Uvod
Izračun prekuženosti zdaj pred jesenjo 2021 nekako ostaja zimzelena tema. Velikokrat smo že mislili, da prekuženost ni več aktualna, ker bo pomembna samo precepljenost. A zaradi nezadostne precepljenosti prebivalstva Slovenije pred prihajajočim 4. (Delta) valom epidemije dosedanja prekuženost še vedno igra pomembno vlogo. Zaščita prebivalstva pred 4. valom je odvisna od njegove imunosti, ki je posledica prekuženosti ter precepljenosti. Precepljenost v Sloveniji je na dan 7.8.2021 okoli 39%, zato pri imunosti pomembno vlogo še vedno igra prekuženost, ki jo ocenjujem na približno 46%. Spodaj je opisano, kako pridem do teh 46%, na koncu pa še vse metode in načini, kako vse določam prekuženost v zadnjem letu, odkar se s tem ukvarjam.
Način določanja prekuženosti v aplikaciji covidSLO
Če bi s testiranjem na virus SARS-CoV-2 odkrili čisto vse okužene v državi, potem bi prekuženost s tem imeli že določeno. Problem je, da s testi ne odkrijemo vseh okuženih. Tudi delež teh, ki jih odkrijemo s testiranjem je zelo odvisen od precej dejavnikov. Več kot testiraš, večji delež jih odkriješ. Če množično testiraš s hitrimi testi, se zopet spremeni ta delež. Odvisno je potem tudi še od lastnosti samih testov, pa načina dela v laboratorijih, …
V Sloveniji smo na začetku v prvem valu relativno malo testirali, a še vedno kar precej glede na druge države. Zato je bilo v prvem valu veliko več okuženih, kot smo jih s testi našli. Faktor je bil 5-10 (to so po občutku govorili odgovorni), ali celo 12-13 (to kažejo izračuni).
V drugem valu smo intenzivirali testiranje, in pred novim letom 2020/21 uvedli tudi množično testiranje. Na vrhu epidemije v oktobru 2020 smo za nekaj časa načrtno znižali obseg in metodiko testiranja, ker je bil sistem preobremenjen. Vmes je bila ves čas dilema, ali se rezultati hitrih testov v zdravstvenih domovih in DSO-ji dodatno preverjajo še s PCR testi ali ne. Skratka, dogajanja na tem področju je bilo zelo veliko in v takih dinamičnih razmerah je težko natančno določiti, kakšen delež okuženih ljudi najdemo s testiranjem.
Zato je Slovenija spomladi 2020 izvedla nacionalno raziskavo, s katero naj bi določila, kakšna je takratna dejanska incidenca okužb, ter kakšna je dotedanja prekuženost. Ljudje so vložili ogromno kvalitetnega dela, a žal je bila po mojem mnenju zastavljena ne dovolj premišljeno. Takoj takrat sem se pritožil, da na reprezentativnem vzorcu le 3000 sodelujočih ne bomo mogli kvalitetno določiti takratnega stanja aktivnih okužb, ker bo interval zaupanja rezultata enostavno preširok in ne bo povedal ničesar. Iz njega se ne bo dalo državi predlagati primernega ukrepanja. Takrat so poudarjali, da raziskavo še najbolj delajo točno zaradi tega. In res so bili rezultati nekvalitetni, zato so potem začeli govoriti, da se bolj dela zaradi prekuženosti. Tam so bili rezultati nekaj kvalitetnejši, a so se potem pokazale težave z uporabljenimi testi itd. Tako smo v končni fazi prišli do nezanesljivih rezultatov o približno 0,9% prekuženosti po prvem valu, ter okoli 4.2% prekuženosti okoli 20. oktobra če se prav spomnim. To so edine oporne točke pri določevanju prekuženosti, na katere se opirajo praktično vsi, ki se ukvarjajo s prekuženostjo v Sloveniji.
Jaz sam sem v decembru 2020 izumil še matematično metodo, s katero se da v nekem konstantnem obdobju epidemije (konstantni ukrepi), ki je na dovolj visokem nivoju, iz padajočega števila dovzetnih in znanega reprodukcijskega števila R na bazi dnevnih podatkov o zaznanih okužbah izračunati, kakšna je konkretna prekuženost v tistem času. Če je prekuženost visoka, bo pri istem nivoju dnevnih okužb R padal hitreje, kot če je prekuženost nizka. Rezultat je pokazal, da smo imeli sredi decembra 2020 okoli 26% prekuženost. To je bila zame druga oporna točka poleg rezultatov nacionalne raziskave. Drugi te oporne točke seveda nimajo.
Pri določevanju prekuženosti si poleg podatkov o dnevnih okužbah in intenziteti testiranja pomagamo s podatki o gibanju sprejemov bolnikov v bolnišnice, s podatki o številu hospitaliziranih, s podatki o covid smrtih, s podatki o količini virusa v odplakah in še kaj. Vsak od teh naštetih pripomočkov ima pomanjkljivosti. Sprejemi v bolnišnice so odvisni od politike bolnišnic, od kapacitete in morebitne preobremenjenosti bolnišnic, … Podobno je s številom hospitaliziranih. Covid smrti so odvisne od načina registracije, ki je praktično v vsaki državi drugačen in ne delajo vse države po navodilih WHO. Virus v odplakah je odvisen od frekvence vzorčenja, od kvalitete naprav, … Pri vseh naštetih zadevah je problem javna dostopnost podatkov v strojno berljivi obliki.
V aplikaciji covidSLO skušam upoštevati čimveč naštetega. V osnovi ima aplikacija na voljo vse podatke o zaznanih “uradnih” okužbah po dnevih, in to tudi po občinah, regijah, starostnih skupinah in spolu. Za oporni točki se vzame rezultate naše nacionalne raziskave. Že samo iz tega sledi, da je moralo v prvem valu biti okoli 13x več okuženih, kot smo jih zaznali s testi. Na grafu se to vidi po modri krivulji vseh dnevno okuženih, ki je precej višja od s testiranjem zaznanih dnevnih okužb, ki so vidne kot stolpci na dnu okna.
Jeseni 2020 na začetku 2. vala epidemije smo začeli intenzivneje testirati. Dobili smo tudi podatke o količini virusa v odplakah. Krivulja vseh okuženih je morala dobro slediti krivulji virusa v odplakah. Poleg tega so se pojavile množične hospitalizacije, in krivulja vseh okuženih je morala lepo slediti za približno 7 dni zamaknjeni krivulji sprejemov v bolnišnice (od pozitivnega testa do hospitalizacije je v povprečju 7 dni). Pri tem je bilo potrebno upoštevati, da je na kocu oktobra 2020 prišlo do kratkotrajne preobremenitve zdravstvenega sistema in niso vsi (predvsem DSO) dobili postelje v bolnišnicah. Na vrhu epidemije v koncu oktobra 2020 je torej krivulja vseh okuženih morala bolj slediti krivulji količine virusa v odplakah, in je morala biti nad krivuljo sprejemov v bolnišnice. Krivulja smrti je v tistem obdobju zaradi specifik DSO še dodatno zamaknjena, in ni bila merilo za določanje poteka krivulje vseh okuženih.
Iz vsega tega je sledilo, da je bilo jeseni približno 5x več okuženih, kot smo jih zaznali s testi.
Decembra sem napravil prej opisano študijo in dobil novo oporno točko – sredi decembra je bila prekuženost okoli 26%. Potem smo pred Božičem 2020 pričeli z množičnim testiranjem. Takrat so se tudi zgodile neke okvare na napravah za merjenje količine virusa v odplakah. Zdravstveni sistem že nekaj časa ni bil več preobremenjen. Krivulja vseh okuženih je tako morala bolj slediti za 7 dni zamaknjeni krivulji sprejemov v bolnišnice, kot pa krivulji količine virusa v odplakah.
Iz vsega tega je bilo določeno, da je pozimi moralo biti 3-5x več okuženih, kot je bilo pozitivnih. Odvisno od tedna, dneva. Faktorji so praktično določeni posebej za vsak dan tako, da se krivulja vseh okuženih lepo prilagaja omenjenim faktorjem. Pri tem se je tudi pokazalo, da je verjetno sredi decembra bila prekuženost par procentov pod mojimi 26%, tako da krivulja gre malenkost pod to vrednostjo.
Spomladi in poleti 2021 potek sprejemov v bolnišnice lepo zadanemo, če izberemo, da je približno 3x več okuženih, kot jih najdemo s testiranjem.
Se pravi, pri določanju prekuženosti je potrebno upoštevati čimveč specifik pri faktorjih, ki vplivajo na to. Povsem zgrešeno bi se bilo zanašati samo na en parameter. V aplikaciji covidSLO je tako bistveno pravilno izbrati t.i. faktorje asimptomatičnosti, ki povejo, kolikokrat več je bilo v določenem obdobju ali na določen dan okuženih od pozitivnih na testiranjih. Ko dobro izberemo te faktorje, dobimo spodnjo modro krivuljo vseh okuženih …
Aplikacija potem seveda zna pointegrirati vse dejansko okužene pod modro krivuljo do določenega datuma, in s tem dobi število prekuženih do tistega datuma. Kot rečeno, izračun na datum 5.8.2021 pokaže približno 46% prekuženost v Sloveniji.
Druge ocene prekuženosti v Sloveniji so od nižjih do višjih. Velikokrat se je pri nas posplošeno uporabljal faktor 4 kot razmerje med vsemi okuženimi in pozitivnimi na testih. A ta faktor je določil IJS na podlagi razmerja okužb in stanja v bolnišnicah v nekem trenutku jeseni 2020, in je tak faktor lahko veljal samo za neko obdobje, ne pa kar za vedno. Ker v 2021 testiramo bistveno več, se je ta faktor seveda znižal. A že spet, kar počez uporabljati nek faktor, ki ga je slučajno nekje nekdo določil za neko obdobje, je povsem neprimerno.
Najbolj tipična pripomba na moje izračune je ponavadi ta, da je ocena previsoka. Argument za to je ponavadi to, da je nekdo drug nekje izračunal, da je manj. Tu se potem debata tipično konča, ker je tako zadevo pač potrebno malo bolj strokovno argumentirati in konkretno podpreti z izračuni ter uporabljenimi metodami.
Kakorkoli, določena prekuženost v Sloveniji je le ocena. Nihče nima 100% natančne ocene za to. Jaz se trudim, da bi imel čimboljšo.
Peter Malovrh, 7.8.2021
COVID-19 Slovenija 