti so zaostajali), <200 19.12., <100 6.1.
napoved umrlih: 1300-1350 (959 od tega jih je že bilo), po 4. valu skupno okoli 5750
napoved izpolnitve kriterijev za EU-rdečo: 30. december 2021

Imunost (I) glede na prekuženost (P) in precepljenost (C) po starostnih skupinah in regijah …

Z epidemiološkim modelom v aplikaciji covidSLO modeliram novoletni porast R za 0.22 in potem še njegov padec nazaj za 0.17. Štartam s trenutno izmerjenim R, upoštevana trenutna povprečna učinkovitost cepiva (učinkovitost zaščite posameznega cepljenja s časom upada) je iz 50% v sredini novembra do decembra zaradi 3. odmerkov narasla na preko 60%.

Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.78; b) R med 25.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 71.6%
Standardna projekcija – predpostavke: a) začetni R=0.78; b) R med 25.12. in 5.1. forsiram 0.22 navzgor in potem 0.17 navzdol; c) dosedanja prekuženost 71.6%
Projekcija dogajanja v EIT/EIZ/ICU …
Dinamika spreminjanja primerov in incidenc.
Občine in regije po 7d incidenci primerov na 100k prebivalcev, obarvano po starem SLO barvnem semaforju …

Laboratoriji so tokrat zmogli več od povprečno 7-8000 PCR testov dnevno! Bravo!

Epidemija upada solidno hitro, R pada in je že od konca novembra v okolici 0.75-0.80. Zdaj vreme lahko prestavlja R malce gor/dol, mišljeno je bilo tudi do 0.85 a se ni zgodilo. Približno tak nivo padanja epidemije se bo izgleda obdržal kar skoraj do sredine januarja.
Prekuževanje še vedno poteka hitro. R se bo zelo težko kaj bistveno dvignil. Prehajamo sicer v najhladnejši del leta in več delcev z virusi bo ostajalo v zraku, a nekega dodatnega velikega dviga R to ne more prinesti, malo pa verjetno ja. Omeniti je treba še to, da se zaradi trenutne situacije tudi ljudje sami obnašajo nekoliko bolj zaščitno, to pa spet znižuje R.
Že od 14.11. sem pisal, da sem optimist, da bo R v kratkem 0.95. Očtno sem imel glede tega dober občutek:) Potem je R hitro padel. Vse bolj realna je bila možnost, da bi EU-rdečo fazo dosegli že za Božič. Zdaj se je to zamaknilo na novo leto. Najslabši možni scenarij bi bil, da se to potegne še za en dodaten teden, slabše od tega pa bi si upal garantirati, da ne bo.
Vse lahko spremeni varianta omikron, a o njej zaenkrat še ni zanesljivih informacij. Spremljamo na polno. Na krivuljah pri nas se omikron skoraj zagotovo ne bo poznal vsaj do sredine, če ne celo do konca januarja.

Vreme (rumena krivulja) v povprečju vse bolj deluje v smeri povečevanja R (pričakovano). Prehajamo v najhladnejši del leta in več delcev z virusi bo ostajalo v zraku. Vreme tako deluje v smeri povečevanja R, a ta sila ni prav zelo močna in ni pričakovati nekega pomembnejšega dvigovanja R iz tega naslova, morda največ le zadrževanje R na nivoju okoli 0.77-0.82 do sredine decembra.

Vpliv zunanjih razmer (rumena krivulja) na R. Od nastopa delte so imele zunanje razmere majhen vpliv na gibanje reprodukcijskega števila R, z izjemo 2. polovice oktobra.

Vrh hospitalizacij je bil 23.11. pri 1168 hospitaliziranih. Pod 500 bo izgleda padlo nekje do novega leta.
Povprečno dnevno število umrlih je bilo po prvem vrhu pri 6.5/dan v zadnjem tednu septembra in v prvem tednu oktobra okoli 5/dan, potem pa v drugem tednu oktobra celo 3.5/dan. Nato je še pred pričetkom ponovne rasti sprejemov pričelo samo od sebe naraščati proti 9/dan. Vzrok za tak porast mi ni bil jasen, razmišljal sem o nekem statističnem prekladanju podatkov med NIJZ in MZ, ali pa morda za preventivno čuvanje ICU postelj (delež ICU je padal), ne vem. Zdaj se nagibam k razlagi, da je to logična posledica podaljševanja ležalne dobe v bolnišnicah konec septembra.
Dnevno število smrti je proti sedanjemu vrhu postopoma naraščalo. Zdaj smo že čez vrh, ki je bil pri povprečnem nivoju okoli 19/dan. Rizične skupine so zdaj res dobro imunizirane, popušča pa zaščita po cepljenju tistim prvim cepljenim v prvih letošnjih mesecih – teh je baje zato zdaj že kar nekaj v bolnišnicah, čeprav pogled okužb po starostnih skupinah pokaže, da recimo skupina 85+ ni nič kaj “podivjala”. Kar nekaj je tudi imunsko oslabljenih bolnikov.
Velikostni razred števila smrti med neimunimi v 4. valu je že dolgo vnaprej določen za 500-700 (morda podcenjeno za par 100?), a popuščanje zaščite in imunokompromitirani tu niso bili všteti. Zaščitenost od cepljenja je že popustila, in vsi se ne bodo takoj cepili s 3. odmerkom – zato bo večje, zdaj izgleda okoli 1300.

Med sprejetimi v ICU delež cepljenih ni narastel nad 30%, kar me je rahlo presenečalo. Zaradi poživitvenih odmerkov cepiva se naša trenutna povprečna učinkovitost zaščite od cepljenja že polagoma dviga.
Primer iz sredine novembra 2021: 30% delež cepljenih od 80% cepljene rizične populacije da proti 70% deležu necepljenih v ICU od 20% necepljene rizične populacije (80/30)/(20/70)=9.33x boljšo zaščito cepljenih od necepljenih pred ICU obravnavo. Oziroma našo trenutno 1-1/9.33=89% učinkovitost cepiva pred ICU obravnavo.

Naš trenutni povprečni faktor boljše zaščite cepljenega od necepljenega za pristanek v ICU/EIT/EIZ je sčasoma padal, in je konec oktobra znašal le okoli 7. Potem je naraščal, trenutno je okoli 10. Za posameznika je kmalu po cepljenju z 2. ali 3. odmerkom ta faktor še bistveno višji.
Pri tveganju za okužbo in hospitalizacijo se faktor v zadnjem času zaradi tretjih odmerkov povečuje.